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- PDB-5ius: Crystal structure of human PD-L1 in complex with high affinity PD... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ius
タイトルCrystal structure of human PD-L1 in complex with high affinity PD-1 mutant
要素
  • Programmed cell death 1 ligand 1
  • Programmed cell death protein 1
キーワードIMMUNE SYSTEM / immune checkpoint / tumor surveillance / cancer / receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of tolerance induction / regulatory T cell apoptotic process / negative regulation of tumor necrosis factor superfamily cytokine production / positive regulation of activated CD8-positive, alpha-beta T cell apoptotic process / negative regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / negative regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / negative regulation of T cell activation / B cell apoptotic process / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / positive regulation of T cell apoptotic process ...negative regulation of tolerance induction / regulatory T cell apoptotic process / negative regulation of tumor necrosis factor superfamily cytokine production / positive regulation of activated CD8-positive, alpha-beta T cell apoptotic process / negative regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / negative regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / negative regulation of T cell activation / B cell apoptotic process / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / positive regulation of T cell apoptotic process / negative regulation of immune response / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / negative regulation of B cell apoptotic process / negative regulation of interleukin-10 production / negative regulation of activated T cell proliferation / positive regulation of interleukin-10 production / negative regulation of type II interferon production / humoral immune response / regulation of immune response / PD-1 signaling / positive regulation of T cell proliferation / T cell costimulation / response to cytokine / recycling endosome membrane / actin cytoskeleton / signaling receptor activity / early endosome membrane / cellular response to lipopolysaccharide / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / transcription coactivator activity / cell surface receptor signaling pathway / receptor ligand activity / positive regulation of cell migration / immune response / external side of plasma membrane / apoptotic process / signal transduction / extracellular exosome / nucleoplasm / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Programmed cell death protein 1 / : / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. ...Programmed cell death protein 1 / : / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Programmed cell death protein 1 / Programmed cell death 1 ligand 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.889 Å
データ登録者Pascolutti, R. / Sun, X. / Kao, J. / Maute, R. / Ring, A.M. / Bowman, G.R. / Kruse, A.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/Office of the Director1DP5OD021345 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Structure and Dynamics of PD-L1 and an Ultra-High-Affinity PD-1 Receptor Mutant.
著者: Pascolutti, R. / Sun, X. / Kao, J. / Maute, R.L. / Ring, A.M. / Bowman, G.R. / Kruse, A.C.
履歴
登録2016年3月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月19日Group: Database references
改定 1.22017年9月6日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Programmed cell death protein 1
B: Programmed cell death protein 1
C: Programmed cell death 1 ligand 1
D: Programmed cell death 1 ligand 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,9275
ポリマ－79,8924
非ポリマー351
水59433
1
A: Programmed cell death protein 1
C: Programmed cell death 1 ligand 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9813
ポリマ－39,9462
非ポリマー351
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1860 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area18440 Å2
手法PISA
2
B: Programmed cell death protein 1
D: Programmed cell death 1 ligand 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9462
ポリマ－39,9462
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1660 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area18200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.851, 86.851, 111.848
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

-
要素

#1: タンパク質 Programmed cell death protein 1 / hPD-1


分子量: 14175.635 Da / 分子数: 2
変異: V64H, N66V, Y68H, M70E, N74G, K78T, C93A, L122V, A125V, A132I
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDCD1, PD1 / プラスミド: pMAL / 細胞株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15116
#2: タンパク質 Programmed cell death 1 ligand 1 / Programmed death ligand 1 / B7 homolog 1 / B7-H1


分子量: 25770.248 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD274, B7H1, PDCD1L1, PDCD1LG1, PDL1 / プラスミド: pET28 / 細胞株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NZQ7
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.41 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.4 / 詳細: 0.1 M bis-TRIS pH 6.4, 17% PEG MME 5000, 2 mM LiCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月24日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.889→50 Å / Num. obs: 18559 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.1 % / CC1/2: 0.997 / Rsym value: 0.165 / Net I/σ(I): 8.37
反射 シェル解像度: 2.889→3.08 Å / 冗長度: 5.8 % / Mean I/σ(I) obs: 0.55 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3RRQ, 3SBW

