PDB-5it1: Streptomyces peucetius CYP105P2 complex with biphenyl compound

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5it1

タイトル

Streptomyces peucetius CYP105P2 complex with biphenyl compound

要素

Putative cytochrome P450

キーワード

OXIDOREDUCTASE / CYP105P2-biphenyl compound complex

機能・相同性

機能・相同性情報

unspecific monooxygenase / aromatase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces peucetius (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Lee, C.W. / Lee, J.H.

引用

ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2016
タイトル: Crystal Structure of Cytochrome P450 (CYP105P2) from Streptomyces peucetius and Its Conformational Changes in Response to Substrate Binding
著者: Lee, C.W. / Lee, J.H. / Rimal, H. / Park, H. / Lee, J.H. / Oh, T.J.

履歴

登録	2016年3月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年6月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年6月15日	Group: Structure summary
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5it1.cif.gz	325.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5it1.ent.gz	266.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5it1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5it1_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5it1_full_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示
XML形式データ	5it1_validation.xml.gz	65 KB	表示
CIF形式データ	5it1_validation.cif.gz	90.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/it/5it1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/it/5it1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4z5p-2 3g5f-d 3be0-1 6hqr-d 4yzr-d 6fsh-1 4fb2-2 6rq5-d 2ij5-3 3e5j-d 2xkr-d 3cy1-d 3e5k-d 5mnv-7 4ktj-d 5fyg-1 4lht-2 5ibd-d 5ibj-d 1ehe-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

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-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (2) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative cytochrome P450

B: Putative cytochrome P450

C: Putative cytochrome P450

D: Putative cytochrome P450

ヘテロ分子

178 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Putative cytochrome P450

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Putative cytochrome P450

ヘテロ分子

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3

C: Putative cytochrome P450

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4

D: Putative cytochrome P450

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	123.0230, 122.9410, 193.2870
Angle α, β, γ (deg.)	90.0000, 90.0280, 90.0000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Putative cytochrome P450 分子量: 43695.746 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces peucetius (バクテリア) 遺伝子: cyp7863 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q70AS3, unspecific monooxygenase
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-2OH / 4,4'-PROPANE-2,2-DIYLDIPHENOL / 4,4'-ISOPROPYLIDENEDIPHENOL / BISPHENOL A / ビスフェノ-ルA 分子量: 228.286 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 657 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.44 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris Propane, 0.2 M DL-Malic acid

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97934 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 165620 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.9 % / Net I/σ(I): 39.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0049	精密化
HKL-2000		data processing
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

解像度: 2.1→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 4.877 / SU ML: 0.123 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.152 / ESU R Free: 0.15 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24297	8315	5 %	RANDOM
R_work	0.20034	-	-	-
obs	0.20247	157003	98.91 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.356 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.01 Å²	0 Å²	-0.01 Å²
2-	-	0 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12168	0	240	657	13065

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.019	12696
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	12200
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.966	1.994	17328
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.959	3	27908
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.835	5	1576
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.177	23.241	580
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.292	15	1996
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.155	15	124
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.126	0.2	1928
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.021	14544
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.009	0.02	2956
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.995	4.504	6316
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.995	4.504	6315
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.939	6.731	7888
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.939	6.732	7889
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.518	5.04	6380
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.519	5.041	6379
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.801	7.34	9441
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	8.956	36.791	14654
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	8.968	36.637	14476
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.101→2.156 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.352	564	-
R_work	0.317	11120	-
obs	-	-	94.91 %

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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