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- PDB-5ijz: Crystal structure of glutamate dehydrogenase(GDH) from Corynebact... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ijz
タイトルCrystal structure of glutamate dehydrogenase(GDH) from Corynebacterium glutamicum
要素NADP-specific glutamate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / glutamate dehydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


glutamate dehydrogenase (NADP+) / glutamate biosynthetic process / glutamate dehydrogenase (NADP+) activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glutamate Dehydrogenase, chain A, domain 3 / Glutamate Dehydrogenase; Chain A, domain 3 / Glutamate dehydrogenase / Leucine Dehydrogenase, chain A, domain 1 / NAD(P) binding domain of glutamate dehydrogenase / Leu/Phe/Val dehydrogenases active site / Glu / Leu / Phe / Val dehydrogenases active site. / Glutamate/phenylalanine/leucine/valine dehydrogenase / Glutamate/phenylalanine/leucine/valine dehydrogenase, dimerisation domain / Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, dimerisation domain ...Glutamate Dehydrogenase, chain A, domain 3 / Glutamate Dehydrogenase; Chain A, domain 3 / Glutamate dehydrogenase / Leucine Dehydrogenase, chain A, domain 1 / NAD(P) binding domain of glutamate dehydrogenase / Leu/Phe/Val dehydrogenases active site / Glu / Leu / Phe / Val dehydrogenases active site. / Glutamate/phenylalanine/leucine/valine dehydrogenase / Glutamate/phenylalanine/leucine/valine dehydrogenase, dimerisation domain / Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, dimerisation domain / Glutamate/Leucine/Phenylalanine/Valine dehydrogenase / Glutamate/phenylalanine/leucine/valine dehydrogenase, C-terminal / Glutamate/Leucine/Phenylalanine/Valine dehydrogenase / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-OXOGLUTARIC ACID / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADP-specific glutamate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.29 Å
データ登録者Son, H.-F. / Kim, K.-J.
引用ジャーナル: BIOCHEM.BIOPHYS.RES.COMMUN. / 年: 2015
タイトル: Structural insights into domain movement and cofactor specificity of glutamate dehydrogenase from Corynebacterium glutamicum
著者: Son, H.-F. / Kim, K.-J.
履歴
登録2016年3月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月9日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list / struct
Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct.title
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NADP-specific glutamate dehydrogenase
B: NADP-specific glutamate dehydrogenase
C: NADP-specific glutamate dehydrogenase
D: NADP-specific glutamate dehydrogenase
E: NADP-specific glutamate dehydrogenase
F: NADP-specific glutamate dehydrogenase
G: NADP-specific glutamate dehydrogenase
H: NADP-specific glutamate dehydrogenase
I: NADP-specific glutamate dehydrogenase
J: NADP-specific glutamate dehydrogenase
K: NADP-specific glutamate dehydrogenase
L: NADP-specific glutamate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)596,55930
ポリマ－588,55312
非ポリマー8,00618
水29,3461629
1
A: NADP-specific glutamate dehydrogenase
G: NADP-specific glutamate dehydrogenase
H: NADP-specific glutamate dehydrogenase
J: NADP-specific glutamate dehydrogenase
K: NADP-specific glutamate dehydrogenase
L: NADP-specific glutamate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)297,83514
ポリマ－294,2776
非ポリマー3,5588
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area31110 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area80920 Å2
手法PISA
2
B: NADP-specific glutamate dehydrogenase
C: NADP-specific glutamate dehydrogenase
D: NADP-specific glutamate dehydrogenase
E: NADP-specific glutamate dehydrogenase
F: NADP-specific glutamate dehydrogenase
I: NADP-specific glutamate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)298,72416
ポリマ－294,2776
非ポリマー4,44810
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area32710 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area82780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)171.219, 93.032, 187.875
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.160, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
NADP-specific glutamate dehydrogenase / NADP-GDH


分子量: 49046.102 Da / 分子数: 12 / 断片: Substrate-binding domain (UNP RESIDUES 1-420) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum (strain ATCC 13032 / DSM 20300 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025) (バクテリア)
株: ATCC 13032 / DSM 20300 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025
遺伝子: gdh, Cgl2079, cg2280 / プラスミド: pProEX-HTa / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-T1R / 参照: UniProt: P31026, glutamate dehydrogenase (NADP+)
#2: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物
ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸


分子量: 146.098 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: C5H6O5
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1629 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.08 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: PEG 3350, Tacsimate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月23日
放射モノクロメーター: Double Crystal Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→178.51 Å / Num. obs: 249267 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 5.6 % / Net I/σ(I): 21.14
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
HKL-2000データ収集
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BGV

1bgv


解像度: 2.29→34.366 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 6.377 / SU ML: 0.156 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.315 / ESU R Free: 0.223 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2224 12145 4.9 %RANDOM
Rwork0.1646 ---
obs0.1674 233608 97.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 175.34 Å2 / Biso mean: 25.987 Å2 / Biso min: 5.41 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.46 Å2-0 Å2-0.16 Å2
2---0.61 Å20 Å2
3---0.96 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.29→34.366 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数40276 0 522 1632 42430
Biso mean--29.34 25.18 -
残基数----5221
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.01941644
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.0238826
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7891.95956287
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.076389215
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.69255207
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.41324.1011985
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.878156853
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.77715280
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.25967
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0248088
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.029918
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0742.46520870
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0732.46520869
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.2753.68826063
LS精密化 シェル解像度: 2.293→2.353 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.277 765 -
Rwork0.203 14929 -
all-15694 -
obs--84.67 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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