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- PDB-5iso: STRUCTURE OF FULL LENGTH HUMAN AMPK (NON-PHOSPHORYLATED AT T-LOOP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5iso
タイトルSTRUCTURE OF FULL LENGTH HUMAN AMPK (NON-PHOSPHORYLATED AT T-LOOP) IN COMPLEX WITH A SMALL MOLECULE ACTIVATOR, A BENZIMIDAZOLE DERIVATIVE (991)
要素
  • (5'-AMP-activated protein kinase subunit ...) x 2
  • 5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-2
キーワードTRANSFERASE / NUCLEOTIDE-BINDING / ACTIVATOR / NON-PHOSPHORYLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


nail development / [hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH)] kinase / [hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH)] kinase activity / regulation of stress granule assembly / AMPK inhibits chREBP transcriptional activation activity / histone H2BS36 kinase activity / cAMP-dependent protein kinase regulator activity / AMP-activated protein kinase activity / lipid droplet disassembly / Lipophagy ...nail development / [hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH)] kinase / [hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH)] kinase activity / regulation of stress granule assembly / AMPK inhibits chREBP transcriptional activation activity / histone H2BS36 kinase activity / cAMP-dependent protein kinase regulator activity / AMP-activated protein kinase activity / lipid droplet disassembly / Lipophagy / regulation of carbon utilization / import into nucleus / nucleotide-activated protein kinase complex / negative regulation of hepatocyte apoptotic process / Carnitine shuttle / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / protein kinase regulator activity / negative regulation of TOR signaling / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / cAMP-dependent protein kinase activity / regulation of glycolytic process / protein localization to lipid droplet / negative regulation of tubulin deacetylation / AMP binding / cholesterol biosynthetic process / Macroautophagy / lipid biosynthetic process / response to muscle activity / positive regulation of protein kinase activity / positive regulation of macroautophagy / regulation of macroautophagy / fatty acid homeostasis / cellular response to nutrient levels / cellular response to glucose starvation / energy homeostasis / Activation of AMPK downstream of NMDARs / positive regulation of protein localization / negative regulation of TORC1 signaling / positive regulation of gluconeogenesis / positive regulation of autophagy / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / cellular response to calcium ion / regulation of microtubule cytoskeleton organization / positive regulation of glycolytic process / TP53 Regulates Metabolic Genes / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / cellular response to glucose stimulus / regulation of circadian rhythm / ADP binding / autophagy / Wnt signaling pathway / cellular response to xenobiotic stimulus / cytoplasmic stress granule / fatty acid biosynthetic process / rhythmic process / cellular response to prostaglandin E stimulus / glucose homeostasis / positive regulation of cold-induced thermogenesis / cellular response to oxidative stress / spermatogenesis / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / protein phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / regulation of cell cycle / nuclear speck / ciliary basal body / axon / negative regulation of gene expression / protein serine kinase activity / neuronal cell body / protein serine/threonine kinase activity / dendrite / chromatin binding / protein kinase binding / negative regulation of apoptotic process / protein-containing complex binding / Golgi apparatus / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PRKAA2, UBA-like autoinhibitory domain / 5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-2, C-terminal / : / AMP-activated protein kinase, alpha subunit, autoinhibitory domain / : / Association with the SNF1 complex (ASC) domain / ASC domain superfamily / : / 5'-AMP-activated protein kinase beta subunit, interaction domain / 5'-AMP-activated protein kinase beta subunit, interation domain ...PRKAA2, UBA-like autoinhibitory domain / 5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-2, C-terminal / : / AMP-activated protein kinase, alpha subunit, autoinhibitory domain / : / Association with the SNF1 complex (ASC) domain / ASC domain superfamily / : / 5'-AMP-activated protein kinase beta subunit, interaction domain / 5'-AMP-activated protein kinase beta subunit, interation domain / AMPK, C-terminal adenylate sensor domain / Adenylate sensor of SNF1-like protein kinase / AMP-activated protein kinase, glycogen-binding domain / Glycogen recognition site of AMP-activated protein kinase / KA1 domain/Ssp2, C-terminal / Ubiquitin-associated (UBA) domain / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Immunoglobulin E-set / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-992 / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / STAUROSPORINE / 5'-AMP-activated protein kinase subunit gamma-1 / 5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-2 / 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.63 Å
データ登録者Xiao, B. / Hubbard, J.A. / Gamblin, S.J.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: STRUCTURE OF FULL LENGTH HUMAN AMPK (NON-PHOSPHORYLATED AT T-LOOP) IN COMPLEX WITH A SMALL MOLECULE ACTIVATOR, A BENZIMIDAZOLE DERIVATIVE (991)
著者: Xiao, B. / Hubbard, J.A. / Gamblin, S.J.
履歴
登録2016年3月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月12日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record
Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.22019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-2
B: 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-1
E: 5'-AMP-activated protein kinase subunit gamma-1
C: 5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-2
D: 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-1
F: 5'-AMP-activated protein kinase subunit gamma-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)268,84716
ポリマ－264,9676
非ポリマー3,88010
水1,44180
1
A: 5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-2
B: 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-1
E: 5'-AMP-activated protein kinase subunit gamma-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,4238
ポリマ－132,4833
非ポリマー1,9405
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16640 Å2
ΔGint-100 kcal/mol
Surface area42190 Å2
手法PISA
2
C: 5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-2
D: 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-1
F: 5'-AMP-activated protein kinase subunit gamma-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,4238
ポリマ－132,4833
非ポリマー1,9405
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16280 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area40810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.420, 129.390, 139.280
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.73, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AC

