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- PDB-5ihz: Crystal structure of anti-gliadin 1002-1E01 Fab fragment -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ihz
タイトルCrystal structure of anti-gliadin 1002-1E01 Fab fragment
要素
  • 1E01 Fab fragment heavy chain
  • 1E01 Fab fragment light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / anti-gliadin antibody / celiac disease
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.64 Å
データ登録者Snir, O. / Chen, X. / Gidoni, M. / du Pre, M.F. / Zhao, Y. / Steinsbo, O. / Lundin, K.E. / Yaari, G. / Sollid, L.M.
引用ジャーナル: JCI Insight / 年: 2017
タイトル: Stereotyped antibody responses target posttranslationally modified gluten in celiac disease.
著者: Snir, O. / Chen, X. / Gidoni, M. / du Pre, M.F. / Zhao, Y. / Steinsbo, O. / Lundin, K.E. / Yaari, G. / Sollid, L.M.
履歴
登録2016年3月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / diffrn_source
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22017年12月6日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 1E01 Fab fragment heavy chain
B: 1E01 Fab fragment light chain
C: 1E01 Fab fragment heavy chain
D: 1E01 Fab fragment light chain
E: 1E01 Fab fragment heavy chain
F: 1E01 Fab fragment light chain
H: 1E01 Fab fragment heavy chain
L: 1E01 Fab fragment light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)187,0728
ポリマ－187,0728
非ポリマー00
水21,5101194
1
A: 1E01 Fab fragment heavy chain
B: 1E01 Fab fragment light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7682
ポリマ－46,7682
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3010 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area18740 Å2
手法PISA
2
C: 1E01 Fab fragment heavy chain
D: 1E01 Fab fragment light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7682
ポリマ－46,7682
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3080 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area18950 Å2
手法PISA
3
E: 1E01 Fab fragment heavy chain
F: 1E01 Fab fragment light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7682
ポリマ－46,7682
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3040 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area18820 Å2
手法PISA
4
H: 1E01 Fab fragment heavy chain
L: 1E01 Fab fragment light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7682
ポリマ－46,7682
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3210 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area19240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.270, 147.810, 95.230
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.50, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体
1E01 Fab fragment heavy chain


分子量: 23765.488 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体
1E01 Fab fragment light chain


分子量: 23002.445 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20 %w/v Polyethylene Glycol 3350, 0.200 M Potassium Sulphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.64→92.6 Å / Num. obs: 240238 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 13.9 % / Net I/σ(I): 18.3
反射 シェル解像度: 1.64→1.68 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155)精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4Q9Q

4q9q


解像度: 1.64→78.472 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.72 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2285 11892 4.95 %
Rwork0.2004 --
obs0.2018 240171 98.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.64→78.472 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12589 0 0 1194 13783
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0112893
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.27217547
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.4267663
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0791985
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0082225
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.64-1.65860.33553880.30677532X-RAY DIFFRACTION97
1.6586-1.67820.34373940.29957456X-RAY DIFFRACTION98
1.6782-1.69860.33314100.28767520X-RAY DIFFRACTION98
1.6986-1.72010.27953670.27037561X-RAY DIFFRACTION98
1.7201-1.74280.31473760.26157464X-RAY DIFFRACTION98
1.7428-1.76660.28044030.25267595X-RAY DIFFRACTION98
1.7666-1.79190.28883870.26867459X-RAY DIFFRACTION98
1.7919-1.81860.3173820.2577578X-RAY DIFFRACTION98
1.8186-1.8470.26194150.23867541X-RAY DIFFRACTION98
1.847-1.87730.2764010.23227530X-RAY DIFFRACTION98
1.8773-1.90970.26114180.2247572X-RAY DIFFRACTION98
1.9097-1.94440.26764160.21527512X-RAY DIFFRACTION98
1.9444-1.98180.26233860.21597592X-RAY DIFFRACTION98
1.9818-2.02230.24733860.21297607X-RAY DIFFRACTION99
2.0223-2.06630.254110.2137590X-RAY DIFFRACTION99
2.0663-2.11430.24933770.2087638X-RAY DIFFRACTION99
2.1143-2.16720.22744010.1977588X-RAY DIFFRACTION99
2.1672-2.22580.23963900.20147595X-RAY DIFFRACTION99
2.2258-2.29130.24864140.20777613X-RAY DIFFRACTION99
2.2913-2.36530.25393720.21157680X-RAY DIFFRACTION99
2.3653-2.44980.2514000.21187608X-RAY DIFFRACTION99
2.4498-2.54790.23363870.20837711X-RAY DIFFRACTION99
2.5479-2.66390.25144080.21777664X-RAY DIFFRACTION99
2.6639-2.80430.25364040.21177682X-RAY DIFFRACTION100
2.8043-2.980.22693810.20887722X-RAY DIFFRACTION100
2.98-3.21010.22044270.20287642X-RAY DIFFRACTION100
3.2101-3.53320.20893910.19397765X-RAY DIFFRACTION100
3.5332-4.04440.20934160.18367661X-RAY DIFFRACTION100
4.0444-5.09540.17324050.15577766X-RAY DIFFRACTION100
5.0954-78.56160.20773790.18227835X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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