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万見
- PDB-5iq5: NMR solution structure of Mayaro virus macro domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5iq5
タイトルNMR solution structure of Mayaro virus macro domain
要素Macro domain
キーワードVIRAL PROTEIN / viral macro domains / Mayaro virus / Alphavirus / ADP ribose binding module
機能・相同性
機能・相同性情報


chromatin extrusion motor activity / ATP-dependent H2AZ histone chaperone activity / ATP-dependent H3-H4 histone complex chaperone activity / cohesin loader activity / DNA clamp loader activity / ADP-ribose 1''-phosphate phosphatase / host cell filopodium / mRNA methyltransferase activity / mRNA 5'-triphosphate monophosphatase activity / mRNA 5'-phosphatase ...chromatin extrusion motor activity / ATP-dependent H2AZ histone chaperone activity / ATP-dependent H3-H4 histone complex chaperone activity / cohesin loader activity / DNA clamp loader activity / ADP-ribose 1''-phosphate phosphatase / host cell filopodium / mRNA methyltransferase activity / mRNA 5'-triphosphate monophosphatase activity / mRNA 5'-phosphatase / polynucleotide adenylyltransferase / polynucleotide 5'-phosphatase activity / poly(A) RNA polymerase activity / mRNA modification / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / 7-methylguanosine mRNA capping / cysteine-type peptidase activity / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / host cell cytoplasmic vesicle membrane / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / nucleoside-triphosphate phosphatase / methylation / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / RNA helicase activity / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host gene expression / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / GTP binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Alphavirus nsp2 protease (nsp2pro) domain / Alphavirus nsP2 protease domain superfamily / : / Peptidase family C9 / Tomato mosaic virus helicase, N-terminal domain / Alphavirus nsp2 protease (nsp2pro) domain profile. / : / Non-structural protein 3, zinc-binding domain / Viral methyltransferase ...: / Alphavirus nsp2 protease (nsp2pro) domain / Alphavirus nsP2 protease domain superfamily / : / Peptidase family C9 / Tomato mosaic virus helicase, N-terminal domain / Alphavirus nsp2 protease (nsp2pro) domain profile. / : / Non-structural protein 3, zinc-binding domain / Viral methyltransferase / Alphavirus-like methyltransferase (MT) domain / Alphavirus-like methyltransferase (MT) domain profile. / Tymovirus, RNA-dependent RNA polymerase / RNA dependent RNA polymerase / Viral superfamily 1 RNA helicase core domain / Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1 / Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1 / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / Non-structural protein 3, X-domain-like / Appr-1"-p processing enzyme / Macro domain / Macro domain profile. / Macro domain / Macro domain-like / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mayaro virus (マヤロウイルス)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Melekis, E. / Tsika, A.C. / Bentrop, D. / Papageorgiou, N. / Coutard, B. / Spyroulias, G.A.
資金援助2件
組織認可番号国
European Union285950
European Union228292
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2019
タイトル: Deciphering the Nucleotide and RNA Binding Selectivity of the Mayaro Virus Macro Domain.
著者: Tsika, A.C. / Melekis, E. / Tsatsouli, S.A. / Papageorgiou, N. / Mate, M.J. / Canard, B. / Coutard, B. / Bentrop, D. / Spyroulias, G.A.
#1: ジャーナル: Biomol NMR Assign / 年: 2015
タイトル: NMR study of non-structural proteins--part I: (1)H, (13)C, (15)N backbone and side-chain resonance assignment of macro domain from Mayaro virus (MAYV).
著者: Melekis, E. / Tsika, A.C. / Lichiere, J. / Chasapis, C.T. / Margiolaki, I. / Papageorgiou, N. / Coutard, B. / Bentrop, D. / Spyroulias, G.A.
#2: ジャーナル: Biomol NMR Assign / 年: 2015
タイトル: NMR study of non-structural proteins--part II: (1)H, (13)C, (15)N backbone and side-chain resonance assignment of macro domain from Venezuelan equine encephalitis virus (VEEV).
著者: Makrynitsa, G.I. / Ntonti, D. / Marousis, K.D. / Tsika, A.C. / Lichiere, J. / Papageorgiou, N. / Coutard, B. / Bentrop, D. / Spyroulias, G.A.
#3: ジャーナル: Zeitschfrift fur Kristallographie / 年: 2010
タイトル: Preliminary insights into the non structural protein 3 macro domain of the Mayaro virus by powder diffraction
著者: Papageorgiou, N. / Watier, Y. / Saunders, L. / Coutard, B. / Lantez, V. / Gould, E.A. / Fitch, A.N. / Wright, J.P. / Canard, B. / Margiolaki, I.
履歴
登録2016年3月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月17日Group: Structure summary / カテゴリ: struct_keywords / Item: _struct_keywords.text
改定 1.22019年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42019年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.52019年9月11日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_spectrometer / Item: _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.62024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Macro domain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1471
ポリマ－18,1471
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area8800 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)21 / 21target function
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: タンパク質 Macro domain / Polyprotein nsP1234 / P1234


