PDB-5ifk: Purine nucleoside phosphorylase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ifk

タイトル

Purine nucleoside phosphorylase

要素

Purine nucleoside phosphorylase

キーワード

TRANSFERASE / Purine nucleoside phosphorylase Hypoxanthine NP-I family Kluyveromyces lactis

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleoside metabolic process / purine-nucleoside phosphorylase / purine-nucleoside phosphorylase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Kluyveromyces lactis (酵母)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.967 Å

データ登録者

Thakur, K.G. / Priyanka, A.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2016
タイトル: Functional and Structural Characterization of Purine Nucleoside Phosphorylase from Kluyveromyces lactis and Its Potential Applications in Reducing Purine Content in Food
著者: Mahor, D. / Priyanka, A. / Prasad, G.S. / Thakur, K.G.

履歴

登録	2016年2月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年3月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年4月26日	Group: Database references
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ifk.cif.gz	362.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ifk.ent.gz	297.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ifk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5ifk_validation.pdf.gz	460.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ifk_full_validation.pdf.gz	468.6 KB	表示
XML形式データ	5ifk_validation.xml.gz	39.3 KB	表示
CIF形式データ	5ifk_validation.cif.gz	57.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/if/5ifk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/if/5ifk	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	6b71-1 2ai3-1 5tbv-1 1a9t-1 2ai2-1 3e0q-d 5ugf-1 5tbt-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Purine nucleoside phosphorylase

B: Purine nucleoside phosphorylase

C: Purine nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

103 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.780, 80.780, 231.161
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

#1: タンパク質	Purine nucleoside phosphorylase / Inosine-guanosine phosphorylase 分子量: 34236.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母) 株: ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37 遺伝子: KLLA0_C16621g / プラスミド: pET28a-BSaI / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6CSZ6, purine-nucleoside phosphorylase
#2: 化合物	ChemComp-HPA / HYPOXANTHINE / ヒポキサンチン分子量: 136.111 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₄N₄O
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 626 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.97 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 0.1M sodium acetate trihydrate, 8% PEG 4000, pH 4.6

-
データ収集

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: OTHER / 波長: 0.9762 Å

検出器

タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE

放射

散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9762 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.967→231.161 Å / Num. obs: 60087 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.8 % / B_iso Wilson estimate: 26.38 Å² / R_sym value: 0.059 / Net I/av σ(I): 8.744 / Net I/σ(I): 16

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.97-2.07	4.6	0.34	2.2	1	98.6
2.07-2.2	4.8	0.22	3.5	1	99.7
2.2-2.35	4.8	0.147	5.2	1	99.8
2.35-2.54	4.8	0.105	7.2	1	99.8
2.54-2.78	4.9	0.077	9.5	1	100
2.78-3.11	4.9	0.053	13.5	1	100
3.11-3.59	4.9	0.043	15.1	1	100
3.59-4.4	4.9	0.048	12.1	1	100
4.4-6.22	4.8	0.04	14	1	100
6.22-39.787	4.7	0.023	25.7	1	98.8

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	39.79 Å
Translation	2.5 Å	39.79 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ収集
SCALA	3.3.20	データスケーリング
PHASER	2.3.0	位相決定
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.967→39.787 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.45 / 位相誤差: 19.52

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1987	3023	5.04 %
R_work	0.1559	-	-
obs	0.158	60033	99.63 %

溶媒の処理

減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 106.13 Å² / B_iso mean: 35.0795 Å² / B_iso min: 11.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.967→39.787 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6782	0	30	626	7438
B_iso mean	-	-	26.58	39.48	-
残基数	-	-	-	-	880

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	6965
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.076	9436
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	1061
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1221
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.014	2527

