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- PDB-5ihe: D-family DNA polymerase - DP1 subunit (3'-5' proof-reading exonuc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ihe
タイトルD-family DNA polymerase - DP1 subunit (3'-5' proof-reading exonuclease)
要素DNA polymerase II small subunit
キーワードTRANSFERASE / DNA polymerase D-family exonuclease
機能・相同性
機能・相同性情報


exodeoxyribonuclease I / DNA polymerase complex / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / DNA catabolic process / DNA strand elongation involved in DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 - #50 / DNA polymerase II small subunit, archaeal / : / DNA polymerase II small subunit, N-terminal domain / DNA polymerase delta/II small subunit family / DNA polymerase alpha/epsilon subunit B / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like ...Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 - #50 / DNA polymerase II small subunit, archaeal / : / DNA polymerase II small subunit, N-terminal domain / DNA polymerase delta/II small subunit family / DNA polymerase alpha/epsilon subunit B / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like / 4-Layer Sandwich / Nucleic acid-binding, OB-fold / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / 2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / : / DNA polymerase II small subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus abyssi (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Sauguet, L. / Raia, P. / De Larue, M.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Shared active site architecture between archaeal PolD and multi-subunit RNA polymerases revealed by X-ray crystallography.
著者: Sauguet, L. / Raia, P. / Henneke, G. / Delarue, M.
履歴
登録2016年2月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月7日Group: Database references
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase II small subunit
B: DNA polymerase II small subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,43414
ポリマ－107,2292
非ポリマー1,20512
水1,18966
1
A: DNA polymerase II small subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,2067
ポリマ－53,6151
非ポリマー5926
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: DNA polymerase II small subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,2287
ポリマ－53,6151
非ポリマー6146
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)85.969, 91.415, 145.209
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 DNA polymerase II small subunit / Pol II


分子量: 53614.500 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌)
遺伝子: polB, PYRAB01210, PAB2266 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9V2F3, DNA-directed DNA polymerase

-
非ポリマー , 7種, 78分子

#2: 化合物 ChemComp-D5M / 2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / dAMP


分子量: 331.222 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O6P
#3: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.77 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: 100mM Na cacodylate pH6.7 200mM Ca Acetate 5% PEG8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9919 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→48.3 Å / Num. obs: 39885 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 81.35 Å2 / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / Rsym value: 0.825

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→47.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9477 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU R Cruickshank DPI: 0.396 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.38 / SU Rfree Blow DPI: 0.233 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.239
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2248 1998 5.01 %RANDOM
Rwork0.1974 ---
obs0.1988 39885 98.92 %-
原子変位パラメータBiso mean: 86.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.6418 Å20 Å20 Å2
2---5.1597 Å20 Å2
3---10.8014 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.36 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→47.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7050 0 63 66 7179
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0087283HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.089902HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2487SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes177HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1056HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7283HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.86
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.81
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion924SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8075SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.56 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2398 129 4.4 %
Rwork0.2395 2804 -
all0.2395 2933 -
obs--99.53 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.76530.34660.68311.9724-0.77452.9238-0.30230.2307-0.0158-0.24130.16530.09-0.1780.06670.1371-0.1640.06090.03260.00540.0162-0.294667.72872.51646.3622
22.4121-0.23650.58811.95550.46732.3288-0.092-0.1492-0.4123-0.0978-0.0713-0.26070.19030.1480.1633-0.23130.06480.0894-0.22490.0847-0.112943.856943.06174.5925
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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