分子量: 18147.494 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mayaro virus (strain Brazil) (ウイルス)
詳細 (発現宿主): Gateway cloning system / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 2, pLysS, DL39
参照: UniProt: Q8QZ73, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの, polynucleotide 5'- ...参照: UniProt: Q8QZ73, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの, polynucleotide 5'-phosphatase, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ, nucleoside-triphosphate phosphatase, RNA helicase, RNA-directed RNA polymerase

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
522isotropic12D 1H-15N HSQC
5172isotropic13D 1H-15N NOESY
5152isotropic13D HNHA
533isotropic13D CBCA(CO)NH
5193isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
5183isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
5113isotropic13D HNCO
5203isotropic13D HN(CA)CO
5103isotropic13D HNCA
5143isotropic13D (H)CCH-TOCSY
5133isotropic13D HN(CO)CA
5213isotropic12D 1H-13C HSQC
5243isotropic13D 1H-13C NOESY
5223isotropic12D 1H-13C HSQC
5122isotropic12D 1H-15N HSQC TROSY
593isotropic13D HN(CA)CB
583isotropic13D HBHA(CO)NH
544isotropic22D 1H-15N HSQC
555isotropic22D 1H-15N HSQC
567isotropic13D HN(CA)CB
671isotropic22D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution10.4 mM Mayaro virus' macro domain, 90% H2O/10% D2O10mM Hepes 20mM NaCl 2mM DTT pH 71H_sample90% H2O/10% D2O
solution20.4 mM [U-99% 15N] Mayaro virus' macro domain, 90% H2O/10% D2O10mM Hepes 20mM NaCl 2mM DTT pH 715N_sample90% H2O/10% D2O
solution30.4 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Mayaro virus' macro domain, 90% H2O/10% D2O10mM Hepes 20mM NaCl 2mM DTT pH 715N_13C_sample90% H2O/10% D2O
solution40.4 mM [U-15N]-Ala-Leu-Val Mayaro virus' macro domain, 90% H2O/10% D2O10mM Hepes 20mM NaCl 2mM DTT pH 7Specific Labeling 15N Ala-Leu-Val90% H2O/10% D2O
solution50.4 mM [U-14N]-Arg Mayaro virus' macro domain, 90% H2O/10% D2O10mM Hepes 20mM NaCl 2mM DTT pH 7Reverse Labelong 14N Arg90% H2O/10% D2O
solution60.4 mM [U-14N]-Asn-Cys Mayaro virus' macro domain, 90% H2O/10% D2O10mM Hepes 20mM NaCl 2mM DTT pH 7Reverse Labelong 14N Asn-Cys90% H2O/10% D2O
solution70.4 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H] Mayaro virus' macro domain, 90% H2O/10% D2O10mM Hepes 20mM NaCl 2mM DTT pH 7Deuterated90% H2O/10% D2O
solution80.5 mM Mayaro virus' macro domain, 90% H2O/10% D2O2mM Hepes 20mM NaCl 2mM DTT pH 71H_2sample90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.4 mMMayaro virus' macro domainnatural abundance1
0.4 mMMayaro virus' macro domain[U-99% 15N]2
0.4 mMMayaro virus' macro domain[U-99% 13C; U-99% 15N]3
0.4 mMMayaro virus' macro domain[U-15N]-Ala-Leu-Val4
0.4 mMMayaro virus' macro domain[U-14N]-Arg5
0.4 mMMayaro virus' macro domain[U-14N]-Asn-Cys6
0.4 mMMayaro virus' macro domain[U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H]7
0.5 mMMayaro virus' macro domainnatural abundance8
試料状態
Conditions-ID詳細イオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
510mM Hepes 20mM NaCl 2mM DTT20 mMconditions71 atm298 K
62mM Hepes 20mM NaCl 2mM DTT20 mMcondition_871 atm298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6001equipped with a cryogenically cooled pulsed-field gradient triple-resonance probe (TXI)
Bruker AVANCEBrukerAVANCE7002equipped with a cryogenically cooled 5 mm 1H/13C/15N/D Z-gradient probe (TCI). Avance III High-Definition four-channel

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin3.3Bruker Biospincollection
TopSpin3.2Bruker Biospincollection
TopSpin3.3Bruker Biospin解析
TopSpin3.2Bruker Biospin解析
CARA1.5.5Keller and Wuthrichchemical shift assignment
XEASYBartels et al.peak picking
DYANAGuntert, Braun and Wuthrichstructure calculation
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
AmberCase, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 9
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 21 / 登録したコンフォーマーの数: 21

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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