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- PDB-5ilb: Crystal structure of protease domain of Deg2 linked with the PDZ ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ilb
タイトルCrystal structure of protease domain of Deg2 linked with the PDZ domain of Deg9
要素Protease Do-like 2, chloroplastic,Protease Do-like 9
キーワードHYDROLASE / Deg2 / Deg9 / fusion protein
機能・相同性
機能・相同性情報


chloroplast stromal thylakoid / photosystem II repair / chloroplast organization / chloroplast envelope / chloroplast stroma / chloroplast thylakoid membrane / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / serine-type peptidase activity / chloroplast / protein catabolic process ...chloroplast stromal thylakoid / photosystem II repair / chloroplast organization / chloroplast envelope / chloroplast stroma / chloroplast thylakoid membrane / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / serine-type peptidase activity / chloroplast / protein catabolic process / serine-type endopeptidase activity / nucleolus / proteolysis / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
N-terminal domain of MutM-like DNA repair proteins - #20 / Protease Do-like, PDZ domain / Protease Do-like, PDZ domain superfamily / PDZ domain / PDZ domain / N-terminal domain of MutM-like DNA repair proteins / Peptidase S1C / Trypsin-like peptidase domain / PDZ domain / PDZ superfamily ...N-terminal domain of MutM-like DNA repair proteins - #20 / Protease Do-like, PDZ domain / Protease Do-like, PDZ domain superfamily / PDZ domain / PDZ domain / N-terminal domain of MutM-like DNA repair proteins / Peptidase S1C / Trypsin-like peptidase domain / PDZ domain / PDZ superfamily / Trypsin / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Alpha-Beta Barrel / Peptidase S1, PA clan / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protease Do-like 2, chloroplastic / Protease Do-like 9
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.852 Å
データ登録者Ouyang, M. / Liu, L. / Li, X.Y. / Zhao, S. / Zhang, L.X.
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2017
タイトル: The crystal structure of Deg9 reveals a novel octameric-type HtrA protease
著者: Ouyang, M. / Li, X. / Zhao, S. / Pu, H. / Shen, J. / Adam, Z. / Clausen, T. / Zhang, L.
履歴
登録2016年3月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22017年12月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protease Do-like 2, chloroplastic,Protease Do-like 9
B: Protease Do-like 2, chloroplastic,Protease Do-like 9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,2492
ポリマ－105,2492
非ポリマー00
水18,8261045
1
A: Protease Do-like 2, chloroplastic,Protease Do-like 9
B: Protease Do-like 2, chloroplastic,Protease Do-like 9

A: Protease Do-like 2, chloroplastic,Protease Do-like 9
B: Protease Do-like 2, chloroplastic,Protease Do-like 9

A: Protease Do-like 2, chloroplastic,Protease Do-like 9
B: Protease Do-like 2, chloroplastic,Protease Do-like 9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)315,7476
ポリマ－315,7476
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area27400 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area106290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.093, 106.093, 255.956
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-724-

HOH

21A-1040-

HOH

31A-1083-

HOH

41A-1109-

HOH

51B-694-

HOH

61B-1044-

HOH

71B-1046-

HOH

81B-1082-

HOH

91B-1113-

HOH

101B-1114-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Protease Do-like 2, chloroplastic,Protease Do-like 9


分子量: 52624.574 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Fusion protein of protease domain of Deg2 (residues 110-315 of O82261, DEGP2_ARATH) and the PDZ domain of Deg9 (residues 326-592 of Q9FL12 DEGP9_ARATH).
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: DEGP2, At2g47940, F17A22.33, T9J23.7, DEGP9, At5g40200, MSN9.10, MSN9.100
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O82261, UniProt: Q9FL12, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1045 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.3 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M Magnesium formate, 0.2 M Sodium thiocyanate, 15% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 91028 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 16.9
反射 シェル最低解像度: 1.92 Å / 冗長度: 1.85 % / Rmerge(I) obs: 0.734

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5IL9

5il9


解像度: 1.852→26.523 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 23.8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2248 4395 5.01 %
Rwork0.1895 --
obs0.1912 87664 95.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 67.41 Å2 / Biso mean: 22.52 Å2 / Biso min: 1.1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.852→26.523 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7165 0 0 1045 8210
Biso mean---32.25 -
残基数----929
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0047375
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.92210031
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071157
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041294
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0722721
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8523-1.87340.3133850.25431445153050
1.8734-1.89540.2954950.2531837193264
1.8954-1.91850.311140.25952365247982
1.9185-1.94280.29051510.24792697284893
1.9428-1.96840.24631500.22612857300799
1.9684-1.99530.25011540.229428653019100
1.9953-2.02380.25271370.206728943031100
2.0238-2.0540.25411560.213428853041100
2.054-2.08610.25861500.203228773027100
2.0861-2.12030.24121370.211929043041100
2.1203-2.15680.20951470.198529273074100
2.1568-2.1960.22471740.196528723046100
2.196-2.23820.231430.202729153058100
2.2382-2.28390.24861440.198328823026100
2.2839-2.33350.22781630.199528933056100
2.3335-2.38780.26841480.20228813029100
2.3878-2.44750.24221360.209229213057100
2.4475-2.51360.23371600.208228813041100
2.5136-2.58750.26791390.211229083047100
2.5875-2.67090.26991910.21328213012100
2.6709-2.76630.26941690.211428943063100
2.7663-2.87690.23471620.20328783040100
2.8769-3.00770.22441390.193928873026100
3.0077-3.1660.20011430.190429083051100
3.166-3.3640.21421550.188728613016100
3.364-3.62320.24421360.169129333069100
3.6232-3.98670.19691550.165328773032100
3.9867-4.5610.1661580.145728753033100
4.561-5.73680.17281410.153329103051100
5.7368-26.5260.20211630.16722719288294
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 28.4541 Å / Origin y: -37.6679 Å / Origin z: 36.7825 Å
111213212223313233
T-0.0902 Å2-0.0875 Å20.0262 Å2-0.0232 Å2-0.0453 Å2--0.0571 Å2
L0.3404 °2-0.1598 °20.2017 °2-0.2158 °2-0.0214 °2--0.8661 °2
S-0.0188 Å °-0.0303 Å °-0.0174 Å °0.0127 Å °0.031 Å °0.1294 Å °0.0943 Å °-0.3767 Å °0.0308 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA112 - 577
2X-RAY DIFFRACTION1allB114 - 576
3X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 1049

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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