PDB-5ilq: Crystal structure of truncated unliganded Aspartate Transcarbamoy...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ilq

タイトル

Crystal structure of truncated unliganded Aspartate Transcarbamoylase from Plasmodium falciparum

要素

Aspartate carbamoyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Plasmodium falciparum / Malaria / Aspartate / Pyrimidine biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

: / aspartate carbamoyltransferase / aspartate carbamoyltransferase activity / amino acid metabolic process / amino acid binding / membrane => GO:0016020 / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Lunev, S. / Bosch, S.S. / Batista, F.D.A. / Wrenger, C. / Groves, M.R.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of truncated aspartate transcarbamoylase from Plasmodium falciparum.
著者: Lunev, S. / Bosch, S.S. / Batista, F.d.A. / Wrenger, C. / Groves, M.R.

履歴

登録	2016年3月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年6月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年7月13日	Group: Database references
改定 1.2	2019年4月3日	Group: Advisory / Data collection / Source and taxonomy カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_PDB_obs_spr / pdbx_database_proc Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.3	2023年3月8日	Group: Advisory / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_PDB_obs_spr Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ilq.cif.gz	381.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ilq.ent.gz	316 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ilq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5ilq_validation.pdf.gz	472.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ilq_full_validation.pdf.gz	488.1 KB	表示
XML形式データ	5ilq_validation.xml.gz	36.1 KB	表示
CIF形式データ	5ilq_validation.cif.gz	49.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/il/5ilq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/il/5ilq	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1ml4S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6fba-d 4dep-2 3csu-d 6kj9-2 2rgw-3 1a3g-d 4wva-2 2rgw-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Aspartate carbamoyltransferase

B: Aspartate carbamoyltransferase

C: Aspartate carbamoyltransferase

ヘテロ分子

121 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.980, 103.800, 87.110
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 117.680, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Aspartate carbamoyltransferase 分子量: 40350.762 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 37-375 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫) 株: isolate 3D7 / 遺伝子: atcasE, MAL13P1.221 / プラスミド: pASK-IBA3-PfATC-Met3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 2 pLysS / 参照: UniProt: Q8IDP8, aspartate carbamoyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 200 mM Sodium Sulphate, 5 mM MgSO4, 15-18 % (w/v) PEG 3350 in 100mM bis-Tris Propane pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Oxford Cryostream - 700 series
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97957
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月29日
放射	モノクロメーター: liquid nitrogen cooled channel-cut silicon monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97957 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.42→45.03 Å / Num. obs: 45217 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 2.51 % / B_iso Wilson estimate: 56.64 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.062 / R_sym value: 0.076 / Net I/σ(I): 10.81
反射シェル	解像度: 2.42→2.56 Å / R_merge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 1.98 / % possible all: 95.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
Coot		モデル構築
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1ML4

1ml4

解像度: 2.5→45.03 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.937 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / ESU R: 0.447 / ESU R Free: 0.229
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2502	2136	4.7 %	RANDOM
R_work	0.2083	-	-	-
obs	0.2082	45217	95.1 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 170.08 Å² / B_iso mean: 65.6806 Å² / B_iso min: 22.62 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.02 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→45.03 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7798	0	23	86	7907

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.019	7962
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	7658
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.961	1.964	10752
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	3.787	3	17672
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.341	5	960
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.178	25.122	369
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.218	15	1471
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.989	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.117	0.2	1240
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	8837
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.016	0.02	1785
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.821	3.593	3861
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.821	3.592	3860
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.464	5.372	4814