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 22

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.967-1.9978	0.2979	127	0.2207	2456	2583	96
1.9978-2.0305	0.2109	129	0.1996	2607	2736	99
2.0305-2.0655	0.2624	115	0.1944	2599	2714	100
2.0655-2.1031	0.2605	146	0.1846	2544	2690	100
2.1031-2.1435	0.2201	147	0.1753	2601	2748	100
2.1435-2.1873	0.2151	123	0.1621	2648	2771	100
2.1873-2.2348	0.2398	149	0.1606	2552	2701	100
2.2348-2.2868	0.1924	137	0.1523	2592	2729	100
2.2868-2.344	0.1856	158	0.1545	2544	2702	100
2.344-2.4074	0.2069	135	0.156	2637	2772	100
2.4074-2.4782	0.2019	160	0.1596	2569	2729	100
2.4782-2.5582	0.2253	125	0.167	2603	2728	100
2.5582-2.6496	0.243	126	0.1723	2602	2728	100
2.6496-2.7556	0.2275	126	0.1729	2611	2737	100
2.7556-2.881	0.2064	157	0.1723	2610	2767	100
2.881-3.0329	0.2456	149	0.1674	2585	2734	100
3.0329-3.2228	0.2054	137	0.1662	2595	2732	100
3.2228-3.4715	0.204	132	0.1504	2597	2729	100
3.4715-3.8206	0.194	133	0.1457	2634	2767	100
3.8206-4.3729	0.1499	146	0.1232	2600	2746	100
4.3729-5.507	0.1677	129	0.1284	2613	2742	100
5.507-39.7953	0.1602	137	0.1567	2611	2748	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.982	-5.1869	1.2278	3.8032	-0.8336	6.1582	-0.3323	0.0588	0.9434	0.3546	0.2528	-1.533	-0.4205	0.6871	0.0323	0.2109	-0.0243	-0.0518	0.414	0.0636	0.4033	50.4203	-42.8337	-21.8322
2	6.9736	-0.8137	1.3532	6.8125	-0.2647	3.3017	-0.0557	-0.2465	-0.4869	0.4212	-0.0495	0.1055	0.5277	0.2219	0.0872	0.2965	0.0981	0.0299	0.209	0.0333	0.2854	41.7328	-56.0724	-22.0948
3	2.0759	-0.4346	-0.6223	1.3092	0.3193	1.123	-0.0156	-0.0508	-0.2842	0.1746	-0.0538	0.1036	0.2323	-0.0314	0.0484	0.243	-0.0204	-0.0008	0.122	0.0102	0.1947	23.1658	-44.6553	-24.6992
4	4.4243	-3.3992	-3.6346	7.7532	5.1123	6.6105	-0.591	-0.1656	-0.7972	0.5589	0.0005	0.4499	1.2267	-0.18	0.5702	0.4321	-0.0068	-0.055	0.2018	0.0305	0.4958	24.4841	-59.5773	-22.8285
5	5.6676	3.6516	-4.4023	6.755	-5.4487	7.0474	-0.0196	0.013	-0.0878	0.254	0.0882	-0.6729	-0.4827	0.8865	0.1474	0.2532	-0.1514	0.0439	0.4009	-0.1596	0.3214	38.2003	-1.0573	-16.7404
6	4.3078	0.8373	0.4599	2.4587	-0.8913	2.2415	-0.0101	0.4703	0.1912	-0.3075	0.2075	-0.1311	-0.3411	0.9576	-0.1511	0.3322	-0.1285	0.1148	0.4579	-0.0836	0.3038	35.9983	0.0659	-32.7699
7	0.5427	-0.605	0.5408	7.1373	-5.2905	4.2178	-0.0175	0.0687	0.135	-0.3173	0.1839	-0.4457	-0.0327	0.2986	-0.0268	0.2495	-0.0999	0.074	0.233	-0.0647	0.2823	32.833	-10.6637	-29.7347
8	2.208	-0.3777	0.1909	2.4325	0.3326	3.5984	-0.0536	-0.1787	0.0304	0.5153	0.2949	-0.4521	-0.049	0.3307	-0.1767	0.1594	-0.0381	0.036	0.2008	-0.0866	0.1884	31.0683	-7.1197	-20.0881
9	1.1242	0.3257	0.0916	1.3924	0.9171	3.0485	0.0404	-0.0362	0.1195	0.0061	-0.0143	0.0766	-0.0143	0.0313	-0.028	0.0921	-0.0081	0.021	0.0906	-0.0016	0.1111	19.3345	-13.887	-25.9212
10	2.299	-0.5418	0.3293	3.5113	-1.7031	5.1185	0.0336	0.3136	0.2144	-0.3099	0.0705	0.1758	-0.3195	-0.1753	-0.1237	0.1533	-0.0267	-0.0099	0.133	0.0321	0.1454	15.4219	-8.5089	-41.305
11	1.0194	-0.8279	-0.4404	1.0637	0.8223	1.4919	0.0852	-0.0185	-0.0346	0.027	-0.0433	0.0208	0.0797	-0.0292	-0.043	0.1503	-0.0218	0.0178	0.122	0.0266	0.1088	20.6987	-21.977	-29.2297
12	1.872	1.5914	0.4916	4.8684	-0.4066	1.0351	-0.04	0.2999	-0.5566	-0.986	0.2112	-0.4737	0.2643	-0.0288	-0.14	0.3241	-0.0452	-0.0076	0.2517	-0.0421	0.2484	20.9732	-32.44	-41.6738
13	2.3546	-2.169	-0.6091	9.0297	-0.5387	4.2353	0.1206	0.273	0.0981	-0.7216	-0.0275	-0.2207	-0.0597	0.1975	-0.0261	0.1752	-0.088	0.0242	0.2423	0.0375	0.2036	26.9068	-10.3732	-43.9031
