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- PDB-5iub: Crystal structure of stabilized A2A adenosine receptor A2AR-StaR2... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5iub | ||||||
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Title | Crystal structure of stabilized A2A adenosine receptor A2AR-StaR2-bRIL in complex with compound 12x at 2.1A resolution | ||||||
![]() | Adenosine receptor A2a,Soluble cytochrome b562,Adenosine receptor A2a | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() positive regulation of acetylcholine secretion, neurotransmission / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / regulation of norepinephrine secretion / negative regulation of alpha-beta T cell activation / Adenosine P1 receptors / G protein-coupled adenosine receptor activity / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway / response to purine-containing compound / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Segala, E. / Guo, D. / Cheng, R.K.Y. / Bortolato, A. / Deflorian, F. / Dore, A.S. / Errey, J.C. / Heitman, L.H. / Ijzerman, A.P. / Marshall, F.H. / Cooke, R.M. | ||||||
Funding support | 1items
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![]() | ![]() Title: Controlling the Dissociation of Ligands from the Adenosine A2A Receptor through Modulation of Salt Bridge Strength. Authors: Segala, E. / Guo, D. / Cheng, R.K. / Bortolato, A. / Deflorian, F. / Dore, A.S. / Errey, J.C. / Heitman, L.H. / IJzerman, A.P. / Marshall, F.H. / Cooke, R.M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 196.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 154.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 5iu4SC ![]() 5iu7C ![]() 5iu8C ![]() 5iuaC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 47996.746 Da / Num. of mol.: 1 Mutation: A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, ...Mutation: A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Gene: ADORA2A, ADORA2, cybC / Plasmid: pFAST-Bac / Cell line (production host): Tni PRO / Production host: ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 7 types, 133 molecules ![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/6DV.gif)
![](data/chem/img/CLR.gif)
![](data/chem/img/OLA.gif)
![](data/chem/img/OLB.gif)
![](data/chem/img/OLC.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/6DV.gif)
![](data/chem/img/CLR.gif)
![](data/chem/img/OLA.gif)
![](data/chem/img/OLB.gif)
![](data/chem/img/OLC.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-NA / | ||||||||
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#3: Chemical | ChemComp-6DV / | ||||||||
#4: Chemical | ![]() #5: Chemical | ChemComp-OLA / ![]() #6: Chemical | ChemComp-OLB / ( #7: Chemical | #8: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.58 Å3/Da / Density % sol: 52.36 % / Description: rectangular |
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Crystal grow![]() | Temperature: 293 K / Method: lipidic cubic phase / pH: 5.5 Details: 0.1M MES pH 5.5, 0.2M K/Na tartrate, 27.5-40% PEG400, 0.5-1% (v/v) (+/-)-2-methyl-2,4-pentanediol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Oct 3, 2014 / Details: (double) KB mirror pair |
Radiation | Monochromator: Double Si(111) crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 2.1→33.62 Å / Num. obs: 27609 / % possible obs: 94.4 % / Redundancy: 5 % / Biso Wilson estimate: 31.9 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.147 / Net I/σ(I): 9 |
Reflection shell | Resolution: 2.1→2.16 Å / Redundancy: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.959 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 77.7 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 5IU4 Resolution: 2.1→33.621 Å / SU ML: 0.25 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 20.89 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→33.621 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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