[日本語] English
万見
- PDB-5iof: Structure of the transmembrane domain of the transporter SLC26Dg -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5iof
タイトルStructure of the transmembrane domain of the transporter SLC26Dg
要素Sulphate transporter
キーワードTRANSPORT PROTEIN / SLC26 family / fumarate transporter / secondary active transport
機能・相同性: / SLC26A/SulP transporter domain / Sulfate permease family / STAS domain / STAS domain profile. / STAS domain / STAS domain superfamily / membrane / Sulphate transporter
機能・相同性情報
生物種Deinococcus geothermalis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Dutzler, R. / Geertsma, E.R.G. / Shaik, F.R.
引用ジャーナル: Nat. Struct. Mol. Biol. / 年: 2015
タイトル: Structure of a prokaryotic fumarate transporter reveals the architecture of the SLC26 family.
著者: Geertsma, E.R. / Chang, Y.N. / Shaik, F.R. / Neldner, Y. / Pardon, E. / Steyaert, J. / Dutzler, R.
履歴
登録2016年3月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月21日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_validate_close_contact / struct_conn
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Sulphate transporter
B: Sulphate transporter
C: Sulphate transporter
D: Sulphate transporter


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,2904
ポリマ－170,2904
非ポリマー00
水00
1
A: Sulphate transporter


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5731
ポリマ－42,5731
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Sulphate transporter


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5731
ポリマ－42,5731
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Sulphate transporter


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5731
ポリマ－42,5731
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Sulphate transporter


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5731
ポリマ－42,5731
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)80.590, 82.490, 166.370
Angle α, β, γ (deg.)96.33, 92.94, 119.23
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Sulphate transporter


分子量: 42572.590 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Deinococcus geothermalis (strain DSM 11300) (バクテリア)
株: DSM 11300 / 遺伝子: Dgeo_2773 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1J2S8

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 5.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 78 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 50 mM Mg-acetate, 50 mM glycine, pH 9.3, PEG 400

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年3月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.2→50 Å / Num. obs: 26246 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 4.2→4.3 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.64 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5DA0

5da0


解像度: 4.2→19.964 Å / SU ML: 0.62 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 41.09
Rfactor反射数%反射
Rfree0.312 1312 5.07 %
Rwork0.2914 --
obs0.2925 25879 96.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.2→19.964 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11096 0 0 0 11096
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00511312
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.09515428
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.3143900
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0421960
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041888
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.2-4.36650.38631520.38322734X-RAY DIFFRACTION96
4.3665-4.5630.36381410.33442733X-RAY DIFFRACTION97
4.563-4.80040.3081480.29662701X-RAY DIFFRACTION96
4.8004-5.09650.29091470.27862744X-RAY DIFFRACTION97
5.0965-5.48240.36091450.29572750X-RAY DIFFRACTION97
5.4824-6.02040.34711480.30752684X-RAY DIFFRACTION97
6.0204-6.86040.29231390.30982783X-RAY DIFFRACTION98
6.8604-8.52970.29711440.26442728X-RAY DIFFRACTION98
8.5297-19.96440.29951480.28162710X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

S33: -0 Å ° / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.94320.9101-0.74850.77092.396212.0178-0.235-0.20180.08110.02180.094-0.05680.9072-0.26781.61370.0458-0.02611.9860.00572.0476-35.318947.8804-64
23.0526-0.33733.38991.1541.230612.8493-0.3071-0.127-0.0681-0.0785-0.3224-0.4074-0.8185-1.0521.9565-0.0170.02791.55090.00762.041-66.769221.5287-185.1326
30.9365-0.09712.61491.95234.852810.27360.0952-0.14120.0129-0.0546-0.10990.0934-0.9391-0.26021.90820.2455-0.01191.81930.03951.9779-55.523734.4183-147.0953
43.14030.4856-0.86261.08831.79783.52270.30620.2823-0.2257-0.0098-0.06570.07780.77110.81682.0586-0.04390.08152.02870.06212.0573-24.813635.3156-102.2658
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 14 through 391)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 14 through 391)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 14 through 391)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid 14 through 391)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る