14	6.8355	-3.4378	-5.0713	4.2066	4.6231	7.0114	-0.0422	-1.0012	-0.1831	0.8186	0.4308	-0.4718	0.3416	1.3381	-0.3977	0.9892	-0.0233	-0.2849	0.468	0.0132	0.4501	24.9723	-30.9777	14.1507
15	3.9069	-0.2501	0.7155	0.1314	-0.5142	3.922	-0.0811	-0.4748	0.3147	0.8473	-0.0583	0.073	0.0154	-0.1695	0.0757	0.9038	-0.1225	0.0906	0.3443	-0.045	0.293	10.7444	-23.4154	14.3243
16	6.0927	3.8035	-6.831	3.5367	-4.7455	9.5564	0.3222	-0.2081	-0.217	0.7673	-0.235	0.1157	-0.3577	-0.0972	-0.1611	0.6005	-0.0688	0.018	0.2579	-0.0284	0.2536	14.3675	-22.632	3.1101
17	3.2545	-1.7477	1.8212	3.867	-4.3199	5.4868	0.0974	-0.3283	-0.0772	0.6612	-0.1535	-0.1067	0.2025	0.2239	0.0539	0.5745	-0.0731	-0.0164	0.1578	-0.0144	0.1812	14.7013	-30.0529	3.2414
18	6.6311	-3.1401	0.7368	3.3303	-0.3904	1.235	0.0062	-0.2002	-0.0837	0.3471	-0.0416	0.0029	0.2364	0.0121	0.0235	0.3161	-0.0727	0.0564	0.1389	-0.0037	0.1649	12.1498	-33.5585	-8.6268
19	1.0534	0.6535	-1.3636	0.4249	-0.7541	2.1542	-0.036	0.085	-0.0477	0.4088	-0.0402	0.5641	0.2402	-0.5449	0.0209	0.3672	-0.13	0.2489	0.3096	-0.0561	0.4274	-4.6385	-28.9037	-3.0325
20	1.3802	0.2892	0.3241	1.9487	-0.3238	2.4985	0.0918	-0.0188	-0.0775	0.2167	-0.0745	0.0736	0.2561	-0.0163	-0.0194	0.1822	-0.0439	0.0534	0.1385	-0.0277	0.1407	11.1099	-26.2543	-12.8247
21	1.5283	1.6991	-2.5249	2.2578	-1.99	5.1412	0.0769	0.1994	0.3271	0.1847	0.1988	0.4037	-0.4508	-0.7288	-0.3368	0.1922	0.0087	0.0496	0.2281	-0.0051	0.3187	3.6252	-14.1551	-20.9007
22	3.395	1.3164	-2.8959	0.9398	-2.3854	6.4881	-0.0688	-0.095	0.3091	0.6884	0.0068	0.5473	0.0536	-0.5471	-0.4091	0.527	-0.0847	0.2542	0.3071	-0.1303	0.3172	-0.2015	-18.5085	1.3883

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 5 through 27 )	A	5 - 27
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 28 through 85 )	A	28 - 85
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 86 through 280 )	A	86 - 280
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 281 through 306 )	A	281 - 306
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 5 through 27 )	B	5 - 27
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 28 through 85 )	B	28 - 85
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 86 through 104 )	B	86 - 104
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 105 through 118 )	B	105 - 118
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 119 through 180 )	B	119 - 180
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 181 through 207 )	B	181 - 207
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 208 through 246 )	B	208 - 246
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 247 through 280 )	B	247 - 280
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 281 through 306 )	B	281 - 306
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 6 through 27 )	C	6 - 27
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 28 through 85 )	C	28 - 85
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 86 through 104 )	C	86 - 104
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 105 through 132 )	C	105 - 132
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 133 through 180 )	C	133 - 180
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 181 through 207 )	C	181 - 207
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 208 through 246 )	C	208 - 246
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 247 through 280 )	C	247 - 280
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 281 through 306 )	C	281 - 306

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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