#1: タンパク質 5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-2 / AMPK subunit alpha-2 / Acetyl-CoA carboxylase kinase / ACACA kinase / Hydroxymethylglutaryl-CoA ...AMPK subunit alpha-2 / Acetyl-CoA carboxylase kinase / ACACA kinase / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase kinase / HMGCR kinase


分子量: 62408.602 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRKAA2, AMPK, AMPK2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P54646, non-specific serine/threonine protein kinase, EC: 2.7.11.27, [hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH)] kinase

-
5'-AMP-activated protein kinase subunit ... , 2種, 4分子 BDEF

#2: タンパク質 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-1 / AMPKb


分子量: 32448.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: B 108 SER is phosphorylated, and renamed to SEP. THE 16 RESIDUES (MGLNDIFEAQKIEWHE) AT THE N-TERMINAL OF BETA-1 ARE EXPRESSION TAG
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRKAB1, AMPK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y478
#3: タンパク質 5'-AMP-activated protein kinase subunit gamma-1 / AMPKg


分子量: 37626.289 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRKAG1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P54619

-
非ポリマー , 4種, 90分子

#4: 化合物 ChemComp-STU / STAUROSPORINE


分子量: 466.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H26N4O3 / コメント: 抗生剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-992 / 5-[[6-chloranyl-5-(1-methylindol-5-yl)-1H-benzimidazol-2-yl]oxy]-2-methyl-benzoic acid


分子量: 431.871 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H18ClN3O3
#6: 化合物
ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE


分子量: 347.221 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.79 % / 解説: rods like
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 12% PEG3350, 300 mM Guanidine in 100mM PIPES buffer at pH 7.2.
PH範囲: 7.0-7.4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97949
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年6月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.63→47.37 Å / Num. obs: 78641 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.2 % / Net I/σ(I): 14.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
xia2データ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4CFE

