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- PDB-5ifu: Crystal Structure of Prolyl-tRNA synthetase (ProRS, Proline--tRNA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ifu
タイトルCrystal Structure of Prolyl-tRNA synthetase (ProRS, Proline--tRNA ligase) from Plasmodium falciparum in complex with Glyburide
要素Proline--tRNA ligase
キーワードLIGASE / Plasmodium falciparum / Prolyl-tRNA synthetase / ProRS / Proline--tRNA ligase / Glyburide / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


Ala-tRNA(Pro) deacylase activity / proline-tRNA ligase / proline-tRNA ligase activity / prolyl-tRNA aminoacylation / aminoacyl-tRNA synthetase multienzyme complex / tRNA aminoacylation for protein translation / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
C-terminal domain of ProRS / YbaK/aminoacyl-tRNA synthetase-associated domain / Aminoacyl-tRNA editing domain / Proline-tRNA ligase, class IIa / YbaK/aminoacyl-tRNA synthetase-associated domain superfamily / Prolyl-tRNA synthetase, catalytic domain / Proline-tRNA ligase, class II, C-terminal / Prolyl-tRNA synthetase, C-terminal / Prolyl-tRNA synthetase, C-terminal / Proline-tRNA ligase, class IIa, archaeal-type ...C-terminal domain of ProRS / YbaK/aminoacyl-tRNA synthetase-associated domain / Aminoacyl-tRNA editing domain / Proline-tRNA ligase, class IIa / YbaK/aminoacyl-tRNA synthetase-associated domain superfamily / Prolyl-tRNA synthetase, catalytic domain / Proline-tRNA ligase, class II, C-terminal / Prolyl-tRNA synthetase, C-terminal / Prolyl-tRNA synthetase, C-terminal / Proline-tRNA ligase, class IIa, archaeal-type / Prolyl-tRNA synthetase, class II / Translation Initiation Factor IF3 / Anticodon-binding domain / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ P/ S/T) / tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T) / Anticodon-binding / Anticodon binding domain / Anticodon-binding domain superfamily / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / Chem-GBM / Proline--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Dranow, D.M. / Hewitt, S.N. / Abendroth, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: ACS Infect Dis / 年: 2017
タイトル: Biochemical and Structural Characterization of Selective Allosteric Inhibitors of the Plasmodium falciparum Drug Target, Prolyl-tRNA-synthetase.
著者: Hewitt, S.N. / Dranow, D.M. / Horst, B.G. / Abendroth, J.A. / Forte, B. / Hallyburton, I. / Jansen, C. / Baragana, B. / Choi, R. / Rivas, K.L. / Hulverson, M.A. / Dumais, M. / Edwards, T.E. / ...著者: Hewitt, S.N. / Dranow, D.M. / Horst, B.G. / Abendroth, J.A. / Forte, B. / Hallyburton, I. / Jansen, C. / Baragana, B. / Choi, R. / Rivas, K.L. / Hulverson, M.A. / Dumais, M. / Edwards, T.E. / Lorimer, D.D. / Fairlamb, A.H. / Gray, D.W. / Read, K.D. / Lehane, A.M. / Kirk, K. / Myler, P.J. / Wernimont, A. / Walpole, C. / Stacy, R. / Barrett, L.K. / Gilbert, I.H. / Van Voorhis, W.C.
履歴
登録2016年2月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月25日Group: Database references
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proline--tRNA ligase
B: Proline--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,76521
ポリマ－117,9732
非ポリマー1,79219
水4,378243
1
A: Proline--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,03814
ポリマ－58,9861
非ポリマー1,05213
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Proline--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,7277
ポリマ－58,9861
非ポリマー7406
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Proline--tRNA ligase
B: Proline--tRNA ligase
ヘテロ分子

A: Proline--tRNA ligase
B: Proline--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)239,53042
ポリマ－235,9464
非ポリマー3,58438
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z+1/21
Buried area16770 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area69910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)138.310, 138.310, 156.660
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Proline--tRNA ligase / Prolyl-tRNA synthetase / ProRS


分子量: 58986.496 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 249-746 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7 / 遺伝子: proRS, PFL0670c / プラスミド: PlfaA.18681.a.B4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8I5R7, proline-tRNA ligase

-
非ポリマー , 5種, 262分子

#2: 化合物 ChemComp-GBM / 5-chloro-N-(2-{4-[(cyclohexylcarbamoyl)sulfamoyl]phenyl}ethyl)-2-methoxybenzamide / Glibenclamide / Glyburide / グリベンクラミド


分子量: 494.004 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H28ClN3O5S / コメント: 薬剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 243 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.26 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: at 22mg/ml, incubated with 5mM glyburide, then 1:1 with Morpheus(g2): 10% PEG-8000, 20% ethylene glycol, 0.1M MES/imidazole, pH=6.5, 0.03M each sodium formate, ammonium acetate, trisodium ...詳細: at 22mg/ml, incubated with 5mM glyburide, then 1:1 with Morpheus(g2): 10% PEG-8000, 20% ethylene glycol, 0.1M MES/imidazole, pH=6.5, 0.03M each sodium formate, ammonium acetate, trisodium citrate, sodium potassium tartrate, sodium oxamate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→43.737 Å / Num. obs: 56139 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 47.14 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 18.69
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.45-2.517.50.5334.151100
2.51-2.580.4275.07199.9
2.58-2.660.3545.98199.9
2.66-2.740.2727.54199.9
2.74-2.830.2238.97199.9
2.83-2.930.18810.4199.9
2.93-3.040.14113.36199.8
3.04-3.160.10916.36199.8
3.16-3.30.09219.3199.7
3.3-3.460.07223.49199.6
3.46-3.650.06425.99199.5
3.65-3.870.05629.1199.6
3.87-4.140.05330.98199.2
4.14-4.470.04633.56199.2
4.47-4.90.04235.33199
4.9-5.480.04335.19199
5.48-6.330.0434.63198.5
6.33-7.750.03735.98198.4
7.75-10.960.0338.49197.6
10.96-43.7370.02638190.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation6.4 Å46.1 Å
Translation6.4 Å46.1 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
PHENIXdev_1819精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4Q15

