PDB-5iit: Structure of SPX domain of the yeast inorganic polyphophate polym...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5iit

タイトル

Structure of SPX domain of the yeast inorganic polyphophate polymerase Vtc4 crystallized by carrier-driven crystallization in fusion with the macro domain of human histone macroH2A1.1

要素

Vacuolar transporter chaperone 4,Core histone macro-H2A.1

キーワード

inositol phosphate binding protein / helical bundle / alpha-helical hairpin / protein-protein interaction / chaperone

機能・相同性

機能・相同性情報

vacuolar transporter chaperone complex / negative regulation of cell cycle G2/M phase transition / negative regulation of protein localization to chromosome, telomeric region / regulation of NAD metabolic process / ATP-polyphosphate phosphotransferase / positive regulation of response to oxidative stress / polyphosphate biosynthetic process / positive regulation of maintenance of mitotic sister chromatid cohesion / engulfment of target by autophagosome / regulation of response to oxidative stress ...vacuolar transporter chaperone complex / negative regulation of cell cycle G2/M phase transition / negative regulation of protein localization to chromosome, telomeric region / regulation of NAD metabolic process / ATP-polyphosphate phosphotransferase / positive regulation of response to oxidative stress / polyphosphate biosynthetic process / positive regulation of maintenance of mitotic sister chromatid cohesion / engulfment of target by autophagosome / regulation of response to oxidative stress / ADP-D-ribose binding / polyphosphate kinase activity / ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / negative regulation of transcription of nucleolar large rRNA by RNA polymerase I / sex chromatin / microautophagy / vacuole fusion, non-autophagic / sex-chromosome dosage compensation / establishment of protein localization to chromatin / polyphosphate metabolic process / positive regulation of endodermal cell differentiation / double-stranded methylated DNA binding / Barr body / rDNA binding / inositol hexakisphosphate binding / vacuolar transport / negative regulation of protein serine/threonine kinase activity / regulation of oxidative phosphorylation / positive regulation of keratinocyte differentiation / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / poly-ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / fungal-type vacuole membrane / negative regulation of response to oxidative stress / vacuolar membrane / negative regulation of gene expression, epigenetic / nuclear chromosome / site of DNA damage / autophagosome membrane / regulation of lipid metabolic process / pericentric heterochromatin / heterochromatin organization / epigenetic regulation of gene expression / condensed chromosome / nucleosomal DNA binding / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / cell periphery / promoter-specific chromatin binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin DNA binding / structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / cell cortex / cytoplasmic vesicle / chromosome, telomeric region / calmodulin binding / transcription cis-regulatory region binding / protein heterodimerization activity / DNA repair / chromatin / endoplasmic reticulum membrane / nucleolus / protein kinase binding / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / endoplasmic reticulum / DNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / membrane / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.134 Å

データ登録者

Wild, R. / Hothorn, M.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: Science / 年: 2016
タイトル: Control of eukaryotic phosphate homeostasis by inositol polyphosphate sensor domains.
著者: Wild, R. / Gerasimaite, R. / Jung, J.Y. / Truffault, V. / Pavlovic, I. / Schmidt, A. / Saiardi, A. / Jessen, H.J. / Poirier, Y. / Hothorn, M. / Mayer, A.

履歴

登録	2016年3月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年4月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年6月1日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb5iit.ent.gz	482.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5iit.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5iit_validation.pdf.gz	497.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5iit_full_validation.pdf.gz	507.6 KB	表示
XML形式データ	5iit_validation.xml.gz	50.1 KB	表示
CIF形式データ	5iit_validation.cif.gz	68 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ii/5iit ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ii/5iit	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5iigC 5iiqC 5ijhC 5ijjC 5ijpC 1zr3S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5nkz-d 4iod-d 5yiv-d 5orm-d 4ekx-d 4muk-2 4qxe-d 5cqq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (4) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Vacuolar transporter chaperone 4,Core histone macro-H2A.1

