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- PDB-5it5: Thermus thermophilus PilB core ATPase region -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5it5
タイトルThermus thermophilus PilB core ATPase region
要素ATP binding motif-containing protein PilF
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ATPase / AAA+ / hexamer / Type IV pilus
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Type II secretion system protein GspE, N-terminal / MshEN domain / Beta-Lactamase - #90 / Type II secretion system protein GspE, N-terminal superfamily / Bacterial type II secretion system protein E signature. / Type II/IV secretion system protein / Type II/IV secretion system protein / Beta-Lactamase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold ...Type II secretion system protein GspE, N-terminal / MshEN domain / Beta-Lactamase - #90 / Type II secretion system protein GspE, N-terminal superfamily / Bacterial type II secretion system protein E signature. / Type II/IV secretion system protein / Type II/IV secretion system protein / Beta-Lactamase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Type IV pilus assembly ATPase PilB / ATP binding motif-containing protein PilF
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.648 Å
データ登録者Mancl, J. / Robinson, H. / Black, W. / Yang, Z. / Schubot, F.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1417726 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Crystal Structure of a Type IV Pilus Assembly ATPase: Insights into the Molecular Mechanism of PilB from Thermus thermophilus.
著者: Mancl, J.M. / Black, W.P. / Robinson, H. / Yang, Z. / Schubot, F.D.
履歴
登録2016年3月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月26日Group: Database references
改定 1.22016年11月9日Group: Database references
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
F: ATP binding motif-containing protein PilF
A: ATP binding motif-containing protein PilF
B: ATP binding motif-containing protein PilF
E: ATP binding motif-containing protein PilF
C: ATP binding motif-containing protein PilF
D: ATP binding motif-containing protein PilF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)258,72620
ポリマ－255,1626
非ポリマー3,56414
水6,648369
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23760 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area93410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.550, 133.560, 208.420
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

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タンパク質 , 1種, 6分子 FABECD

#1: タンパク質
ATP binding motif-containing protein PilF


分子量: 42526.992 Da / 分子数: 6 / 断片: unp residues 180-564 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
遺伝子: pilF
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q8VRL1, UniProt: Q5SLC9*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 383分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物
ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE / ATP-γ-S


分子量: 523.247 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: C10H16N5O12P3S
コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 369 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Magnesium chloride, bis-tris, PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.276396 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.276396 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.648→65.29 Å / Num. obs: 87967 / % possible obs: 99.95 % / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.1243 / Net I/σ(I): 5.83
反射 シェル解像度: 2.65→2.74 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1P9R

1p9r


解像度: 2.648→65.289 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.4 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2735 2838 3.23 %
Rwork0.2083 85024 -
obs0.2104 87862 99.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 123.4 Å2 / Biso mean: 41.9005 Å2 / Biso min: 16.64 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.648→65.289 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17903 0 194 369 18466
Biso mean--39.06 39.2 -
残基数----2310
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01118353
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.35424821
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0492890
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0063198
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.1047053
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.648-2.69370.3951430.33954192433599
2.6937-2.74260.38381460.331641684314100
2.7426-2.79540.35761430.316141874330100
2.7954-2.85250.35961260.299642504376100
2.8525-2.91450.3241690.280441784347100
2.9145-2.98230.34311470.265941984345100
2.9823-3.05690.30971390.254642134352100
3.0569-3.13950.35051380.254142064344100
3.1395-3.23190.3561390.257842204359100
3.2319-3.33620.27771400.24642534393100
3.3362-3.45540.28461380.223842114349100
3.4554-3.59380.25461390.205742554394100
3.5938-3.75730.25851400.191642234363100
3.7573-3.95540.23951380.18542694407100
3.9554-4.20320.28531400.17542584398100
4.2032-4.52760.2291410.157142684409100
4.5276-4.98310.19751410.145942964437100
4.9831-5.70380.22381420.171543124454100
5.7038-7.18480.25381430.191343584501100
7.1848-65.30890.19761460.14424509465599

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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