3rrq

3sbw


解像度: 2.889→47.02 Å / SU ML: 0.57 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.58 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2596 1847 9.95 %
Rwork0.2075 --
obs0.2127 18559 99.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.889→47.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5080 0 1 33 5114
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035204
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5687094
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.9611850
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.021825
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002919
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8886-2.96670.4641370.39781222X-RAY DIFFRACTION96
2.9667-3.0540.39061440.35371271X-RAY DIFFRACTION99
3.054-3.15250.39541420.34951303X-RAY DIFFRACTION100
3.1525-3.26520.37991390.3191260X-RAY DIFFRACTION100
3.2652-3.39590.35381440.291300X-RAY DIFFRACTION100
3.3959-3.55040.34661410.27541287X-RAY DIFFRACTION100
3.5504-3.73750.34021440.26421292X-RAY DIFFRACTION100
3.7375-3.97160.29731390.23451295X-RAY DIFFRACTION100
3.9716-4.2780.24321400.20771281X-RAY DIFFRACTION100
4.278-4.70820.20141440.15821300X-RAY DIFFRACTION100
4.7082-5.38860.19771430.15281295X-RAY DIFFRACTION100
5.3886-6.78580.21991440.18181299X-RAY DIFFRACTION100
6.7858-47.02580.22941460.16951307X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.16432.76533.57225.26042.60437.02250.11220.05820.3130.05330.2363-0.11560.13090.2011-0.21940.64040.10120.10270.90550.00780.7286-40.9259-12.1161-30.8789
22.6218-1.99083.076710.0512-1.14685.95752.06041.30271.26941.124-0.2205-1.66081.26911.1973-1.28191.43930.3206-0.25870.95230.05641.0908-35.2178-24.1369-25.6139
35.9798-1.8063.69765.4701-0.33338.4284-0.24060.3112-0.0401-0.17680.01490.01220.9216-0.22980.38650.853-0.18690.09040.7103-0.07820.5769-42.3023-17.5494-31.554
42.4911-0.1043.82296.26822.57457.34430.1011-0.00270.6370.0738-0.30940.5247-0.5576-0.38980.13410.44290.09030.03080.64710.08010.5777-43.3398-9.9098-29.112
53.1733.0531-3.25035.2525-1.58946.51870.34471.15590.46051.1475-0.6371-0.0392-1.7174-0.35670.13481.53130.2165-0.18030.75530.01770.8038-32.5549-4.861923.2841
60.8178-1.4065-1.90094.39443.99824.65180.8785-0.9073-1.50125.1682-0.4871.62194.6305-4.3781-0.73482.4578-0.3682-0.0661.92090.19881.2209-43.9853-19.229124.8224
75.33711.76814.42636.30690.22386.1702-0.42360.01190.109-0.34630.3602-0.0335-0.1782-0.0085-0.08450.93120.2173-0.06170.890.11420.7344-30.7693-12.808417.1195
82.450.0277-0.91653.05474.64487.4968-1.25050.29560.3638-2.72422.36081.2246-1.60563.4854-0.18411.3488-0.2932-0.13051.68540.59671.3564-19.2354-3.004414.3227
91.63560.072.39283.93632.20777.75010.07550.02340.36951.4590.16380.3959-0.1914-1.2843-0.25561.02930.3117-0.10261.02120.090.7797-41.6536-10.854816.5864
108.83370.80652.05758.86031.4567.8638-1.6675-2.47410.77390.6620.1475-0.3552-2.53281.37841.23262.01470.0135-0.45331.2350.20211.4944-22.32913.988518.5977
113.57161.99211.20438.07983.50636.01120.00250.0741-0.13740.0190.2838-1.2888-0.42021.4948-0.16360.4922-0.0691-0.07151.05650.00740.799-26.1362-1.9076-15.3944
121.7009-3.6337-0.12888.89972.66915.3176-0.4626-0.24980.8332-0.52181.2948-1.3613-2.54641.2354-0.41.3379-0.3482-0.06770.4426-0.04650.9196-40.08522.09610.0812
137.536-3.1682-1.6157.19975.79684.86720.19870.8950.5465-1.041-0.15520.2143-1.6995-0.9435-0.37091.29260.2751-0.04290.73610.20360.7829-46.87325.7613-1.2646
144.0727-3.39991.58976.72064.3369.04920.056-0.35810.4107-0.6066-0.4235-0.062-2.4984-0.58940.2711.8958-0.0667-0.01960.77040.13010.9021-47.115828.91566.9341
