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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ie5 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a lactonase double mutant in complex with substrate a | ||||||
![]() | Zearalenone hydrolase | ||||||
![]() | HYDROLASE / ALPHA/BETA-HYDROLASE / LACTONASE / ZEARALENONE | ||||||
機能・相同性 | glycerolipid catabolic process / triacylglycerol lipase activity / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold / Chem-36J / Zearalenone hydrolase![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zheng, Y.Y. / Xu, Z.X. / Liu, W.D. / Chen, C.C. / Guo, R.T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Enhanced alph-Zearalenol Hydrolyzing Activity of a Mycoestrogen-Detoxifying Lactonase by Structure-Based Engineering 著者: Xu, Z.X. / Liu, W.D. / Chen, C.C. / Li, Q. / Huang, J.W. / Ko, T.P. / Liu, G. / Liu, W. / Peng, W. / Cheng, Y.S. / Chen, Y. / Jin, J. / Li, H. / Zheng, Y.Y. / Guo, R.T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 151 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 119 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 26.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 264 / Label seq-ID: 1 - 264
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28801.643 Da / 分子数: 3 / 変異: S102A,V153H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.96 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 24% PEG 2000 MME, 0.1M Bis-Tris |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年9月24日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.38→25 Å / Num. obs: 42998 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.064 / Χ2: 0.956 / Net I/av σ(I): 27.546 / Net I/σ(I): 11.3 / Num. measured all: 296475 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3XZL 解像度: 2.39→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / SU B: 13.563 / SU ML: 0.162 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.294 / ESU R Free: 0.245 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.666 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.39→25 Å
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拘束条件 |
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