B: Vacuolar transporter chaperone 4,Core histone macro-H2A.1

C: Vacuolar transporter chaperone 4,Core histone macro-H2A.1

D: Vacuolar transporter chaperone 4,Core histone macro-H2A.1

ヘテロ分子

170 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Vacuolar transporter chaperone 4,Core histone macro-H2A.1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
42.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Vacuolar transporter chaperone 4,Core histone macro-H2A.1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
42.6 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Vacuolar transporter chaperone 4,Core histone macro-H2A.1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
42.7 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Vacuolar transporter chaperone 4,Core histone macro-H2A.1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
42.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	105.640, 67.922, 129.677
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.32, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Vacuolar transporter chaperone 4,Core histone macro-H2A.1 / Phosphate metabolism protein 3 / mH2A1 / Histone H2A.y / H2A/y / Medulloblastoma antigen MU-MB-50.205 分子量: 42234.934 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Artificial fusion between the SPX domain (residues 1-178) to the macro domain of human histone macroH2A1.1 connected by a AGS linker. 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母), (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: VTC4, PHM3, YJL012C, J1345, H2AFY, MACROH2A1 / プラスミド: pMH-macroHC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: P47075, UniProt: O75367

#1: タンパク質

Vacuolar transporter chaperone 4,Core histone macro-H2A.1 / Phosphate metabolism protein 3 / mH2A1 / Histone H2A.y / H2A/y / Medulloblastoma antigen MU-MB-50.205

分子量: 42234.934 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Artificial fusion between the SPX domain (residues 1-178) to the macro domain of human histone macroH2A1.1 connected by a AGS linker.
由来: (組換発現)

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母), (組換発現)

Homo sapiens (ヒト)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: VTC4, PHM3, YJL012C, J1345, H2AFY, MACROH2A1 / プラスミド: pMH-macroHC / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: P47075, UniProt: O75367

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非ポリマー , 5種, 199分子

#2: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.26 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 19% PEG 3350, 0.1M AmSO4, 0.1M MES

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.976251 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976251 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.13→50 Å / Num. obs: 101489 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 51 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_sym value: 0.079 / Net I/σ(I): 15.5
反射シェル	解像度: 2.13→2.26 Å / 冗長度: 6.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 96.7

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1zr3

1zr3

解像度: 2.134→46.859 Å / SU ML: 0.29 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.56 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2471	5074	5 %
R_work	0.2109	-	-
obs	0.2128	101454	99.09 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.134→46.859 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11278	0	90	184	11552

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	11658
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.748	15745
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.89	4362
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.029	1769
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	2004

