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- PDB-5iqd: Aminoglycoside Phosphotransferase (2'')-Ia (CTD of AAC(6')-Ie/APH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5iqd
タイトルAminoglycoside Phosphotransferase (2'')-Ia (CTD of AAC(6')-Ie/APH(2'')-Ia) in complex with GMPPNP, Magnesium, and Ribostamycin
要素Bifunctional AAC/APH
キーワードTRANSFERASE / Kinase / Antibiotic / Aminoglycoside / Resistance
機能・相同性
機能・相同性情報


aminoglycoside 2''-phosphotransferase / aminoglycoside phosphotransferase activity / N-acyltransferase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / response to antibiotic / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Acetyltransferase (GNAT) domain / Aminoglycoside phosphotransferase / Phosphotransferase enzyme family / Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 / Aminoglycoside phosphotransferase (APH), C-terminal lobe / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 ...Acetyltransferase (GNAT) domain / Aminoglycoside phosphotransferase / Phosphotransferase enzyme family / Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 / Aminoglycoside phosphotransferase (APH), C-terminal lobe / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / RIBOSTAMYCIN / Bifunctional AAC/APH
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Caldwell, S.J. / Berghuis, A.M.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)MOP-13107 カナダ
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Antibiotic Binding Drives Catalytic Activation of Aminoglycoside Kinase APH(2)-Ia.
著者: Caldwell, S.J. / Huang, Y. / Berghuis, A.M.
履歴
登録2016年3月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月15日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bifunctional AAC/APH
B: Bifunctional AAC/APH
C: Bifunctional AAC/APH
D: Bifunctional AAC/APH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,00023
ポリマ－143,7934
非ポリマー4,20719
水19,7801098
1
A: Bifunctional AAC/APH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0096
ポリマ－35,9481
非ポリマー1,0615
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Bifunctional AAC/APH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0096
ポリマ－35,9481
非ポリマー1,0615
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Bifunctional AAC/APH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0096
ポリマ－35,9481
非ポリマー1,0615
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Bifunctional AAC/APH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9735
ポリマ－35,9481
非ポリマー1,0254
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)90.220, 99.670, 93.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.90, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPASPASPAA180 - 4796 - 305
21ASPASPASPASPBB180 - 4796 - 305
12ALAALALYSLYSAA183 - 4789 - 304
22ALAALALYSLYSCC183 - 4789 - 304
13ASPASPTYRTYRAA180 - 4776 - 303
23ASPASPTYRTYRDD180 - 4776 - 303
14ALAALALYSLYSBB183 - 4789 - 304
24ALAALALYSLYSCC183 - 4789 - 304
15TYRTYRLYSLYSBB179 - 4785 - 304
25TYRTYRLYSLYSDD179 - 4785 - 304
16ALAALATYRTYRCC183 - 4779 - 303
26ALAALATYRTYRDD183 - 4779 - 303

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Bifunctional AAC/APH


分子量: 35948.199 Da / 分子数: 4 / 断片: C-terminal domain (UNP residues 175-479) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: aacA-aphD, R015, VRA0030 / プラスミド: pET-22b-APH(2'')-Ia / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(LDE3)
参照: UniProt: P0A0C1, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; ...参照: UniProt: P0A0C1, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの）

-
非ポリマー , 5種, 1117分子

#2: 化合物
ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物
ChemComp-RIO / RIBOSTAMYCIN / 5-AMINO-2-AMINOMETHYL-6-[4,6-DIAMINO-2-(3,4-DIHYDROXY-5-HYDROXYMETHYL-TETRAHYDRO-FURAN-2-YLOXY)-3-HYDROXY-CYCLOHEXYLOXY ]-TETRAHYDRO-PYRAN-3,4-DIOL / (1R,2R,3S,4R,6S)-4,6-diamino-3-hydroxy-2-(beta-D-ribofuranosyloxy)cyclohexyl 2,6-diamino-2,6-dideoxy-alpha-D-glucopyranoside / リボスタマイシン


分子量: 454.473 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H34N4O10 / コメント: 抗生剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1098 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.42 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 80-120mM MgCl2, 8% glycerol, 10% PEG 3350, 100mM HEPES pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月26日
詳細: ACCEL/BRUKER double crystal monochromator (DCM), featuring indirectly cryo-cooled first crystal and sagittally focusing second crystal
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→90.26 Å / Num. obs: 92940 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 37.3 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rsym value: 0.127 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 1.187 / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 95.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
iMOSFLM0.1.27データ削減
Aimless0.3.11データスケーリング
REFMAC5.8.0073位相決定
Coot0.7.2モデル構築
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 5BYL

