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- PDB-5irr: Crystal structure of Septin GTPase domain from Chlamydomonas rein... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5irr
タイトルCrystal structure of Septin GTPase domain from Chlamydomonas reinhardtii
要素Septin-like protein
キーワードHYDROLASE / Septin / GTPase domain
機能・相同性
機能・相同性情報


septin complex / septin ring / cytoskeleton-dependent cytokinesis / cell division site / intracellular protein localization / microtubule cytoskeleton / molecular adaptor activity / GTPase activity / GTP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Septin-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Septin / Septin-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 分子置換 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Pinto, A.P.A. / Pereira, H.M. / Navarro, M.V.A.S. / Brandao-Neto, J. / Garratt, R.C. / Araujo, A.P.U.
資金援助 ブラジル, 1件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2011/10152-7 ブラジル
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Filaments and fingers: Novel structural aspects of the single septin from Chlamydomonas reinhardtii.
著者: Pinto, A.P.A. / Pereira, H.M. / Zeraik, A.E. / Ciol, H. / Ferreira, F.M. / Brandao-Neto, J. / DeMarco, R. / Navarro, M.V.A.S. / Risi, C. / Galkin, V.E. / Garratt, R.C. / Araujo, A.P.U.
履歴
登録2016年3月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月24日Group: Database references
改定 1.22017年7月12日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.32017年11月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.42019年4月17日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Septin-like protein
B: Septin-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,2526
ポリマ－72,1252
非ポリマー1,1274
水6,125340
1
A: Septin-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6263
ポリマ－36,0621
非ポリマー5642
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Septin-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6263
ポリマ－36,0621
非ポリマー5642
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)177.580, 39.410, 130.900
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 118.500, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細Monomer confirmed by gel filtration

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要素

#1: タンパク質 Septin-like protein


分子量: 36062.355 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
遺伝子: SEP1, CHLREDRAFT_148151 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): rosetta / 参照: UniProt: A8IYS5
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-GSP / 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE / GTP-γ-S


分子量: 539.246 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 340 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.57 % / 解説: thick plates
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 12.5% PEG 1000, 12.5% PEG 3350, 12.5% MPD; 30mM of each sodium nitrate, disodium hydrogen phosphate, ammonium sulfate; 10mM bicine/Trizma base pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.04→43.63 Å / Num. obs: 49936 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 32.48 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.04-2.093.90.729195.9
9.12-43.633.90.04198