4cfe


解像度: 2.63→19.974 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.35
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2296 3884 4.95 %
Rwork0.1779 --
obs0.1804 78449 99.12 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.63→19.974 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14548 0 270 80 14898
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00615193
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.84720676
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4689003
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0522346
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062556
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.63-2.6620.34811350.28292636X-RAY DIFFRACTION100
2.662-2.69560.36221590.26822709X-RAY DIFFRACTION100
2.6956-2.7310.34661310.26892654X-RAY DIFFRACTION100
2.731-2.76830.3121540.25882669X-RAY DIFFRACTION100
2.7683-2.80780.31951470.2582665X-RAY DIFFRACTION100
2.8078-2.84960.26681360.25242643X-RAY DIFFRACTION100
2.8496-2.8940.32371680.23152673X-RAY DIFFRACTION100
2.894-2.94130.28851400.22172650X-RAY DIFFRACTION100
2.9413-2.99180.24541450.21922689X-RAY DIFFRACTION100
2.9918-3.04610.34021370.22042675X-RAY DIFFRACTION100
3.0461-3.10440.26081330.22752682X-RAY DIFFRACTION100
3.1044-3.16760.25541130.2322715X-RAY DIFFRACTION100
3.1676-3.23620.28811220.21972684X-RAY DIFFRACTION100
3.2362-3.31110.29271300.21272691X-RAY DIFFRACTION100
3.3111-3.39350.2881360.21132681X-RAY DIFFRACTION100
3.3935-3.48480.21821330.20082670X-RAY DIFFRACTION100
3.4848-3.58680.27751380.19432698X-RAY DIFFRACTION100
3.5868-3.70180.23661540.18212608X-RAY DIFFRACTION99
3.7018-3.83330.23521440.17882665X-RAY DIFFRACTION99
3.8333-3.98560.22921610.16932646X-RAY DIFFRACTION99
3.9856-4.16540.22111420.15472647X-RAY DIFFRACTION99
4.1654-4.38280.23221370.15352655X-RAY DIFFRACTION99
4.3828-4.65420.18191390.14392650X-RAY DIFFRACTION98
4.6542-5.00830.17621120.13932688X-RAY DIFFRACTION98
5.0083-5.50270.20711340.15712621X-RAY DIFFRACTION98
5.5027-6.27720.23721400.17552657X-RAY DIFFRACTION97
6.2772-7.82870.22961000.16692634X-RAY DIFFRACTION96
7.8287-19.97420.15121640.13782610X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8567-0.45490.62548.2582-0.46151.5406-0.15630.0736-0.08520.13030.1799-0.3476-0.1925-0.1661-0.0340.46480.13550.04830.6466-0.01730.4159-44.1031-19.87084.4096
23.0018-0.00590.63433.576-0.77794.57440.0469-0.2986-0.62990.34980.29220.33180.0372-0.7625-0.30210.40140.1242-0.04350.6540.07810.6851-51.6259-39.222819.9759
35.14240.61310.75937.5026-1.39175.497-0.34270.67310.7918-1.6520.52750.10370.12660.2998-0.19870.8636-0.1549-0.09410.7614-0.01680.6152-24.6471-41.93497.9868
47.1986-1.0809-0.00152.2421-4.21029.98460.4022-1.087-0.14431.03180.05150.892-1.066-0.0346-0.51930.85240.0053-0.02860.7129-0.11690.6744-19.9192-58.254742.8087
55.39180.00050.52132.5867-0.1482.3877-0.2204-0.58950.78420.6470.0162-0.0293-0.7081-0.2710.19571.0430.2608-0.25290.6643-0.14030.622-27.6564-24.337645.0893
60.841-0.66452.37083.0912-1.62476.252-0.5314-0.30230.21980.55160.1984-0.407-0.7391-0.01230.29470.62310.1445-0.04660.612-0.01590.539-43.7456-0.09166.9132
75.1749-1.5192-0.98963.63660.60320.8869-0.1816-0.24180.02740.31760.1150.1887-0.3627-0.36750.05630.62060.1-0.13320.560.04060.4619-27.5724-38.973538.7046
85.7282-3.1767-5.32476.98483.26644.92770.1150.5771-0.1528-0.7322-0.41090.1761-0.7586-0.08240.16430.5609-0.0427-0.07910.5550.02950.4748-12.4719-46.136418.919
93.3133-3.00492.62097.7769-4.55726.0755-0.5716-0.43150.54250.8953-0.0053-0.8589-0.82270.3420.53070.67630.0558-0.22390.5608-0.01490.563-5.1984-44.623548.5082
103.9684-1.9135-1.85998.91043.78356.9255-0.17040.26720.3335-0.1383-0.0061-0.2059-0.20690.05950.20750.3795-0.0312-0.08830.41970.05860.4381-8.6746-45.843824.7624
114.0884-4.0976.10687.8367-5.62799.28490.69371.2488-1.0253-0.8847-0.1163-0.46911.82441.8795-0.39860.73760.24280.03271.1091-0.16760.74530.5284-65.272217.295
127.4636-0.5373-1.39483.73741.11676.3566-0.0282-0.0044-0.67390.29270.033-0.00760.8093-0.02590.02950.67810.0771-0.1210.41480.0640.4493-5.3121-65.688545.0444
133.0443-2.49250.34344.52080.59826.1941-0.01370.4163-0.84750.02080.1155-0.2641.21240.3326-0.15210.76080.1309-0.01280.5511-0.09280.6875-4.9698-66.850225.1996
142.97921.8274-0.19355.1584-2.61574.8702-0.28650.2799-0.10340.0677-0.0003-0.4780.5512-0.0360.29560.4985-0.1215-0.02450.5546-0.0710.515-9.0828-1.288963.7487
