PDB-5ioo: Accommodation of massive sequence variation in Nanoarchaeota by t...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ioo

タイトル

Accommodation of massive sequence variation in Nanoarchaeota by the C-type lectin fold

要素

AvpA

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Massive Protein Diversification / CLec fold / Archaea / SUGAR BINDING PROTEIN

機能・相同性

AvpA

機能・相同性情報

生物種

Nanoarchaeota archaeon JGI OTU-1 (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.521 Å

データ登録者

Handa, S. / Paul, B. / Miller, J. / Valentine, D. / Ghosh, P.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Bmc Struct.Biol. / 年: 2016
タイトル: Conservation of the C-type lectin fold for accommodating massive sequence variation in archaeal diversity-generating retroelements.
著者: Handa, S. / Paul, B.G. / Miller, J.F. / Valentine, D.L. / Ghosh, P.

履歴

登録	2016年3月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年11月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ioo.cif.gz	94.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ioo.ent.gz	76.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ioo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ioo_validation.pdf.gz	440.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ioo_full_validation.pdf.gz	447.3 KB	表示
XML形式データ	5ioo_validation.xml.gz	18.6 KB	表示
CIF形式データ	5ioo_validation.cif.gz	25.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/io/5ioo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/io/5ioo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	7jjb-d 3gnu-d 6r58-3 3w41-d 4iou-2 2zdk-d 2tgt-d 2bya-d 1c5p-d 6r58-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: AvpA

B: AvpA

ヘテロ分子

57.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: AvpA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
28.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: AvpA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
28.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	143.998, 143.998, 59.261
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

#1: タンパク質	AvpA 分子量: 28703.021 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Nanoarchaeota archaeon JGI OTU-1 (古細菌) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Gold / 参照: UniProt: A0A1L1QK08*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.19 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 100 mM HEPES (pH 7.5), 50 mM magnesium chloride, 30% PEG monoethyl ether 550

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.52→71.999 Å / Num. obs: 46142 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.4 % / R_merge(I) obs: 0.25 / Net I/σ(I): 12.5
反射シェル	解像度: 2.52→2.61 Å / R_merge(I) obs: 1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.521→71.999 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.12

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2498	2005	8.32 %
R_work	0.2024	-	-
obs	0.2064	46142	99.57 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.521→71.999 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3302	0	4	116	3422

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	3371
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.266	4558
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.676	1258
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	488
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	604

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5213-2.5532	0.3693	135	0.3436	1503	X-RAY DIFFRACTION	95
2.5532-2.5868	0.3681	129	0.3231	1547	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5868-2.6222	0.3309	144	0.3301	1565	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6222-2.6597	0.3341	140	0.3055	1597	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6597-2.6994	0.3662	143	0.3068	1559	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6994-2.7416	0.3889	140	0.298	1534	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7416-2.7865	0.3547	148	0.2896	1599	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7865-2.8346	0.3297	139	0.2817	1564	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8346-2.8861	0.326	140	0.2799	1575	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8861-2.9416	0.297	144	0.2623	1591	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9416-3.0017	0.2537	137	0.2596	1562	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0017-3.067	0.3036	145	0.2344	1539	X-RAY DIFFRACTION	100
3.067-3.1383	0.282	141	0.2412	1576	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1383-3.2168	0.2822	134	0.2471	1576	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2168-3.3038	0.263	139	0.2271	1578	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3038-3.401	0.2649	146	0.2193	1557	X-RAY DIFFRACTION	100
3.401-3.5107	0.2482	145	0.1993	1594	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5107-3.6362	0.2563	146	0.1889	1550	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6362-3.7818	0.223	147	0.1895	1572	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7818-3.9539	0.2456	138	0.1843	1589	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9539-4.1623	0.272	142	0.1771	1553	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1623-4.4231	0.178	148	0.1473	1553	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4231-4.7645	0.2024	142	0.1401	1600	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7645-5.2439	0.1746	145	0.1438	1564	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2439-6.0024	0.2401	150	0.1638	1593	X-RAY DIFFRACTION	100
6.0024-7.561	0.2276	142	0.179	1549	X-RAY DIFFRACTION	100
7.561-72.0283	0.1597	148	0.1379	1566	X-RAY DIFFRACTION	100

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関連情報:EMDBヘッダ

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