PDB-5ic8: Structure of UTP6

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ic8

タイトル

Structure of UTP6

要素

Putative uncharacterized protein

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / HAT(Half A TPR) repeat / nucleolus / rRNA processing / protein binding

機能・相同性

機能・相同性情報

Pwp2p-containing subcomplex of 90S preribosome / snoRNA binding / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / small-subunit processome
類似検索 - 分子機能

生物種

Chaetomium thermophilum (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 3.3 Å

データ登録者

Zhang, C. / Ye, K.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: Integrative structural analysis of the UTPB complex, an early assembly factor for eukaryotic small ribosomal subunits
著者: Zhang, C. / Sun, Q. / Chen, R. / Chen, X. / Lin, J. / Ye, K.

履歴

登録	2016年2月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年7月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年9月14日	Group: Database references
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ic8.cif.gz	219 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ic8.ent.gz	176.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ic8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ic8_validation.pdf.gz	458.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ic8_full_validation.pdf.gz	476.4 KB	表示
XML形式データ	5ic8_validation.xml.gz	37.8 KB	表示
CIF形式データ	5ic8_validation.cif.gz	52.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ic/5ic8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ic/5ic8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ic7C 5ic9C 5icaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3pyi-d 4m3o-d 1t0j-2 5itg-2 6o5x-d 3qu6-d 4knc-2 4g7w-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Putative uncharacterized protein

B: Putative uncharacterized protein

C: Putative uncharacterized protein

D: Putative uncharacterized protein

149 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Putative uncharacterized protein

登録者が定義した集合体
37.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Putative uncharacterized protein

登録者が定義した集合体
37.3 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Putative uncharacterized protein

登録者が定義した集合体
37.3 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Putative uncharacterized protein

登録者が定義した集合体
37.3 kDa, 1 ポリマー
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5

A: Putative uncharacterized protein

D: Putative uncharacterized protein

ソフトウェアが定義した集合体
74.6 kDa, 2 ポリマー
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6

B: Putative uncharacterized protein

C: Putative uncharacterized protein

ソフトウェアが定義した集合体
74.6 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	91.812, 126.343, 140.811
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Putative uncharacterized protein / U3 small nucleolar RNA-associated protein 6 分子量: 37317.805 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 81-414 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類) 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0020090 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIL / 参照: UniProt: G0S387

#1: タンパク質

Putative uncharacterized protein / U3 small nucleolar RNA-associated protein 6

分子量: 37317.805 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 81-414 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0020090 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIL / 参照: UniProt: G0S387

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.04 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M HEPES sodium, 10% 2-proponal, 20% PEG 4000, 0.05M sodium fluoride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 48200 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.9 % / CC_1/2: 0.771 / R_merge(I) obs: 0.251 / R_sym value: 0.251 / Net I/σ(I): 14.6
反射シェル	解像度: 3.3→3.36 Å / 冗長度: 9 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.8.4_1496	位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 3.3→19.951 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.78
詳細: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I_PLUS/MINUS COLUMNS

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2548	3694	7.8 %
R_work	0.2091	-	-
obs	0.2127	47351	99.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.3→19.951 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8581	0	0	0	8581

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	8784
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.324	11861
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.316	3242
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	1304
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1498

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.3-3.3432	0.309	145	0.2997	1669	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3432-3.3888	0.3564	145	0.2793	1728	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3888-3.437	0.3138	139	0.2645	1660	X-RAY DIFFRACTION	100
3.437-3.488	0.2884	137	0.2595	1662	X-RAY DIFFRACTION	100
3.488-3.5422	0.2742	141	0.24	1683	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5422-3.6	0.266	141	0.2289	1679	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6-3.6617	0.2776	143	0.2325	1695	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6617-3.7278	0.2198	143	0.2206	1660	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7278-3.7991	0.2879	144	0.2201	1689	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7991-3.8761	0.2689	141	0.2221	1650	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8761-3.9597	0.36	144	0.227	1680	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9597-4.0511	0.1993	143	0.218	1707	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0511-4.1515	0.2956	141	0.2033	1661	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1515-4.2627	0.2351	137	0.2081	1676	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2627-4.3868	0.2806	142	0.2058	1719	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3868-4.5268	0.2435	139	0.1856	1672	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5268-4.6866	0.2221	139	0.1998	1673	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6866-4.8717	0.225	140	0.1989	1704	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8717-5.0899	0.2912	144	0.2014	1660	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0899-5.3533	0.2654	146	0.1993	1663	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3533-5.6814	0.2351	138	0.1935	1676	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6814-6.1084	0.2403	146	0.2058	1690	X-RAY DIFFRACTION	100
6.1084-6.7019	0.2715	140	0.229	1680	X-RAY DIFFRACTION	100
6.7019-7.6238	0.2673	144	0.2176	1678	X-RAY DIFFRACTION	100
7.6238-9.4332	0.1884	144	0.1656	1681	X-RAY DIFFRACTION	100
9.4332-19.9511	0.2412	148	0.1853	1662	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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