[日本語] English
万見
- PDB-5iem: NMR structure of the 5'-terminal hairpin of the 7SK snRNA -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5iem
タイトルNMR structure of the 5'-terminal hairpin of the 7SK snRNA
要素7SK snRNA
キーワードTRANSCRIPTION / RNA / regulator
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Bourbigot, S. / Dock-Bregeon, A.C. / Coutant, J. / Kieffer, B. / Lebars, I.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-2010-JCJC-1507-01 フランス
引用ジャーナル: RNA / 年: 2016
タイトル: Solution structure of the 5'-terminal hairpin of the 7SK small nuclear RNA.
著者: Bourbigot, S. / Dock-Bregeon, A.C. / Eberling, P. / Coutant, J. / Kieffer, B. / Lebars, I.
履歴
登録2016年2月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月30日Group: Database references
改定 1.22017年8月30日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / struct_conn / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32018年4月18日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / entity / Item: _citation.journal_abbrev / _entity.pdbx_description
改定 1.42018年6月6日Group: Data collection / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: pdbx_entity_src_syn / pdbx_nmr_ensemble ...pdbx_entity_src_syn / pdbx_nmr_ensemble / pdbx_nmr_refine / pdbx_nmr_representative
Item: _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific ..._pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _pdbx_nmr_ensemble.conformer_selection_criteria / _pdbx_nmr_ensemble.conformers_calculated_total_number
改定 1.52024年6月19日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 7SK snRNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2691
ポリマ－18,2691
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area11090 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the least restraint violations,lowest energy
代表モデルモデル #1fewest violations,lowest energy

-
要素

#1: RNA鎖 7SK snRNA


分子量: 18268.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: RNA / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic22D 1H-1H NOESY
121isotropic22D 1H-15N HSQC
232isotropic22D 1H-1H NOESY
242isotropic22D 1H-13C HSQC
353anisotropic22D 1H-13C HSQC
262isotropic32D 1H-1H TOCSY
272isotropic22D DQF-COSY
282isotropic23D (H)CCH-TOCSY
393anisotropic22D 1H-15N HSQC
2102isotropic13D HCP
2112isotropic12D HPCOSY
2122isotropic22D HCN

-
試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.4 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] HPI, 90% H2O/10% D2OHPI90% H2O/10% D2O
solution20.4 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] HPI, 100% D2OHPI100% D2O
filamentous virus30.4 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] HPI, 90% H2O/10% D2OHPI90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.4 mMHPI[U-99% 13C; U-99% 15N]1
0.4 mMHPI[U-99% 13C; U-99% 15N]2
0.4 mMHPI[U-99% 13C; U-99% 15N]3
試料状態
Conditions-ID詳細イオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
1sodium phosphate buffer50 mMconditions_16.4ambient Pa288 K
2sodium phosphate buffer50 mMconditions_26.4ambient Pa303 K
3sodium phosphate buffer50 mMconditions_36.4ambient Pa303 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III5001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III7002
Bruker DRXBrukerDRX6003

-
解析

NMR software名称: CNS / 開発者: Brunger A. T. et.al. / 分類: 精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: fewest violations,lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations,lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る