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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5isn | |||||||||
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タイトル | NMR solution structure of macro domain from Venezuelan equine encephalitis virus | |||||||||
![]() | Non-structural polyprotein | |||||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / viral macro domain / ADP-ribose-binding module / Alphavirus / NMR spectroscopy / Venezuelan equine encephalitis virus / transferase | |||||||||
機能・相同性 | ![]() ADP-ribose 1''-phosphate phosphatase / host cell filopodium / mRNA methyltransferase activity / mRNA 5'-triphosphate monophosphatase activity / mRNA 5'-phosphatase / polynucleotide adenylyltransferase / polynucleotide 5'-phosphatase activity / poly(A) RNA polymerase activity / mRNA modification / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity ...ADP-ribose 1''-phosphate phosphatase / host cell filopodium / mRNA methyltransferase activity / mRNA 5'-triphosphate monophosphatase activity / mRNA 5'-phosphatase / polynucleotide adenylyltransferase / polynucleotide 5'-phosphatase activity / poly(A) RNA polymerase activity / mRNA modification / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / 7-methylguanosine mRNA capping / cysteine-type peptidase activity / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / host cell cytoplasmic vesicle membrane / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / nucleoside-triphosphate phosphatase / methylation / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / RNA helicase activity / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host gene expression / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / GTP binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / metal ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 溶液NMR / molecular dynamics | |||||||||
![]() | Makrynitsa, G.I. / Ntonti, D. / Marousis, K.D. / Tsika, A.C. / Papageorgiou, N. / Coutard, B. / Bentrop, D. / Spyroulias, G.A. | |||||||||
資金援助 | 2件
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![]() | ![]() タイトル: Conformational plasticity of the VEEV macro domain is important for binding of ADP-ribose. 著者: Makrynitsa, G.I. / Ntonti, D. / Marousis, K.D. / Birkou, M. / Matsoukas, M.T. / Asami, S. / Bentrop, D. / Papageorgiou, N. / Canard, B. / Coutard, B. / Spyroulias, G.A. #1: ジャーナル: Biomol NMR Assign / 年: 2015 タイトル: NMR study of non-structural proteins--part II: (1)H, (13)C, (15)N backbone and side-chain resonance assignment of macro domain from Venezuelan equine encephalitis virus (VEEV). 著者: Makrynitsa, G.I. / Ntonti, D. / Marousis, K.D. / Tsika, A.C. / Lichiere, J. / Papageorgiou, N. / Coutard, B. / Bentrop, D. / Spyroulias, G.A. #2: ジャーナル: Biomol NMR Assign / 年: 2015 タイトル: NMR study of non-structural proteins--part I: (1)H, (13)C, (15)N backbone and side-chain resonance assignment of macro domain from Mayaro virus (MAYV). 著者: Melekis, E. / Tsika, A.C. / Lichiere, J. / Chasapis, C.T. / Margiolaki, I. / Papageorgiou, N. / Coutard, B. / Bentrop, D. / Spyroulias, G.A. #3: ![]() タイトル: The crystal structures of Chikungunya and Venezuelan equine encephalitis virus nsP3 macro domains define a conserved adenosine binding pocket. 著者: Malet, H. / Coutard, B. / Jamal, S. / Dutartre, H. / Papageorgiou, N. / Neuvonen, M. / Ahola, T. / Forrester, N. / Gould, E.A. / Lafitte, D. / Ferron, F. / Lescar, J. / Gorbalenya, A.E. / de ...著者: Malet, H. / Coutard, B. / Jamal, S. / Dutartre, H. / Papageorgiou, N. / Neuvonen, M. / Ahola, T. / Forrester, N. / Gould, E.A. / Lafitte, D. / Ferron, F. / Lescar, J. / Gorbalenya, A.E. / de Lamballerie, X. / Canard, B. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 942.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 469.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 607.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 67.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 89.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18364.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: P676 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P36328, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの, polynucleotide 5'- ...参照: UniProt: P36328, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの, polynucleotide 5'-phosphatase, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ, nucleoside-triphosphate phosphatase, RNA helicase, RNA-directed RNA polymerase |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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試料調製
詳細 |
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 20 mM / Label: conditions_sample1 / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 700 MHz |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 6 | ||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: minimized average structure | ||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 21 / 登録したコンフォーマーの数: 21 |