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
xia2データスケーリング
SHELX位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
xia2データ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.04→43.628 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.55
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2322 2460 4.93 %Random selection
Rwork0.1946 ---
obs0.1964 49930 96.79 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 133.99 Å2 / Biso mean: 43.9287 Å2 / Biso min: 17.14 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.04→43.628 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4507 0 66 340 4913
Biso mean--27.07 47.15 -
残基数----559
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034715
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6396428
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046706
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004813
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1642852
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.04-2.07920.31861470.30782582272996
2.0792-2.12170.30321100.28812388249889
2.1217-2.16780.31431360.2682595273195
2.1678-2.21820.26491400.24792624276497
2.2182-2.27370.30181410.24892639278099
2.2737-2.33520.25341320.23342640277297
2.3352-2.40390.28361350.22462655279099
2.4039-2.48150.23661300.21692699282998
2.4815-2.57020.23941310.21252651278299
2.5702-2.67310.2491450.21142684282999
2.6731-2.79470.24251340.20312717285199
2.7947-2.9420.23931340.19582632276698
2.942-3.12630.20141330.19342385251888
3.1263-3.36760.22291380.19312685282399
3.3676-3.70630.20391510.171227182869100
3.7063-4.24220.20651390.15732737287699
4.2422-5.34320.19051340.15942747288198
5.3432-43.63750.24991500.18862692284294
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.14310.4312-2.49212.09610.53365.7320.07420.29430.552-0.07960.1092-0.0358-0.44880.1469-0.13240.1948-0.0053-0.02750.210.04450.315337.202546.440359.4362
26.67990.9708-4.40184.5243-1.44223.09340.1360.5960.6657-0.16530.08590.1374-0.6533-0.3769-0.23320.2297-0.0166-0.08080.37990.06280.315523.891242.985950.4943
32.2346-0.07711.02771.21930.33553.5277-0.00550.18050.04170.08410.06630.02860.08160.1789-0.06970.22250.0402-0.01290.1918-0.03530.238929.781234.759163.7706
48.7441.81466.44375.07962.15935.59940.5299-0.2849-0.87140.51320.18030.00981.0434-0.1507-0.52790.35630.0788-0.01260.204-0.03080.230833.397524.048975.3351
52.4662-0.4892-0.37072.0010.17872.6351-0.35410.6673-1.3572-0.16330.18130.06680.4141-0.10680.23910.37080.0871-0.00040.2892-0.0790.406631.680224.496260.458
66.57033.065-1.70885.3795-3.76453.3364-0.24820.1846-0.72190.12650.1353-0.41970.87090.31210.01750.26450.1238-0.05950.3053-0.03240.24541.578930.107769.9844
76.7217.2044-4.94737.8345-5.42593.87350.5265-0.76480.83290.0915-0.2933-1.3677-0.05860.96230.00150.3063-0.07980.15630.5142-0.18280.683154.590149.117676.0129
82.29480.35892.52670.84570.53136.44260.10320.3302-0.0752-0.18280.142-0.10190.2180.5238-0.29190.20220.00180.02260.1975-0.00620.219440.314136.10562.1627
90.99120.6464-0.0123.1679-3.51558.54410.1229-0.4665-0.07010.3130.13810.1548-0.3058-1.0018-0.16370.2172-0.00950.00510.47660.0450.269210.790133.3334105.0259
105.98571.0321-0.83735.48011.17523.58850.2176-0.2767-0.80180.3784-0.07020.181.1492-0.1005-0.23740.46230.0005-0.06660.19340.00050.336521.153526.826690.9534
112.7235-0.5467-2.78132.5090.30932.6594-0.0322-0.2842-0.24080.18320.15590.04020.6263-0.1493-0.10120.2303-0.0115-0.01780.27420.05670.227614.698330.809199.7031
127.47341.8943-5.88417.1243-1.98968.50050.0123-0.494-0.63750.0870.11910.40360.6907-1.0954-0.10590.2661-0.0689-0.0450.60550.09190.37961.957732.53690.6727
133.41690.01840.76971.66250.07351.84260.05-0.22150.1682-0.05350.05920.0187-0.0093-0.2068-0.0930.24030.0158-0.0050.2123-0.0450.278316.941741.559187.7752
145.1091-3.98931.72567.29321.10855.1442-0.22680.29141.1973-0.06660.1762-0.1813-0.34250.1940.06390.2487-0.01090.04620.149-0.06790.311827.941351.908785.3196
153.8171-0.69323.87392.3295-0.5787.6208-0.2357-0.40940.37580.25490.02850.089-1.0416-0.57250.30460.36990.0497-0.00660.2718-0.11150.336715.048451.670592.4638
164.67141.37941.07924.6463-2.63617.070.0613-0.44760.8720.29250.0348-0.1334-0.964-0.0604-0.17010.3045-0.0018-0.03370.2772-0.08010.291927.949345.89595.0828
173.5084-0.86182.95526.2971-5.19015.77480.3579-0.517-0.37190.98530.0151-0.2090.62080.8698-0.40580.65990.1995-0.09570.53520.00760.2940.336326.6433102.5039
183.6779-0.271-0.89420.99150.0273.09480.1843-0.57430.16140.2768-0.00090.1728-0.2407-0.2285-0.16770.31390.06370.0340.2346-0.02610.237621.958639.578998.3748
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 104 through 188 )B19 - 103
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 189 through 213 )B104 - 128
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 214 through 268 )B129 - 183
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 269 through 284 )B184 - 199
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 285 through 307 )B200 - 222
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 308 through 327 )B223 - 242
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 328 through 342 )B243 - 257
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 343 through 392 )B258 - 307
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 105 through 117 )A20 - 32
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 118 through 154 )A33 - 69
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 155 through 188 )A70 - 103
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 189 through 213 )A104 - 128
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid 214 through 268 )A129 - 183
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'A' and (resid 269 through 284 )A184 - 199
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'A' and (resid 285 through 307 )A200 - 222
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'A' and (resid 308 through 327 )A223 - 242
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'A' and (resid 328 through 342 )A243 - 257
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'A' and (resid 343 through 390 )A258 - 305

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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