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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ioo
タイトルAccommodation of massive sequence variation in Nanoarchaeota by the C-type lectin fold
要素AvpA
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Massive Protein Diversification / CLec fold / Archaea / SUGAR BINDING PROTEIN
機能・相同性metal ion binding / AvpA
機能・相同性情報
生物種Nanoarchaeota archaeon JGI OTU-1 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.521 Å
データ登録者Handa, S. / Paul, B. / Miller, J. / Valentine, D. / Ghosh, P.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI096838 米国
引用ジャーナル: Bmc Struct.Biol. / 年: 2016
タイトル: Conservation of the C-type lectin fold for accommodating massive sequence variation in archaeal diversity-generating retroelements.
著者: Handa, S. / Paul, B.G. / Miller, J.F. / Valentine, D.L. / Ghosh, P.
履歴
登録2016年3月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AvpA
B: AvpA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,5036
ポリマ－57,4062
非ポリマー974
水2,090116
1
A: AvpA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7523
ポリマ－28,7031
非ポリマー492
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: AvpA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7523
ポリマ－28,7031
非ポリマー492
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)143.998, 143.998, 59.261
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 AvpA


分子量: 28703.021 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nanoarchaeota archaeon JGI OTU-1 (古細菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Gold / 参照: UniProt: A0A1L1QK08*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.19 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM HEPES (pH 7.5), 50 mM magnesium chloride, 30% PEG monoethyl ether 550

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.52→71.999 Å / Num. obs: 46142 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.25 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 2.52→2.61 Å / Rmerge(I) obs: 1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.521→71.999 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2498 2005 8.32 %
Rwork0.2024 --
obs0.2064 46142 99.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.521→71.999 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3302 0 4 116 3422
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093371
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2664558
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6761258
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045488
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005604
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5213-2.55320.36931350.34361503X-RAY DIFFRACTION95
2.5532-2.58680.36811290.32311547X-RAY DIFFRACTION98
2.5868-2.62220.33091440.33011565X-RAY DIFFRACTION100
2.6222-2.65970.33411400.30551597X-RAY DIFFRACTION100
2.6597-2.69940.36621430.30681559X-RAY DIFFRACTION99
2.6994-2.74160.38891400.2981534X-RAY DIFFRACTION100
2.7416-2.78650.35471480.28961599X-RAY DIFFRACTION100
2.7865-2.83460.32971390.28171564X-RAY DIFFRACTION99
2.8346-2.88610.3261400.27991575X-RAY DIFFRACTION100
2.8861-2.94160.2971440.26231591X-RAY DIFFRACTION100
2.9416-3.00170.25371370.25961562X-RAY DIFFRACTION99
3.0017-3.0670.30361450.23441539X-RAY DIFFRACTION100
3.067-3.13830.2821410.24121576X-RAY DIFFRACTION100
3.1383-3.21680.28221340.24711576X-RAY DIFFRACTION100
3.2168-3.30380.2631390.22711578X-RAY DIFFRACTION100
3.3038-3.4010.26491460.21931557X-RAY DIFFRACTION100
3.401-3.51070.24821450.19931594X-RAY DIFFRACTION100
3.5107-3.63620.25631460.18891550X-RAY DIFFRACTION100
3.6362-3.78180.2231470.18951572X-RAY DIFFRACTION100
3.7818-3.95390.24561380.18431589X-RAY DIFFRACTION100
3.9539-4.16230.2721420.17711553X-RAY DIFFRACTION100
4.1623-4.42310.1781480.14731553X-RAY DIFFRACTION100
4.4231-4.76450.20241420.14011600X-RAY DIFFRACTION100
4.7645-5.24390.17461450.14381564X-RAY DIFFRACTION100
5.2439-6.00240.24011500.16381593X-RAY DIFFRACTION100
6.0024-7.5610.22761420.1791549X-RAY DIFFRACTION100
7.561-72.02830.15971480.13791566X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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