PDB-5iuv: Crystal Structure of Indole-3-acetaldehyde Dehydrogenase in compl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5iuv

タイトル

Crystal Structure of Indole-3-acetaldehyde Dehydrogenase in complexed with NAD+

要素

Aldehyde dehydrogenase family protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Indole-3-acetaldehyde dehydrogenase / aldehyde dehydrogenase

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on the aldehyde or oxo group of donors, NAD or NADP as acceptor / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas syringae pv. tomato (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.928 Å

データ登録者

Lee, S.G. / McClerklin, S. / Kunkel, B. / Jez, J.M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: PLoS Pathog. / 年: 2018
タイトル: Indole-3-acetaldehyde dehydrogenase-dependent auxin synthesis contributes to virulence of Pseudomonas syringae strain DC3000.
著者: McClerklin, S.A. / Lee, S.G. / Harper, C.P. / Nwumeh, R. / Jez, J.M. / Kunkel, B.N.

履歴

登録	2016年3月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年10月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年2月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5iuv.cif.gz	398 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5iuv.ent.gz	324.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5iuv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5iuv_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5iuv_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	5iuv_validation.xml.gz	47.5 KB	表示
CIF形式データ	5iuv_validation.cif.gz	72.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iu/5iuv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iu/5iuv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5iuuC 5iuwC 4mpbS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5gt6-d 1bpw-d 4lih-1 5gtk-d 5gtl-d 4wb9-1 4qf6-2 4zwl-1 4zwl-2 4mpy-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (7) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Aldehyde dehydrogenase family protein

B: Aldehyde dehydrogenase family protein

ヘテロ分子

107 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Aldehyde dehydrogenase family protein

B: Aldehyde dehydrogenase family protein

ヘテロ分子

A: Aldehyde dehydrogenase family protein

B: Aldehyde dehydrogenase family protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
214 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.677, 84.747, 166.822
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1367- HOH
2	1	B-1394- HOH

#1: タンパク質	Aldehyde dehydrogenase family protein 分子量: 52779.824 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas syringae pv. tomato (strain DC3000) (バクテリア) 株: DC3000 / 遺伝子: PSPTO_0092 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q88BC5
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.47 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 8% PEG8000, 100 mM Tris

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月10日
放射	モノクロメーター: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.928→37.78 Å / Num. obs: 85788 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.2 % / R_sym value: 0.135 / Net I/σ(I): 14
反射シェル	解像度: 1.93→1.96 Å / 冗長度: 5.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.53 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-3000		データ削減
PHASER		位相決定
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4MPB

4mpb

解像度: 1.928→37.778 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 16.2 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.181	1928	2.34 %
R_work	0.1463	-	-
obs	0.1471	82501	94.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.928→37.778 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7386	0	88	1209	8683

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	7626
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.985	10388
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.137	2706
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	1192
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1340

