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- PDB-5iub: Crystal structure of stabilized A2A adenosine receptor A2AR-StaR2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5iub
タイトルCrystal structure of stabilized A2A adenosine receptor A2AR-StaR2-bRIL in complex with compound 12x at 2.1A resolution
要素Adenosine receptor A2a,Soluble cytochrome b562,Adenosine receptor A2a
キーワードMEMBRANE PROTEIN / G-protein-coupled receptor / integral membrane protein / chimera / thermostabilizing mutations
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of acetylcholine secretion, neurotransmission / regulation of norepinephrine secretion / negative regulation of alpha-beta T cell activation / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / Adenosine P1 receptors / G protein-coupled adenosine receptor activity / response to purine-containing compound / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway / NGF-independant TRKA activation / Surfactant metabolism ...positive regulation of acetylcholine secretion, neurotransmission / regulation of norepinephrine secretion / negative regulation of alpha-beta T cell activation / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / Adenosine P1 receptors / G protein-coupled adenosine receptor activity / response to purine-containing compound / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway / NGF-independant TRKA activation / Surfactant metabolism / sensory perception / positive regulation of urine volume / synaptic transmission, dopaminergic / type 5 metabotropic glutamate receptor binding / negative regulation of vascular permeability / synaptic transmission, cholinergic / positive regulation of glutamate secretion / intermediate filament / presynaptic active zone / blood circulation / response to caffeine / eating behavior / inhibitory postsynaptic potential / alpha-actinin binding / regulation of calcium ion transport / asymmetric synapse / axolemma / membrane depolarization / phagocytosis / cellular defense response / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / prepulse inhibition / neuron projection morphogenesis / astrocyte activation / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / response to amphetamine / central nervous system development / positive regulation of long-term synaptic potentiation / positive regulation of apoptotic signaling pathway / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / regulation of mitochondrial membrane potential / positive regulation of protein secretion / excitatory postsynaptic potential / synaptic transmission, glutamatergic / locomotory behavior / apoptotic signaling pathway / electron transport chain / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of inflammatory response / vasodilation / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / blood coagulation / cell-cell signaling / presynaptic membrane / G alpha (s) signalling events / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of neuron apoptotic process / postsynaptic membrane / periplasmic space / calmodulin binding / electron transfer activity / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / iron ion binding / response to xenobiotic stimulus / inflammatory response / negative regulation of cell population proliferation / neuronal cell body / apoptotic process / heme binding / dendrite / lipid binding / regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex binding / glutamatergic synapse / enzyme binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Adenosine A2A receptor / Adenosine receptor / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6DV / CHOLESTEROL / OLEIC ACID / (2S)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Soluble cytochrome b562 / Adenosine receptor A2a
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Segala, E. / Guo, D. / Cheng, R.K.Y. / Bortolato, A. / Deflorian, F. / Dore, A.S. / Errey, J.C. / Heitman, L.H. / Ijzerman, A.P. / Marshall, F.H. / Cooke, R.M.
資金援助1件
組織認可番号国
Innovative Medicines Initiative Joint Undertaking115366
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: Controlling the Dissociation of Ligands from the Adenosine A2A Receptor through Modulation of Salt Bridge Strength.
著者: Segala, E. / Guo, D. / Cheng, R.K. / Bortolato, A. / Deflorian, F. / Dore, A.S. / Errey, J.C. / Heitman, L.H. / IJzerman, A.P. / Marshall, F.H. / Cooke, R.M.
履歴
登録2016年3月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月27日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenosine receptor A2a,Soluble cytochrome b562,Adenosine receptor A2a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,34931
ポリマ－47,9971
非ポリマー9,35330
水1,856103
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8940 Å2
ΔGint35 kcal/mol
Surface area20790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.276, 179.551, 139.561
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Adenosine receptor A2a,Soluble cytochrome b562,Adenosine receptor A2a / Cytochrome b-562


