PDB-5it1: Streptomyces peucetius CYP105P2 complex with biphenyl compound

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5it1

タイトル

Streptomyces peucetius CYP105P2 complex with biphenyl compound

要素

Putative cytochrome P450

キーワード

OXIDOREDUCTASE / CYP105P2-biphenyl compound complex

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / unspecific monooxygenase / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces peucetius (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Lee, C.W. / Lee, J.H.

引用

ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2016
タイトル: Crystal Structure of Cytochrome P450 (CYP105P2) from Streptomyces peucetius and Its Conformational Changes in Response to Substrate Binding
著者: Lee, C.W. / Lee, J.H. / Rimal, H. / Park, H. / Lee, J.H. / Oh, T.J.

履歴

登録	2016年3月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年6月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年6月15日	Group: Structure summary
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5it1.cif.gz	325.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5it1.ent.gz	266.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5it1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5it1_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5it1_full_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示
XML形式データ	5it1_validation.xml.gz	65 KB	表示
CIF形式データ	5it1_validation.cif.gz	90.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/it/5it1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/it/5it1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4z5p-2 3g5f-d 3be0-1 6hqr-d 4yzr-d 6fsh-1 4fb2-2 6rq5-d 2ij5-3 3e5j-d 2xkr-d 3cy1-d 3e5k-d 5mnv-7 4ktj-d 5fyg-1 4lht-2 5ibd-d 5ibj-d 1ehe-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

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-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (2) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative cytochrome P450

B: Putative cytochrome P450

C: Putative cytochrome P450

D: Putative cytochrome P450

ヘテロ分子

178 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Putative cytochrome P450

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Putative cytochrome P450

ヘテロ分子

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3

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4

D: Putative cytochrome P450

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	123.0230, 122.9410, 193.2870
Angle α, β, γ (deg.)	90.0000, 90.0280, 90.0000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Putative cytochrome P450 分子量: 43695.746 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces peucetius (バクテリア) 遺伝子: cyp7863 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q70AS3, unspecific monooxygenase
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-2OH / 4,4'-PROPANE-2,2-DIYLDIPHENOL / 4,4'-ISOPROPYLIDENEDIPHENOL / BISPHENOL A 分子量: 228.286 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 657 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.44 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris Propane, 0.2 M DL-Malic acid

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97934 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 165620 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.9 % / Net I/σ(I): 39.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0049	精密化
HKL-2000		data processing
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

解像度: 2.1→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 4.877 / SU ML: 0.123 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.152 / ESU R Free: 0.15 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24297	8315	5 %	RANDOM
R_work	0.20034	-	-	-
obs	0.20247	157003	98.91 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.356 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.01 Å²	0 Å²	-0.01 Å²
2-	-	0 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12168	0	240	657	13065

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.019	12696
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	12200
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.966	1.994	17328
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.959	3	27908
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.835	5	1576
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.177	23.241	580
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.292	15	1996
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.155	15	124
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.126	0.2	1928
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.021	14544
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.009	0.02	2956
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.995	4.504	6316
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.995	4.504	6315
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.939	6.731	7888
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.939	6.732	7889
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.518	5.04	6380
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.519	5.041	6379
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.801	7.34	9441
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	8.956	36.791	14654
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	8.968	36.637	14476
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.101→2.156 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.352	564	-
R_work	0.317	11120	-
obs	-	-	94.91 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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