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9283-1.9765	0.2139	127	0.1891	5157	X-RAY DIFFRACTION	86
1.9765-2.0299	0.2172	122	0.1814	5426	X-RAY DIFFRACTION	91
2.0299-2.0897	0.2047	138	0.1715	5582	X-RAY DIFFRACTION	93
2.0897-2.1571	0.1917	136	0.1627	5674	X-RAY DIFFRACTION	94
2.1571-2.2342	0.168	135	0.156	5701	X-RAY DIFFRACTION	95
2.2342-2.3236	0.185	134	0.154	5687	X-RAY DIFFRACTION	95
2.3236-2.4294	0.1839	137	0.1522	5798	X-RAY DIFFRACTION	96
2.4294-2.5574	0.2236	134	0.1472	5794	X-RAY DIFFRACTION	96
2.5574-2.7176	0.217	146	0.1468	5857	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7176-2.9274	0.1675	143	0.15	5853	X-RAY DIFFRACTION	97
2.9274-3.2218	0.1886	148	0.1406	5904	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2218-3.6877	0.1521	142	0.1319	5987	X-RAY DIFFRACTION	98
3.6877-4.6447	0.1488	139	0.1156	6012	X-RAY DIFFRACTION	98
4.6447-37.7855	0.1798	147	0.1489	6141	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0982	-1.0822	0.3809	1.9351	-0.6625	0.6213	0.0456	-0.0023	0.1446	-0.1341	-0.0342	0.0712	0.0271	-0.1263	0.014	0.0738	-0.0251	0.0008	0.1418	-0.0042	0.1384	-75.3766	8.4565	188.8178
2	0.5394	-0.1173	-0.088	0.6959	-0.0974	0.5388	0.0845	-0.181	0.0176	0.0629	-0.0497	0.0135	-0.0564	-0.2902	-0.0258	0.0866	0.015	0.0159	0.196	-0.0088	0.0624	-63.8672	1.3252	198.779
3	0.7099	-0.3972	-0.2775	1.1195	0.4612	0.5276	0.0227	0.0116	0.0579	-0.0462	-0.0006	0.0487	-0.0108	-0.0715	-0.0229	0.0904	-0.0091	0.0047	0.1018	0.0016	0.0865	-64.7802	4.2317	179.9824
4	0.4618	-0.0638	-0.2708	0.1535	0.1049	0.4933	0.0407	-0.0238	0.0302	-0.0161	-0.0187	0.0031	-0.009	-0.0465	-0.0202	0.0729	-0.0153	0.006	0.0618	-0.002	0.0726	-53.2626	0.1242	181.1381
5	0.6063	0.1042	0.0858	0.3882	-0.0972	0.4583	0.0429	-0.1419	0.1035	0.0283	-0.0765	-0.0335	0.0341	-0.0659	0.0287	0.0712	-0.0211	-0.0037	0.0882	-0.0104	0.0664	-54.0227	-0.164	195.4913
6	0.1232	0.0867	-0.1191	0.4643	-0.1476	0.316	0.0748	-0.0144	0.0802	-0.0078	-0.009	0.046	-0.1341	0.0004	-0.0435	0.1272	-0.0093	0.0291	0.1174	-0.0236	0.1468	-47.1885	18.9016	186.4617
7	1.0648	0.3883	-0.0743	0.3828	-0.0995	0.2843	0.0281	-0.0332	0.2256	0.0503	0.0388	0.1049	-0.1991	-0.0721	-0.0277	0.2509	0.0085	0.0697	0.1058	-0.0181	0.1921	-56.7487	34.1739	182.0804
8	1.0342	-0.1741	-0.0437	0.4615	-0.1407	0.873	0.046	-0.2849	0.1801	0.1986	0.0475	0.0593	-0.3419	-0.1348	-0.0699	0.3483	-0.0123	0.0565	0.233	-0.0476	0.21	-50.3995	33.074	192.0924
9	0.0975	-0.0751	0.0412	0.4355	-0.0936	0.1506	0.0277	-0.0285	0.0295	0.0014	-0.0038	0.031	-0.0402	-0.0075	-0.02	0.0907	-0.0105	0.0183	0.0637	-0.0144	0.0795	-41.3609	12.9258	177.5109
10	1.0867	-1.0479	-0.0658	1.9761	0.2468	0.3248	0.0327	0.0101	-0.0922	-0.0639	0.0003	-0.0631	0.0057	0.1173	-0.013	0.0716	-0.0273	-0.0067	0.1442	-0.0298	0.1189	-0.9959	-2.0864	190.331
11	0.3244	-0.0501	-0.0333	0.2353	0.216	0.6803	0.1033	-0.2935	0.151	0.1207	0.0707	-0.0318	-0.0206	0.5182	0.1572	0.0494	-0.0229	-0.0953	0.1988	-0.1106	0.0309	-12.4901	7.5851	197.9192
12	0.6086	-0.319	0.2381	0.9372	-0.4805	0.7079	-0.0036	-0.0526	-0.0115	-0.0124	-0.0089	-0.072	0.0036	0.0763	0.0009	0.079	-0.0175	-0.0054	0.0934	-0.0127	0.0958	-11.5732	-0.482	180.6854
13	0.3875	-0.0078	0.2257	0.1796	0.012	0.552	0.0423	-0.0345	-0.0194	0.0077	-0.0007	-0.0174	0.0243	0.0504	-0.0325	0.0653	-0.0137	-0.0019	0.0657	0.0008	0.0731	-23.0829	3.8069	180.6414
14	0.2243	0.2633	0.1464	0.252	0.0737	0.1252	0.0591	-0.0996	-0.0387	0.0251	-0.0362	-0.0097	0.059	0.007	-0.0186	0.1004	-0.0182	-0.0101	0.0983	0.0096	0.0955	-26.7206	-5.341	192.1597
15	1.1872	0.47	0.0734	0.4208	0.0621	0.2618	0.1128	-0.0773	-0.2376	0.0282	-0.0563	-0.1008	0.1881	0.0621	-0.0503	0.1792	-0.0127	-0.0674	0.0938	0.0424	0.2019	-19.673	-28.7314	190.9537
16	0.7477	-0.1314	-0.093	0.6038	0.2602	0.8211	0.0183	-0.2459	-0.1233	0.1792	0.0164	-0.0472	0.1728	0.1842	-0.0053	0.2358	-0.0313	-0.0436	0.2071	0.057	0.1706	-25.7659	-25.1536	200.4013
17	0.1538	-0.1016	0.0504	0.5298	-0.0383	0.1933	0.0345	-0.0252	-0.0193	0.014	-0.0113	-0.038	0.0351	0.0022	-0.0251	0.0896	-0.0103	-0.0167	0.0726	0.0071	0.0687	-35.0518	-9.6302	180.814

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 29 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 30 through 72 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 73 through 119 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 120 through 210 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 211 through 245 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 246 through 306 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 307 through 346 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 347 through 423 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 424 through 497 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 3 through 29 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 30 through 72 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 73 through 119 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 120 through 210 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 211 through 306 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 307 through 346 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 347 through 422 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 423 through 497 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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