分子量: 47996.746 Da / 分子数: 1
変異: A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, ...変異: A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: ADORA2A, ADORA2, cybC / プラスミド: pFAST-Bac / 細胞株 (発現宿主): Tni PRO / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P29274, UniProt: P0ABE7

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非ポリマー , 7種, 133分子

#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-6DV / N~5~-{2-[4-(2,4-difluorophenyl)piperazin-1-yl]ethyl}-2-(furan-2-yl)[1,2,4]triazolo[1,5-a][1,3,5]triazine-5,7-diamine


分子量: 441.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H21F2N9O
#4: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL


分子量: 386.654 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
#5: 化合物
ChemComp-OLA / OLEIC ACID


分子量: 282.461 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#6: 化合物
ChemComp-OLB / (2S)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate


分子量: 356.540 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#7: 化合物 ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol


分子量: 356.540 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.36 % / 解説: rectangular
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5.5
詳細: 0.1M MES pH 5.5, 0.2M K/Na tartrate, 27.5-40% PEG400, 0.5-1% (v/v) (+/-)-2-methyl-2,4-pentanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月3日 / 詳細: (double) KB mirror pair
放射モノクロメーター: Double Si(111) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→33.62 Å / Num. obs: 27609 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 31.9 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.147 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.959 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 77.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSVERSION January 10, 2014データ削減
Aimless0.3.11データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5IU4