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.336	169	-
R_work	0.334	3038	-
all	-	3207	-
obs	-	-	91.42 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.0808	-0.2223	-0.6355	0.57	0.1505	2.0306	0.0601	0.1394	0.4869	0.0181	0.0246	-0.0599	-0.3504	0.159	-0.0846	0.216	-0.0361	-0.0174	0.0877	0.023	0.2257	46.2991	11.896	14.4866
2	3.1714	1.0465	1.6226	1.98	1.5471	4.3255	0.0558	0.1378	-0.6066	0.0431	-0.0377	0.2658	0.6636	-0.1731	-0.0181	0.2298	-0.0072	0.02	0.1714	-0.005	0.2846	31.8861	0.0836	11.5522
3	3.7862	-1.0363	0.4104	0.8094	-0.0645	0.7764	-0.052	0.2213	-0.1739	-0.0422	0.0734	-0.0095	0.1416	0.1546	-0.0214	0.1992	-0.0124	0.0139	0.2107	0.0044	0.1227	51.8518	1.7275	9.6996
4	2.2878	-0.0072	0.1693	3.5802	-0.0216	3.2557	-0.1785	0.104	-0.4875	0.0254	0.1165	-0.0971	0.4406	0.1867	0.0621	0.2118	0.0354	0.0501	0.2521	-0.0394	0.23	62.5163	-9.0916	8.6877
5	3.4025	-1.1217	0.4737	1.4668	-0.2722	1.0631	-0.0656	-0.2399	-0.4449	0.1924	-0.0108	-0.1705	0.3524	0.2691	0.0765	0.3096	0.06	0.0164	0.2583	0.0251	0.2181	56.1337	-6.7848	23.7569
6	1.0769	0.0861	-0.9361	7.1395	5.8911	5.8078	0.4858	-0.4123	0.5717	0.1145	-0.3578	0.4079	-0.3428	0.022	-0.128	0.5078	-0.0824	0.046	0.5016	-0.0578	0.6013	45.4756	19.808	18.1469
7	1.9853	-2.1455	-0.5774	5.2814	2.9718	2.4272	-0.2403	-0.164	0.277	0.3555	0.0748	0.0951	-0.1911	0.2252	0.1655	0.4466	-0.1008	0.0286	0.2847	0.0017	0.3319	33.6651	7.0448	50.6905
8	2.0637	-0.713	-0.7949	2.2024	-0.5095	4.283	0.0948	0.0356	0.044	0.0768	-0.0944	0.224	-0.1989	0.0579	-0.0003	0.1322	-0.0473	-0.0041	0.0222	-0.0174	0.1476	25.3317	5.8563	41.2612
9	2.9012	-2.3884	-0.0142	3.6093	-0.5995	0.8384	0.018	0.2182	-0.4905	-0.4416	-0.097	0.0555	0.3646	0.0942	0.079	0.3134	-0.0052	0.0362	0.1622	0.0029	0.206	33.7121	-4.472	29.9252
10	2.1065	0.7571	-0.9124	0.3441	-0.623	2.0907	-0.1105	0.059	-0.1071	0.0076	-0.0244	-0.0608	0.2117	0.1277	0.1349	0.286	-0.0333	-0.0119	0.028	0.0341	0.1357	25.279	-4.089	48.9537
11	3.4803	-0.7631	1.0453	3.4507	0.3319	3.093	0.0202	0.0709	-0.2686	0.0522	-0.0214	0.1139	0.3604	0.0532	0.0012	0.2699	-0.0419	0.0416	0.0187	0.0148	0.124	19.5149	-14.2563	56.8716
12	1.6471	0.5263	-0.0708	1.3335	-0.364	2.4016	-0.0689	0.1595	-0.1585	-0.0682	0.1319	0.3685	0.3486	-0.506	-0.063	0.2636	-0.0467	0.0112	0.1244	0.0087	0.2301	8.9358	-7.0059	47.2419
13	0.1331	-0.5742	-0.201	5.7108	3.6042	2.6472	-0.0437	-0.0688	0.2458	-0.7234	0.1559	-0.7011	-0.7539	0.0712	-0.1122	0.6234	-0.0561	0.0396	0.4842	-0.0359	0.6148	32.5638	18.1584	44.9565
14	0.241	0.6744	-0.1211	6.9988	-1.3714	2.4178	-0.1191	-0.0173	0.2558	0.0088	0.1623	0.2546	-0.4641	-0.2244	-0.0432	0.2857	0.0446	-0.0398	0.2788	0.0214	0.4455	4.6693	20.5066	17.0965
15	3.2113	0.298	0.3636	2.2997	-1.0734	2.441	-0.0039	0.2289	-0.0349	-0.1494	0.0297	-0.0706	-0.02	-0.0355	-0.0258	0.1615	-0.0144	0.0194	0.0608	0.0135	0.1161	17.0247	12.6931	14.8099
16	1.1443	1.5221	-0.8558	4.3093	-1.6878	2.7622	-0.0184	0.0362	-0.4702	0.008	0.0424	-0.27	0.7041	0.2324	-0.024	0.3398	-0.0251	-0.0773	0.2236	-0.0348	0.3146	12.0139	-3.6494	25.957
17	0.6637	-0.2038	0.4778	1.3442	-0.4757	3.7405	0.0623	0.1466	0.0331	-0.1786	0.0455	0.3753	0.1976	-0.2002	-0.1078	0.1262	-0.0388	-0.0471	0.24	0.0362	0.2581	5.0465	9.7712	8.0423
18	2.4872	0.7087	-1.3056	3.1591	0.4929	2.7711	0.0258	0.3689	-0.2153	-0.3332	-0.0234	0.307	0.1637	-0.2116	-0.0024	0.2247	-0.0411	-0.1336	0.3688	0.0193	0.3602	-1.0336	4.8878	-5.0595
19	1.1935	-0.3031	-0.3546	1.4165	0.4692	4.2151	0.0379	0.4024	-0.2388	-0.2954	0.0943	0.063	0.297	0.1121	-0.1322	0.192	-0.0546	-0.0444	0.2881	0.0039	0.2486	15.2519	7.1876	-3.9162
20	5.6489	-4.3315	-0.0528	7.9957	1.5755	0.5108	0.0415	0.0104	-0.242	-0.1573	-0.0083	0.0057	-0.0868	-0.0234	-0.0332	0.4112	0.0227	-0.0137	0.2334	-0.0027	0.3007	15.8432	28.8199	17.8998

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	47 - 104
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	105 - 161
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	162 - 214
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	215 - 296
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	312 - 370
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	371 - 383
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	44 - 62
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	63 - 109
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	110 - 162
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	163 - 214
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	215 - 275
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	276 - 371
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	372 - 382
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	44 - 62
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	63 - 128
16	X-RAY DIFFRACTION	16	C	129 - 161
17	X-RAY DIFFRACTION	17	C	162 - 214
18	X-RAY DIFFRACTION	18	C	215 - 295
19	X-RAY DIFFRACTION	19	C	296 - 373
20	X-RAY DIFFRACTION	20	C	374 - 383

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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