4q15


解像度: 2.45→43.737 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.23
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2129 2752 4.91 %
Rwork0.185 56100 -
obs0.1863 56100 99.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 142.86 Å2 / Biso mean: 61.3991 Å2 / Biso min: 22.26 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.45→43.737 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6942 0 104 243 7289
Biso mean--76.75 52.26 -
残基数----883
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0037233
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6689800
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0261065
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031243
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.3422582
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.45-2.49220.26881430.229126152758100
2.4922-2.53750.25881330.218326492782100
2.5375-2.58630.27081250.215526472772100
2.5863-2.63910.25991360.216726422778100
2.6391-2.69650.28081200.21126482768100
2.6965-2.75920.2591380.210126472785100
2.7592-2.82820.25851380.210926442782100
2.8282-2.90460.26621480.218326382786100
2.9046-2.99010.22241440.216126242768100
2.9901-3.08660.23731690.203726242793100
3.0866-3.19680.23261240.207826712795100
3.1968-3.32480.23971280.206326732801100
3.3248-3.47610.22111300.190426652795100
3.4761-3.65920.20831490.187726522801100
3.6592-3.88840.20561270.179426792806100
3.8884-4.18840.19331430.1652680282399
4.1884-4.60950.17651340.14452690282499
4.6095-5.27550.17511480.14942694284299
5.2755-6.64280.1831330.18512733286699
6.6428-43.74440.2061420.18642833297597
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.2221-0.59891.34152.4598-1.01463.05010.2697-0.11120.8521-0.0177-0.13870.1817-0.09-0.364-0.13070.3067-0.08040.13830.289-0.00660.4801-40.0964-2.896828.2873
23.5711.3044-0.38393.06361.57933.01340.05180.0272-0.04930.2687-0.1130.25840.24280.18590.0330.3237-0.05550.01160.27450.01360.2707-13.7449-5.224933.881
34.35670.69670.83320.76760.1892.56780.12190.2038-0.09520.0677-0.0589-0.08040.19310.2763-0.07120.3640.00070.03370.242-0.01880.3164-18.2263-7.820521.1302
46.0941.6178-2.4882.7811-2.01245.49430.4044-0.1828-0.12640.3816-0.12750.4097-0.622-0.1907-0.23860.3695-0.05980.10730.2664-0.0430.4371-54.5973-14.968429.8886
53.27851.5292-2.44771.4918-1.55192.45970.0318-0.02410.03230.0516-0.01110.20880.0896-0.26880.01230.3342-0.0810.03090.3562-0.03910.4179-53.0558-19.798527.3746
63.1511-0.83851.23173.1548-1.343.0122-0.01070.16620.3514-0.1231-0.0626-0.0564-0.24940.11920.08050.26380.01940.01930.21510.03450.2794-23.8529-1.22180.4216
73.9984-0.44891.28365.2217-1.08616.07520.097-0.3284-0.07820.3851-0.0522-0.47920.40380.3836-0.06050.4687-0.10180.0240.40140.01040.3618-5.0429-4.754253.6428
87.7419-1.35352.37161.7215-0.83582.47260.1379-0.62970.3260.2069-0.26450.30830.2577-0.77530.1050.5048-0.20710.1460.6067-0.16840.3814-36.945-4.588745.2145
96.94632.951-4.3832.0387-2.73914.99770.2444-0.10660.95110.3452-0.04240.4325-0.355-0.8312-0.27810.4679-0.08660.0610.5387-0.16380.5098-28.01464.235845.8549
102.7377-0.26251.24731.7108-0.24623.14020.0589-1.27350.29220.3022-0.11770.3406-0.005-1.13340.06850.6497-0.23840.16291.0265-0.17290.5024-35.7335-3.352659.2882
113.0056-0.26020.98871.829-0.32822.08980.1873-0.0813-0.618-0.2792-0.0545-0.0991.32930.1856-0.02791.3295-0.031-0.0590.47760.05350.583-8.4269-25.741353.9228
121.497-1.5756-0.26134.46351.04284.8148-0.5928-1.42220.61360.80660.3696-0.1608-0.6494-0.73690.04790.8646-0.0095-0.03681.4721-0.32230.5913-29.16191.332579.4133
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 251 through 308 )A251 - 308
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 309 through 416 )A309 - 416
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 417 through 523 )A417 - 523
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 524 through 551 )A524 - 551
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 552 through 659 )A552 - 659
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 660 through 746 )A660 - 746
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 245 through 288 )B245 - 288
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 289 through 387 )B289 - 387
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 388 through 416 )B388 - 416
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 417 through 523 )B417 - 523
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 524 through 659 )B524 - 659
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 660 through 746 )B660 - 746

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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