5iu4


解像度: 2.1→33.621 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.89 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2184 1373 4.98 %Copied from PDB entry 5IU4
Rwork0.1879 ---
obs0.1893 27587 93.59 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→33.621 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2998 0 509 103 3610
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053753
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4215025
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.9322105
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.034564
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003604
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1003-2.17540.27981130.30852146X-RAY DIFFRACTION78
2.1754-2.26240.29061380.26312449X-RAY DIFFRACTION90
2.2624-2.36540.27431360.22942712X-RAY DIFFRACTION98
2.3654-2.49010.25311620.20942712X-RAY DIFFRACTION98
2.4901-2.6460.23871250.18562716X-RAY DIFFRACTION97
2.646-2.85020.18951650.17952654X-RAY DIFFRACTION97
2.8502-3.13680.23761450.17562664X-RAY DIFFRACTION96
3.1368-3.59030.17481300.17132731X-RAY DIFFRACTION96
3.5903-4.52170.21871360.15692683X-RAY DIFFRACTION95
4.5217-33.62570.19151230.1862747X-RAY DIFFRACTION91
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.337-0.42211.36322.06440.33544.1055-0.01250.02540.2641-0.52810.07330.7725-0.1606-0.2294-0.00170.2133-0.0043-0.02250.3043-0.00570.152-30.8741-3.96627.0176
20.0180.0019-0.08170.0022-0.03080.50240.1673-0.1388-0.29950.18340.35750.90880.7434-0.52260.13041.0012-0.2661-0.16930.27630.15960.4581-30.8278-29.843315.3068
31.24310.16650.52850.47450.3951.31460.06390.0014-0.0325-0.113-0.10370.28360.1625-0.2335-00.2288-0.03620.02750.3034-0.00230.1744-29.8454-4.591817.2648
41.8641-0.14920.44030.09290.22321.6208-0.1449-0.0361-0.07040.20380.102-0.0370.2139-0.07770.00010.1855-0.0156-0.0130.22880.01230.1554-22.3539-9.15223.9297
54.6745-0.631-2.90030.15660.40631.7957-0.6299-1.2962-0.81780.30040.20470.05080.91061.12960.07820.8661-0.0480.07420.32920.00710.5293-19.5878-32.026728.7249
60.90190.36240.04840.0932-0.12151.21640.2047-0.2576-0.13710.124-0.40660.2480.4832-0.283-0.01190.3347-0.03970.0010.30650.0270.1767-27.2052-12.029529.8112
70.87-0.15890.65450.16180.01910.8716-0.10840.05190.56630.1965-0.15670.0832-0.4568-0.02030.06590.28620.0494-0.06130.29360.0110.357-27.41116.492727.5336
80.92770.37160.13240.8692-1.09231.20110.0488-0.11190.08060.0329-0.02320.1827-0.0965-0.10450.00020.1890.0181-0.00470.2269-0.01960.195-19.50027.934524.862
90.92330.5655-0.37310.87170.59910.2121-0.0876-0.037-0.49820.44490.1502-0.54210.55840.14290.00040.35340.0504-0.04840.2496-0.01150.3843-7.6027-19.633121.9461
101.3984-0.78520.39181.269-1.06272.20160.09910.0202-0.2999-0.561-0.0841-0.01550.40360.08740.00330.22530.05310.04250.23880.02380.2294-12.5329-13.149814.9776
110.1687-0.08720.26120.39960.24080.6713-0.45230.6683-0.03430.37860.4851-0.3195-0.38670.96880.01640.36260.006-0.07660.340.00250.3603-8.500916.268716.3304
121.92780.41480.02520.6599-1.1051.7117-0.08980.1397-0.1904-0.45120.02470.320.32460.00190.00030.2551-0.01070.02260.2729-0.01120.2064-20.4432-4.89668.3259
130.85410.7325-0.38741.6009-0.79660.7908-0.13830.0597-0.9481-1.11340.3556-0.63061.1787-0.1402-0.080.9605-0.1901-0.04130.4357-0.11920.4316-29.9901-25.26013.4134
140.7215-0.29060.5351.16361.11682.7271-0.3740.0398-0.1825-1.1566-0.4885-1.6568-0.50420.2865-0.2420.66250.0280.36730.33570.1551.3265.7028-48.936716.6169
150.04830.1832-0.210.747-1.43912.675-0.2383-0.23460.31920.2147-0.9151-1.5156-0.74870.6063-0.32560.54020.0618-0.07240.4061-0.14581.46673.9106-52.708125.5719
166.1153-2.16141.02133.0821-1.04152.1561-0.2292-1.75570.95330.6380.87670.32230.0054-0.91350.11770.5872-0.0079-0.04880.45980.1030.9286-5.1119-57.839723.6004
170.0511-0.05730.02290.04230.05810.12540.25540.42130.0972-0.3495-0.3151-0.44620.23770.6681-0.00020.95940.25670.19450.57160.06671.17466.271-65.079518.6545
182.39830.71060.60891.17240.59191.04060.10910.934-0.7559-1.35770.49350.48020.0622-0.45160.64171.35270.272-0.00910.30020.08090.9701-4.5399-55.32312.6729
190.8643-0.64790.32680.6740.19381.5076-0.2392-1.00710.1994-0.02780.4613-0.6696-0.18-0.1004-0.19371.23110.43410.05390.5323-0.30250.7824-7.8726-46.896413.5351
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A (resid -1 through 34)
2X-RAY DIFFRACTION2chain A (resid 35 through 38)
3X-RAY DIFFRACTION3chain A (resid 39 through 73)
4X-RAY DIFFRACTION4chain A (resid 74 through 108)
5X-RAY DIFFRACTION5chain A (resid 109 through 117)
6X-RAY DIFFRACTION6chain A (resid 118 through 137)
7X-RAY DIFFRACTION7chain A (resid 138 through 161)
8X-RAY DIFFRACTION8chain A (resid 162 through 186)
9X-RAY DIFFRACTION9chain A (resid 187 through 208)
10X-RAY DIFFRACTION10chain A (resid 219 through 259)
11X-RAY DIFFRACTION11chain A (resid 260 through 265)
12X-RAY DIFFRACTION12chain A (resid 266 through 292)
13X-RAY DIFFRACTION13chain A (resid 293 through 307)
14X-RAY DIFFRACTION14chain A (resid 1001 through 1021)
15X-RAY DIFFRACTION15chain A (resid 1022 through 1042)
16X-RAY DIFFRACTION16chain A (resid 1058 through 1081)
17X-RAY DIFFRACTION17chain A (resid 1082 through 1093)
18X-RAY DIFFRACTION18chain A (resid 1094 through 1101)
19X-RAY DIFFRACTION19chain A (resid 1102 through 1106)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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