153.0033-0.3614-0.55672.9524-0.29943.4885-0.06660.46920.1778-0.12910.03460.2607-0.0278-0.52060.05550.3539-0.1009-0.03060.72010.04790.652-14.277916.016245.2813
161.7341.38930.92382.53460.43934.49380.681-0.1870.42571.470.0360.5712-0.2718-0.3875-0.79551.10430.20420.30720.87570.16220.975310.85923.488557.2276
179.8713-1.4062-1.57874.72484.70214.692-0.53710.7190.3544-0.80540.37951.054-1.8281-0.91890.0750.91230.17590.06470.95320.20670.844117.553937.415329.0299
186.60312.4161-0.4483.69320.31882.3597-0.29591.1559-1.17-0.48680.1672-0.19650.3904-0.37820.08140.6777-0.09440.14710.8881-0.2470.749114.15532.201124.906
191.7206-0.0401-2.28751.589-0.69462.6988-1.39770.2281-1.1379-0.42190.2905-0.51711.7428-0.44970.98021.4924-0.24780.38420.6925-0.08161.0832-8.9808-20.995364.1908
205.55161.9860.45624.2821.1583.4589-0.04370.70620.0345-0.35110.050.33120.0699-0.6882-0.00450.35540.03960.0770.73740.07410.492112.12816.955930.7531
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244.14850.0743-3.60484.8859-0.03183.33781.4888-1.31131.32341.1888-0.04850.2332-1.95641.3382-1.50191.1775-0.26530.22021.3201-0.33470.865935.149346.937153.7052
255.52422.15482.33186.21852.82557.98190.03690.06690.8561-0.33730.06070.5018-1.2359-0.1105-0.05050.7490.09770.19320.61510.1760.574432.084945.249425.0313
268.72540.66942.54098.59543.01126.66570.5146-0.62721.4126-0.0789-0.1093-0.1087-0.99830.0855-0.42780.86960.02640.30750.5801-0.07990.606530.239646.590645.3644
276.95191.9947-3.5244.5431-3.68263.59411.00130.54591.3211.4949-0.5154-0.0896-1.52050.0115-0.64170.90850.10690.05620.75880.02850.7702-3.5259-56.725235.0894
289.98680.04366.39829.1273-4.47587.71531.0049-0.2175-0.5511-1.3704-0.0672-0.89191.38321.0576-0.88090.85210.01390.07490.7456-0.12240.623933.723337.176435.7347
297.85220.68883.80783.7437-1.45843.15360.60382.06950.67640.27730.1425-0.1981-0.4907-0.5703-0.33350.4620.16080.07770.76590.04210.5377-52.3559-25.9326.5292
304.7158-2.7096-1.62035.2945-0.22241.15890.6071-0.4331-0.3678-0.3430.0826-0.10840.8126-1.3481-0.50.3758-0.1863-0.04420.5915-0.01160.4962-16.51394.034659.7093
311.86353.1950.29385.55680.78271.1901-0.2211-1.41051.13220.85690.35610.5675-0.6685-0.5204-0.28450.69610.29280.26740.8532-0.19480.812-51.2102-10.97815.0351
327.0876-0.3936-3.85917.7511-4.10884.5115-0.26210.7604-1.5504-0.0699-0.3156-0.39093.755-3.03070.94460.9203-0.4894-0.04670.9108-0.02240.9313-15.9442-10.627663.0688
33-0.14160.0528-0.08490.2041-0.02760.0184-0.00270.0857-0.0808-0.02570.0028-0.07470.04440.06760.00920.30320.0248-0.11290.47230.04570.309-13.6473-10.20841.3848
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 9:100)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 101:276)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 277:346)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 363:377)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 397:551)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 77:193)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 201:270)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain E and resid 27:47)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain E and resid 48:128)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain E and resid 129:183)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain E and resid 184:203)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain E and resid 204:274)
13X-RAY DIFFRACTION13(chain E and resid 275:324)
14X-RAY DIFFRACTION14(chain C and resid 9:100)
15X-RAY DIFFRACTION15(chain C and resid 101:276)
16X-RAY DIFFRACTION16(chain C and resid 277:345)
17X-RAY DIFFRACTION17(chain C and resid 363:374)
18X-RAY DIFFRACTION18(chain C and resid 396:550)
19X-RAY DIFFRACTION19(chain D and resid 78:193)
20X-RAY DIFFRACTION20(chain D and resid 202:270)
21X-RAY DIFFRACTION21(chain F and resid 27:47)
22X-RAY DIFFRACTION22(chain F and resid 48:128)
23X-RAY DIFFRACTION23(chain F and resid 129:183)
24X-RAY DIFFRACTION24(chain F and resid 184:203)
25X-RAY DIFFRACTION25(chain F and resid 204:274)
26X-RAY DIFFRACTION26(chain F and resid 275:325)
27X-RAY DIFFRACTION27(chain G and resid 1:4)
28X-RAY DIFFRACTION28(chain H and resid 1:4)
29X-RAY DIFFRACTION29(chain I and resid 1:1)
30X-RAY DIFFRACTION30(chain J and resid 1:1)
31X-RAY DIFFRACTION31(chain K and resid 1:1)
32X-RAY DIFFRACTION32(chain L and resid 1:1)
33X-RAY DIFFRACTION33(chain W and resid 1:80)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る