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1345-2.1588	0.362	150	0.3614	2849	X-RAY DIFFRACTION	88
2.1588-2.1841	0.379	168	0.3374	3179	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1841-2.2108	0.351	166	0.3188	3166	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2108-2.2388	0.3565	167	0.313	3170	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2388-2.2682	0.3413	169	0.3012	3210	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2682-2.2993	0.3164	168	0.2885	3181	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2993-2.3321	0.3277	169	0.2837	3205	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3321-2.367	0.3348	169	0.2752	3216	X-RAY DIFFRACTION	99
2.367-2.4039	0.3001	168	0.2701	3192	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4039-2.4434	0.3193	169	0.2718	3212	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4434-2.4855	0.2896	168	0.2657	3199	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4855-2.5307	0.3068	171	0.2533	3243	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5307-2.5793	0.2824	169	0.2564	3194	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5793-2.632	0.296	167	0.2414	3194	X-RAY DIFFRACTION	100
2.632-2.6892	0.2769	169	0.2475	3209	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6892-2.7518	0.2614	168	0.2429	3205	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7518-2.8206	0.28	172	0.2306	3259	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8206-2.8968	0.2808	167	0.2353	3186	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8968-2.982	0.3121	172	0.2546	3259	X-RAY DIFFRACTION	100
2.982-3.0783	0.2819	170	0.2461	3236	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0783-3.1883	0.2823	170	0.2464	3232	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1883-3.3159	0.2906	170	0.2262	3227	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3159-3.4668	0.2528	170	0.219	3215	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4668-3.6495	0.2312	171	0.2077	3253	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6495-3.878	0.2244	169	0.1908	3225	X-RAY DIFFRACTION	100
3.878-4.1773	0.2042	174	0.1737	3295	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1773-4.5973	0.2028	171	0.1516	3252	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5973-5.2618	0.206	172	0.1555	3271	X-RAY DIFFRACTION	99
5.2618-6.6263	0.2172	173	0.1984	3287	X-RAY DIFFRACTION	100
6.6263-46.87	0.1874	178	0.1694	3359	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3162	-0.2004	0.3986	0.166	-0.5662	2.2183	0.0424	0.2902	-0.0502	0.0781	0.1946	-0.22	0.0653	0.4379	0.0009	0.2958	-0.0239	0.008	0.5013	-0.0972	0.4156	-73.6203	41.9723	-19.1309
2	0.989	0.8433	1.006	1.1233	0.0855	0.8036	-0.0343	0.3409	-0.0483	-0.2013	0.222	-0.2063	-0.2054	0.0856	0.0058	0.3111	-0.039	0.0382	0.6264	-0.073	0.3663	-84.7777	35.597	-31.6038
3	0.1913	-0.2117	0.2037	0.3879	-0.4141	0.6946	0.0893	0.5489	0.4967	-0.1065	-0.3966	0.7974	-0.3666	-0.6479	0.0002	0.431	-0.0435	0.0055	0.7051	-0.1415	0.5158	-105.9994	37.7606	-27.6116
4	2.9882	-1.3288	0.7613	2.2885	-1.4881	4.4305	0.0177	-0.0044	0.2648	0.0932	0.036	-0.083	-0.5139	-0.1753	-0.0005	0.3725	-0.0167	0.0405	0.2844	-0.0133	0.3253	-126.5307	32.5677	-52.7079
5	1.0502	-0.5531	1.273	2.5449	-0.6796	2.2594	0.0652	-0.0636	0.0084	-0.0373	0.1657	0.1433	0.2478	-0.34	0.001	0.3277	-0.0295	-0.0334	0.4436	0.0202	0.3356	-125.8926	21.4919	-46.9032
6	0.3447	0.0923	-0.3948	0.0895	-0.5585	1.7249	-0.0204	-0.1858	0.0171	-0.0844	0.099	-0.1022	0.0463	0.479	0	0.3477	-0.0533	0.0098	0.5964	-0.0776	0.3821	-71.9716	-0.9703	-42.2233
7	1.0722	-0.9208	-0.9488	1.2709	0.3141	0.49	-0.0543	-0.2587	0.0266	0.1329	0.1337	-0.098	0.1943	0.0592	0.0002	0.3053	-0.0665	-0.0206	0.5454	-0.0598	0.3051	-84.8505	6.2143	-30.6946
