[日本語] English
万見
- PDB-5id3: Solution structure of the pore-forming region of C. elegans Mitoc... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5id3
タイトルSolution structure of the pore-forming region of C. elegans Mitochondrial Calcium Uniporter (MCU)
要素Mitochondrial Calcium Uniporter
キーワードTRANSPORT PROTEIN / calcium channel / mitochondria / pentamer / N-terminal domain truncation / Structural Genomics / PSI-Biology / Membrane Protein Structures by Solution NMR / MPSbyNMR
機能・相同性
機能・相同性情報


Mitochondrial calcium ion transport / Processing of SMDT1 / : / uniporter activity / mitochondrial calcium ion transmembrane transport / uniplex complex / calcium import into the mitochondrion / mitochondrial calcium ion homeostasis / regulation of wound healing / regulation of reactive oxygen species biosynthetic process ...Mitochondrial calcium ion transport / Processing of SMDT1 / : / uniporter activity / mitochondrial calcium ion transmembrane transport / uniplex complex / calcium import into the mitochondrion / mitochondrial calcium ion homeostasis / regulation of wound healing / regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / calcium channel activity / protein homooligomerization / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Calcium uniporter protein, C-terminal / MCU family / Mitochondrial calcium uniporter
類似検索 - ドメイン・相同性
Calcium uniporter protein, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Oxenoid, K. / Dong, Y. / Cao, C. / Cui, T. / Sancak, Y. / Markhard, A.L. / Grabarek, Z. / Kong, L. / Liu, Z. / Ouyang, B. ...Oxenoid, K. / Dong, Y. / Cao, C. / Cui, T. / Sancak, Y. / Markhard, A.L. / Grabarek, Z. / Kong, L. / Liu, Z. / Ouyang, B. / Cong, Y. / Mootha, V.K. / Chou, J.J. / Membrane Protein Structures by Solution NMR (MPSbyNMR)
資金援助 米国, 中国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM094608 米国
CASXDB08030301 中国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Architecture of the mitochondrial calcium uniporter.
著者: Oxenoid, K. / Dong, Y. / Cao, C. / Cui, T. / Sancak, Y. / Markhard, A.L. / Grabarek, Z. / Kong, L. / Liu, Z. / Ouyang, B. / Cong, Y. / Mootha, V.K. / Chou, J.J.
履歴
登録2016年2月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月18日Group: Database references
改定 1.22016年5月25日Group: Database references
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / entity / pdbx_audit_support
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity.pdbx_number_of_molecules / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.52023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.62024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Mitochondrial Calcium Uniporter
B: Mitochondrial Calcium Uniporter
C: Mitochondrial Calcium Uniporter
D: Mitochondrial Calcium Uniporter
E: Mitochondrial Calcium Uniporter


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,6365
ポリマ－94,6365
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 150structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: タンパク質
Mitochondrial Calcium Uniporter


分子量: 18927.207 Da / 分子数: 5 / 断片: UNP residues 167-318
変異: C170A, C207A, M215A, M222S, M242V, C255A, M313L, F318E
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: mcu-1, CELE_K02B2.3, K02B2.3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q21121

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic22D 1H-15N TROSY
1142isotropic22D 1H-13C HSQC aliphatic
1153isotropic22D 1H-13C HSQC aliphatic
221isotropic13D tr-HNCA
231isotropic13D tr-HN(CO)CA
241isotropic13D tr-HN(CA)CO
251isotropic13D tr-HNCO
261isotropic13D tr-HN(CA)CB
171isotropic13D 15N-15N HSQC-NOESY-TROSY
182isotropic23D 1H-15N NOESY-TROSY
292isotropic23D 1H-15N NOESY-TROSY
1102isotropic23D 1H-13C Methyl NOESY
2112isotropic23D 1H-13C Methyl NOESY
1123isotropic23D 1H-15N NOESY-TROSY
2133isotropic23D 1H-15N NOESY-TROSY

-
試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
micelle10.8 mM [100% 13C; 100% 15N; 85% 2H] MCU-dNTD, 27 mM Foscholine-14, 20 mM MES, 75 mM NaCl, 2 mM EDTA, 0.3 mM NaN3, 95% H2O/5% D2Otriple-labeled sample95% H2O/5% D2O
micelle20.8 mM [100% 13C; 100% 15N] MCU-dNTD, 27 mM [100% 2H at acyl chain] Foscholine-14, 20 mM MES, 75 mM NaCl, 2 mM EDTA, 0.3 mM NaN3, 95% H2O/5% D2Odouble-labeled sample95% H2O/5% D2O
micelle30.4 mM [100% 15N; 100% 2H] MCU-dNTD, 0.4 mM [15% 13C] MCU-dNTD, 27 mM [100% 2H at acyl chain] Foscholine-14, 20 mM MES, 75 mM NaCl, 2 mM EDTA, 0.3 mM NaN3, 95% H2O/5% D2Omixed labeled sample95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.8 mMMCU-dNTD[100% 13C; 100% 15N; 85% 2H]1
27 mMFoscholine-14natural abundance1
20 mMMESnatural abundance1
75 mMNaClnatural abundance1
2 mMEDTAnatural abundance1
0.3 mMNaN3natural abundance1
0.8 mMMCU-dNTD[100% 13C; 100% 15N]2
27 mMFoscholine-14[100% 2H at acyl chain]2
20 mMMESnatural abundance2
75 mMNaClnatural abundance2
2 mMEDTAnatural abundance2
0.3 mMNaN3natural abundance2
0.4 mMMCU-dNTD-1[100% 15N; 100% 2H]3
0.4 mMMCU-dNTD-2[15% 13C]3
27 mMFoscholine-14[100% 2H at acyl chain]3
20 mMMESnatural abundance3
75 mMNaClnatural abundance3
2 mMEDTAnatural abundance3
0.3 mMNaN3natural abundance3
試料状態

イオン強度: 100 mM / Ionic strength err: 10 / pH: 6.5 / PH err: 0.1 / 圧: 1 atm / Pressure err: 0.01 / Temperature err: 0.2

Conditions-IDLabel温度 (K)
123C23 C
233C33 C

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker AVANCE IIBrukerAVANCE II6001cryogenic probe
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III9002cryogenic probe

-
解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CcpNMRCCPNchemical shift assignment
XEASYBartels et al.chemical shift assignment
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
XPLOR-NIHSchwieters et alstructure calculation
XPLOR-NIH精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 7
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 150 / 登録したコンフォーマーの数: 15

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る