PDB-5itw: Crystal structure of Bacillus subtilis BacC Dihydroanticapsin 7-d...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5itw

タイトル

Crystal structure of Bacillus subtilis BacC Dihydroanticapsin 7-dehydrogenase

要素

Dihydroanticapsin 7-dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / short-chain dehydrogenases/reductases / Rossmann fold / NAD(P) binding domain

機能・相同性

機能・相同性情報

dihydroanticapsin dehydrogenase / antibiotic biosynthetic process / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.19 Å

データ登録者

Perinbam, K. / Balaram, H. / Row, T.N.G. / Gopal, B.

資金援助

インド, 2件

引用

ジャーナル: Protein Eng. Des. Sel. / 年: 2017
タイトル: Probing the influence of non-covalent contact networks identified by charge density analysis on the oxidoreductase BacC.
著者: Perinbam, K. / Balaram, H. / Guru Row, T.N. / Gopal, B.

履歴

登録	2016年3月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年2月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年12月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5itw.cif.gz	410.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5itw.ent.gz	336.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5itw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/it/5itw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/it/5itw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5itvC 3awdS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5vrn-7 3tzh-2 3tzh-1 1uls-2 2ag5-d 4h16-1 4fj2-d 5en4-1 5va8-d 2ie0-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (3) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (3) #188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Dihydroanticapsin 7-dehydrogenase

B: Dihydroanticapsin 7-dehydrogenase

C: Dihydroanticapsin 7-dehydrogenase

D: Dihydroanticapsin 7-dehydrogenase

ヘテロ分子

110 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.520, 87.200, 78.290
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.08, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: GLN / End label comp-ID: GLN / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 255 / Label seq-ID: 1 - 255

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	1	B	B
1	2	A	A
2	2	C	C
1	3	A	A
2	3	D	D
1	4	B	B
2	4	C	C
1	5	B	B
2	5	D	D
1	6	C	C
2	6	D	D

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Dihydroanticapsin 7-dehydrogenase / Bacilysin biosynthesis oxidoreductase BacC 分子量: 27350.293 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: sulfate ions are modelled 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) 株: 168 / 遺伝子: bacC, ywfD, BSU37720, ipa-82d / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P39640, dihydroanticapsin dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 987 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.4 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2M Ammonium sulfate, 0.1M BIS-TRIS pH6.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3350, 10% glycerol cryoprotectant, 0.05M Tris, 0.25M NaCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.95372 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月12日
放射	モノクロメーター: Band pass 1.9x10-4 for a Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.187→32.95 Å / Num. obs: 305981 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.1 % / B_iso Wilson estimate: 10.1 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_sym value: 0.071 / Net I/σ(I): 9.2
反射シェル	解像度: 1.187→1.25 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 1.067 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 97.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0049	精密化
iMOSFLM	7.2.0	データ削減
SCALA	3.3.21	データスケーリング
PHASER	2.5.6	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3AWD

3awd

解像度: 1.19→32.95 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.98 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.974 / SU B: 1.581 / SU ML: 0.03 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.034 / ESU R Free: 0.034 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.163	15057	4.9 %	RANDOM
R_work	0.138	-	-	-
obs	0.139	290778	99.53 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.258 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.58 Å²	0 Å²	0.59 Å²
2-	-	0.55 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.19 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.19→32.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7576	0	40	987	8603

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	7962
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.008	0.02	7703
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.583	1.962	10848
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.388	3	17740
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.762	5	1073
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.828	26.571	315
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.61	15	1367
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.687	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	0.2	1287
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	9268
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	1675
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.13	1.53	4212
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.109	1.53	4211
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.619	2.305	5301
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.623	2.305	5302
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.825	1.899	3750
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.773	1.881	3719
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.346	2.687	5496
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.125	14.596	10002
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.437	13.669	9442
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	3.52	3	15665
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	36.519	5	298
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	15.65	5	16221

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	15973	0.1
1	2	B	15973	0.1
2	1	A	15739	0.11
2	2	C	15739	0.11
3	1	A	15671	0.09
3	2	D	15671	0.09
4	1	B	15630	0.09
4	2	C	15630	0.09
5	1	B	15531	0.08
5	2	D	15531	0.08
6	1	C	15315	0.09
6	2	D	15315	0.09

LS精密化シェル

解像度: 1.187→1.218 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.339	1097	-
R_work	0.352	20267	-
obs	-	-	94.4 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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