5byl


解像度: 2.2→90.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 11.119 / SU ML: 0.139 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.214 / ESU R Free: 0.172 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20214 4078 5 %RANDOM
Rwork0.16234 ---
obs0.16434 77029 99.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 46.315 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.42 Å2-0 Å2-0.58 Å2
2--1.05 Å2-0 Å2
3----0.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→90.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9726 0 263 1098 11087
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.01910274
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0090.029371
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6391.9713940
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.358321667
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.84451202
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.26625.617543
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.859151836
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.0821535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.21547
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0211706
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.022301
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9762.2314766
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9752.234765
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.0243.3285955
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.0243.3295956
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8492.4695508
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.8482.4695509
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.5313.5867977
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.4120.05812913
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.38719.87912833
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A180020.1
12B180020.1
21A179010.09
22C179010.09
31A178730.09
32D178730.09
41B178620.1
42C178620.1
51B183460.08
52D183460.08
61C178250.09
62D178250.09
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 292 -
Rwork0.298 5652 -
obs--99.71 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.35883.10980.80398.1207-0.09644.848-0.15640.06530.2083-0.74030.1140.60610.2231-0.00710.04240.36220.0291-0.04150.3628-0.00710.22446.723-2.76155.488
218.1735-6.8882.896610.0207-7.325712.10480.48750.686-0.09540.0468-0.09260.0428-0.4544-0.8172-0.39490.2982-0.03190.10740.4537-0.02790.271534.139-1.84863.311
34.83916.0749-4.427317.13570.596812.8539-0.37290.1586-0.104-0.26620.39190.8190.1036-0.7728-0.0190.16310.00660.05020.24660.08780.236644.113-2.9535.52
41.92320.21720.73672.3555-1.3655.2709-0.00220.03080.1658-0.299-0.2056-0.21780.06040.53440.20780.11520.01790.08590.3067-0.00040.146954.9932.35451.143
513.2479-8.2699-5.81517.3087-0.82247.21580.2068-0.1371-0.4204-0.21510.2881.0852-0.0737-0.3248-0.49480.2676-0.0027-0.01280.38020.03830.334542.0780.1949.68
622.727514.187733.374210.105626.51874.8871-0.33930.2704-0.9392-0.63740.3042-0.2515-2.53511.370.03510.2024-0.0572-0.1090.0997-0.02090.310744.81313.03451.932
72.5932-1.0714-0.08393.6397-0.8812.39620.0499-0.0055-0.1121-0.0519-0.04290.14380.0659-0.0373-0.0070.053-0.03030.02880.195-0.00840.091246.26-6.08370.679
83.4806-2.06390.42752.2179-0.48621.5197-0.0337-0.0550.21890.1138-0.01440.0383-0.2380.08130.0480.1382-0.01750.08290.12-0.00310.193429.22411.03970.693
97.2132.5821-1.40856.1058-1.76724.4656-0.05830.4168-0.3285-0.5048-0.0353-0.27950.2107-0.02930.09350.18290.0580.07690.224-0.02910.205424.3926.06558.632
105.81.19544.02373.4935-2.94057.17550.2252-0.5769-0.29090.2520.03720.0311-0.0982-0.5067-0.26240.29690.05610.02390.27790.02570.18537.34.62320.562
1114.87281.94238.79571.78456.291722.5387-0.103-0.2564-0.11120.17910.09960.01080.59450.11230.00340.28930.03020.03830.24120.030.299237.109-8.85814.136
1225.13865.6403-1.525127.6138-4.59870.78070.9118-0.5927-1.78730.5829-0.73761.2435-0.10390.117-0.17421.02160.0338-0.10590.74470.03890.492737.832.83540.838
132.06930.02510.5841.6324-0.45156.1152-0.1535-0.20520.24530.14520.0008-0.0652-0.66310.05320.15270.36090.06030.02150.1-0.00590.172443.22313.02223.823
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精密化 TLSグループ
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59X-RAY DIFFRACTION35D432 - 447
60X-RAY DIFFRACTION36D448 - 478

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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