158.37830.87813.01946.35120.01369.85611.21170.1762-0.7232-0.15730.0765-0.17130.23940.5423-1.45760.69540.26240.10551.0544-0.00180.7101-63.028914.2051-21.2012
167.89-3.22252.63387.16880.15687.74110.59430.1631-0.1427-0.57050.10650.83471.0816-0.1592-0.38450.5251-0.110.03540.85740.19460.7549-44.2243-8.186-2.9492
178.3769-2.05945.38179.2819-4.15874.6460.116-0.3734-1.3127-0.37210.97111.27561.7636-0.3241-0.87271.19590.1052-0.1950.9954-0.00040.8754-44.3211-19.04462.9114
183.4757-2.8803-1.22885.7733-1.63853.53290.0252-0.466-3.0126-0.44060.47062.86211.6431-3.2633-0.67331.3415-0.2522-0.24281.57640.26611.9321-52.9377-21.57116.0713
193.75161.23231.77248.5754-4.27223.6793-0.94880.6853-0.8484-0.00751.66692.5160.4216-2.6105-0.59731.2687-0.1234-0.08741.46520.2911.5703-58.2691-16.66281.6123
209.5334-6.1989-0.0345.846-0.19367.05130.19782.0775-2.063-1.69650.20952.1512.570.3025-0.54161.46620.0346-0.27871.2421-0.18590.9651-45.8556-20.4264-4.4777
213.4889-0.06392.34783.84941.98547.35730.29110.78960.261-0.9075-0.07270.54320.0116-0.2453-0.07710.74660.08940.05690.66380.12830.9444-48.8449-11.57043.0587
223.568-6.08981.42554.3077-2.82134.81740.88841.888-0.0475-0.3705-0.98750.3481.2540.497-0.32460.87950.058-0.13651.02360.29640.952-49.7712-2.108-2.4673
233.7616-1.59110.50115.9901-4.33735.8303-0.2645-0.85580.28620.56780.57180.4105-1.2178-0.8348-0.30140.73770.25010.02390.7303-0.12920.5386-67.928419.057-17.8982
245.7702-2.26232.38688.2138-3.67667.6091-0.2837-0.3841-0.54850.5357-0.03790.5162-0.6147-0.32310.04710.65530.22970.00571.1688-0.06620.7504-66.532615.1822-13.7241
254.11472.50925.23711.15193.46217.5898-0.61330.88730.6518-0.43850.60660.9253-2.3025-0.1113-0.08211.3193-0.0238-0.0531.04120.13810.935-45.78521.47357.958
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 29 through 82 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 83 through 94 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 95 through 127 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 128 through 147 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 30 through 55 )
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8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 111 through 118 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 119 through 139 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 140 through 147 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 18 through 120 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 121 through 159 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 160 through 190 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 191 through 213 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 214 through 231 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 18 through 35 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 36 through 61 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 62 through 73 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 74 through 88 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 89 through 101 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 102 through 120 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 121 through 137 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 138 through 177 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 178 through 213 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 214 through 229 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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