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- PDB-5in2: Crystal structure of extra cellular Cu/Zn Superoxide Dismutase fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5in2
タイトルCrystal structure of extra cellular Cu/Zn Superoxide Dismutase from Onchocerca volvulus at 1.5 Angstrom; Insight into novel binding site and new inhibitors
要素Extracellular superoxide dismutase [Cu-Zn]
キーワードOXIDOREDUCTASE / Ec Ov-SOD / Onchcerca Volvulus / prodrug
機能・相同性
機能・相同性情報


superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / copper ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Copper/Zinc superoxide dismutase signature 1. / Superoxide dismutase (Cu/Zn) / superoxide dismutase copper chaperone / Superoxide dismutase, copper/zinc, binding site / Copper/Zinc superoxide dismutase signature 2. / Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain / Copper/zinc superoxide dismutase (SODC) / Superoxide dismutase-like, copper/zinc binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
AZIDE ION / COPPER (II) ION / TRIETHYLENE GLYCOL / Extracellular superoxide dismutase [Cu-Zn]
類似検索 - 構成要素
生物種Onchocerca volvulus (回旋糸状虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Moustafa, A. / Betzel, C. / Perbandt, M.
資金援助 Egypt, ドイツ, 2件
組織認可番号国
Minstry of Higher Education Egypt
DAAD ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of extracellular Cu/Zn Superoxide Dismutase from Onchocerca volvulus at 1.5 Angstrom; Insight into novel binding site and new inhibitors
著者: Moustafa, A. / Betzel, C. / Perbandt, M.
履歴
登録2016年3月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Extracellular superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,6438
ポリマ－16,0981
非ポリマー5457
水1,65792
1
A: Extracellular superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子

A: Extracellular superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,28516
ポリマ－32,1962
非ポリマー1,09014
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_554x-y,-y,-z-1/31
単位格子
Length a, b, c (Å)58.410, 58.410, 77.630
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Extracellular superoxide dismutase [Cu-Zn] / EC-SOD


分子量: 16097.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Onchocerca volvulus (回旋糸状虫)
遺伝子: sod-4, sod2 / プラスミド: pASKIBA16 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07449, superoxide dismutase

-
非ポリマー , 8種, 99分子

#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#8: 化合物 ChemComp-AZI / AZIDE ION / アザイド


分子量: 42.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: N3
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 10 % w/v PEG 20 000, 20 % v/v PEG MME 550, 0.03 M of each ethylene glycol and 0.1 M MOPS/HEPES-Na pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→25.292 Å / Num. obs: 22806 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル最高解像度: 1.55 Å / Rmerge(I) obs: 0.42

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3KBE

3kbe


解像度: 1.55→25.292 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.53 / 位相誤差: 17.31
Rfactor反射数%反射
Rfree0.181 1185 5.2 %
Rwork0.1596 --
obs0.1607 22776 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→25.292 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1119 0 27 92 1238
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091171
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.241580
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.279411
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053173
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006211
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.55-1.62050.2441570.20072658X-RAY DIFFRACTION100
1.6205-1.7060.22811350.18352652X-RAY DIFFRACTION100
1.706-1.81280.1891510.16162650X-RAY DIFFRACTION100
1.8128-1.95270.16661270.14482721X-RAY DIFFRACTION100
1.9527-2.14920.18481240.13662682X-RAY DIFFRACTION100
2.1492-2.45990.16461570.14142684X-RAY DIFFRACTION100
2.4599-3.09840.17581720.15892708X-RAY DIFFRACTION100
3.0984-25.29560.18091620.16852836X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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