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Yorodumi- PDB-5im6: Crystal structure of designed two-component self-assembling icosa... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 5im6 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of designed two-component self-assembling icosahedral cage I32-28 | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | PROTEIN BINDING / icosahedron / designed protein cage / two-component / computational design / protein engineering / Rosetta / self-assembling / co-assembling / multimerization / symmetry / nanomaterial / nanostructure | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationcorrinoid adenosyltransferase activity / Transferases; Transferring alkyl or aryl groups, other than methyl groups / cobalamin biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Burkholderia thailandensis E264 (bacteria) Deinococcus radiodurans R1 (radioresistant) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 5.588 Å | ||||||
Authors | Liu, Y.A. / Cascio, D. / Sawaya, M.R. / Bale, J.B. / Collazo, M.J. / Thomas, C. / Sheffler, W. / King, N.P. / Baker, D. / Yeates, T.O. | ||||||
Citation | Journal: Science / Year: 2016Title: Accurate design of megadalton-scale two-component icosahedral protein complexes. Authors: Bale, J.B. / Gonen, S. / Liu, Y. / Sheffler, W. / Ellis, D. / Thomas, C. / Cascio, D. / Yeates, T.O. / Gonen, T. / King, N.P. / Baker, D. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 5im6.cif.gz | 2.2 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb5im6.ent.gz | 1.9 MB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 5im6.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 5im6_validation.pdf.gz | 471.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 5im6_full_validation.pdf.gz | 472.5 KB | Display | |
| Data in XML | 5im6_validation.xml.gz | 72.7 KB | Display | |
| Data in CIF | 5im6_validation.cif.gz | 133.9 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/5im6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/5im6 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 5im4C ![]() 5im5C ![]() 2zhzS ![]() 3nqnS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | ![]()
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| Unit cell |
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| Symmetry | Point symmetry: (Schoenflies symbol: I (icosahedral)) | ||||||||
| Details | 120-mer icosahedral cage according to gel filtration, transmission electron microscopy, small-angle X-ray scattering |
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Components
| #1: Protein | Mass: 16798.252 Da / Num. of mol.: 20 Fragment: putative ATP:cob(I)alamin adenosyltransferase residues 29-183 Mutation: D86E, A87D, A90L, D93A, G94L, A97V, V136K, A146I, R149A, R150A, R154L Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Burkholderia thailandensis E264 (bacteria)Strain: E264 / ATCC 700388 / DSM 13276 / CIP 106301 / Gene: BTH_I1293, DR63_1050 / Plasmid: pET28b / Production host: ![]() #2: Protein | Mass: 17387.738 Da / Num. of mol.: 20 / Fragment: uncharacterized protein Mutation: R35Q, F36R, T54R, W122E, K129V, R137V, E140L, R141L, K144M, E148Q Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Deinococcus radiodurans R1 (radioresistant)Strain: ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422 Gene: DR_2006 / Plasmid: pET28b / Production host: ![]() |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 7.28 Å3/Da / Density % sol: 83.1 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 / Details: 12.3% PEG 1500, 18% glycerol |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 0.9792 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Jul 18, 2015 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 5.58→213.2 Å / Num. obs: 59695 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 341.8 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 13.46 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell |
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-Phasing
| Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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| Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: Rosetta design generated based on the PDB files 2zhz and 3nqn, but with differences Resolution: 5.588→213.2 Å / SU ML: 0.76 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.94 / Phase error: 30.32
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 1.2 Å / VDW probe radii: 1.3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 501.77 Å2 / Biso mean: 317.43 Å2 / Biso min: 223.8 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 5.588→213.2 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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