8	0.5056	-0.1419	-0.625	-0.1219	0.0571	0.1396	0.0111	0.0657	-0.5282	0.1707	-0.1592	0.4284	0.2058	0.1996	-0.0005	0.4778	-0.0039	-0.0478	0.6374	-0.1122	0.5371	-110.3249	6.2796	-35.5288
9	3.2979	0.9077	0.3741	2.4452	-0.7126	3.7117	0.0907	0.0474	-0.2109	-0.0236	0.078	-0.0538	0.3409	-0.0613	0.2622	0.2799	0.0113	-0.0615	0.0179	-0.0256	0.3172	-129.3731	8.9512	-13.4519
10	1.0852	0.1959	-1.468	2.321	-0.5849	2.4684	0.0382	0.4166	0.1905	-0.0281	0.1312	0.0115	-0.3926	-0.2017	0	0.2801	-0.0247	0.0312	0.3029	-0	0.3179	-126.7895	20.701	-20.5918
11	2.0363	1.506	0.0544	1.9884	-0.982	1.7281	0.4086	-0.2297	0.4554	0.1655	-0.4067	1.0944	-0.5826	-0.1075	-0.0077	0.4842	-0.0908	0.1476	0.5251	-0.1867	0.5811	-110.4996	39.1574	-13.9091
12	0.2643	0.2048	0.1338	0.1767	0.1601	0.3431	-0.189	-0.0106	-0.9081	0.0676	-0.2779	1.4966	0.094	-0.2031	-0.0119	0.348	0.0025	0.0161	0.6398	-0.0258	0.4819	-94.3607	5.7464	-20.4934
13	1.2757	-0.2598	-0.5481	1.2027	0.0044	0.7412	0.2891	-0.2527	0.2293	0.1614	-0.2134	-0.0715	-0.1912	0.0703	0.0003	0.3412	-0.1094	0.0098	0.5988	-0.0907	0.3067	-93.5498	28.2377	-16.23
14	3.6266	-0.6528	1.5888	2.3501	-0.462	2.6542	0.1888	-0.3836	-0.093	0.3226	-0.0961	-0.1313	0.0766	-0.383	0.0022	0.3952	-0.1267	-0.06	0.4575	0.0551	0.4315	-54.3504	4.5694	-13.7685
15	0.6749	-0.5279	0.8167	2.1457	-0.1428	1.0795	0.2121	0.2907	-0.0161	-0.1055	-0.2199	-0.3511	0.3761	-0.1189	-0.0001	0.4037	-0.0353	-0.0245	0.5382	0.0351	0.4583	-54.7621	7.981	-26.392
16	1.8718	-1.3209	0.33	1.1957	-0.9182	1.7194	0.4358	0.2413	-0.4761	-0.5999	-0.2986	0.9251	0.6265	-0.0457	0.0062	0.6636	0.049	-0.2107	0.6872	-0.1767	0.6135	-108.2857	2.2913	-51.9615
17	0.2829	-0.181	-0.1476	0.0946	0.1562	0.1951	-0.1894	0.1824	0.877	-0.1446	-0.1217	1.7286	-0.0992	-0.1493	-0.0024	0.493	-0.0883	-0.0252	0.6674	-0.0394	0.5872	-93.3072	35.2777	-43.7608
18	1.0121	0.2467	0.6177	1.1218	0.0602	0.6394	0.3029	0.2889	-0.178	-0.2674	-0.2277	-0.0993	0.1276	0.0899	0.0194	0.4115	0.0545	0.0059	0.6366	-0.0918	0.2873	-91.5197	14.2585	-47.0194
19	2.6813	1.6208	-0.6216	3.219	-0.9035	2.4816	0.1967	0.339	0.2514	-0.5561	-0.1902	-0.6076	-0.2727	-0.0463	-0.0143	0.5523	0.078	0.2514	0.5311	0.1377	0.7279	-51.4652	36.9663	-43.537
20	0.6585	1.0683	-0.6508	2.051	-0.5368	1.1737	0.3884	-0.1473	0.349	0.2196	-0.3449	-0.3435	-0.546	0.118	0.0005	0.5033	-0.0523	0.1074	0.5388	0.034	0.6387	-54.011	33.5602	-31.6777

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resseq 12:73)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resseq 74:158)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resseq 159:178)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resseq 179:310)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resseq 311:367)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resseq 14:73)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resseq 74:158)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resseq 159:190)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resseq 191:310)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resseq 311:369)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain C and resseq 13:67)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain C and resseq 68:88)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain C and resseq 89:177)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain C and resseq 178:310)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain C and resseq 311:369)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain D and resseq 14:67)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain D and resseq 68:86)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain D and resseq 87:177)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain D and resseq 178:310)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain D and resseq 311:368)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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