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- PDB-5id5: Solution structure of porcine lactoferricin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5id5
タイトルSolution structure of porcine lactoferricin
要素Lactoferrin
キーワードHYDROLASE / lactoferricin / porcine
機能・相同性
機能・相同性情報


Metal sequestration by antimicrobial proteins / Antimicrobial peptides / negative regulation by host of viral process / membrane destabilizing activity / positive regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / negative regulation of single-species biofilm formation in or on host organism / antifungal humoral response / specific granule / negative regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / positive regulation of chondrocyte proliferation ...Metal sequestration by antimicrobial proteins / Antimicrobial peptides / negative regulation by host of viral process / membrane destabilizing activity / positive regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / negative regulation of single-species biofilm formation in or on host organism / antifungal humoral response / specific granule / negative regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / positive regulation of chondrocyte proliferation / Neutrophil degranulation / regulation of tumor necrosis factor production / bone morphogenesis / negative regulation of viral genome replication / positive regulation of osteoblast proliferation / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of osteoblast differentiation / regulation of cytokine production / ossification / innate immune response in mucosa / protein serine/threonine kinase activator activity / lipopolysaccharide binding / recycling endosome / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / antibacterial humoral response / heparin binding / iron ion transport / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / early endosome / iron ion binding / serine-type endopeptidase activity / cell surface / protein-containing complex / proteolysis / extracellular space / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Lactotransferrin / Transferrin-like domain signature 2. / Transferrin family, iron binding site / Transferrin-like domain signature 1. / Transferrin-like domain signature 3. / Transferrin / Transferrin-like domain / Transferrin / Transferrin-like domain profile. / Transferrin
類似検索 - ドメイン・相同性
Lactotransferrin / Lactotransferrin
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Chan, M.S. / Tse, M.K. / Lo, K.C. / Sze, K.H.
資金援助 香港, 1件
組織認可番号国
RGCN.A. 香港
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Solution structure of porcine lactoferricin
著者: Chan, M.S. / Tse, M.K. / Lo, K.C. / Sze, K.H.
履歴
登録2016年2月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2022年4月27日ID: 5I4G
改定 2.02022年4月27日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: atom_site / database_2 ...atom_site / database_2 / entity / pdbx_database_PDB_obs_spr / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI ..._atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_number_of_molecules / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 2.12023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 2.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lactoferrin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,0411
ポリマ－3,0411
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area2970 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 20structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Lactoferrin


分子量: 3040.595 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 36-60 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: Q8WMN8, UniProt: Q6YT39*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic1Proton 1D
121isotropic12D 1H-1H COSY
131isotropic12D 1H-1H TOCSY
141isotropic12D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 1 mM 1H porcine lactoferricin, trifluoroethanol/water
詳細: 1mM of sample in TFE-membrane mimic environment / Label: 1H_sample / 溶媒系: trifluoroethanol/water
試料濃度: 1 mM / 構成要素: porcine lactoferricin / Isotopic labeling: 1H
試料状態イオン強度: 0 Not defined / Label: 1H_condition / pH: 7.2 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
SparkyGoddardchemical shift assignment
TopSpinBruker Biospin解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
AmberCase, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 3
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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