PDB-5ibo: 1.95A resolution structure of NanoLuc luciferase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ibo

タイトル

1.95A resolution structure of NanoLuc luciferase

要素

Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase catalytic subunit

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Oplophorus bioluminescent protein / NanoLuc luciferase / NLuc / coelenterazine / furimazine / beta-barrel

機能・相同性

Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase / Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase activity / bioluminescence / Calycin / extracellular region / DECANOIC ACID / Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase catalytic subunit

機能・相同性情報

生物種

Oplophorus gracilirostris (甲殻類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Lovell, S. / Mehzabeen, N. / Battaile, K.P. / Wood, M.G. / Encell, L.P. / Wood, K.V.

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: To be determined
著者: Lovell, S. / Mehzabeen, N. / Battaile, K.P. / Wood, M.G. / Encell, L.P. / Wood, K.V.

履歴

登録	2016年2月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年4月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ibo.cif.gz	142.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ibo.ent.gz	112.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ibo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ibo_validation.pdf.gz	449.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ibo_full_validation.pdf.gz	452.3 KB	表示
XML形式データ	5ibo_validation.xml.gz	15.1 KB	表示
CIF形式データ	5ibo_validation.cif.gz	19.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ib/5ibo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ib/5ibo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4dyaC 4dybC 4dynC 4dypC 4dysC 4dytC 6dqcC 6dqdC 6dqeC 6dqfC 7rt0C 7ugbC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3sj1-2 6wl5-3 7mjb-1 6wzx-1 1ewo-d 7mjb-2 1dkh-d 4i33-2 1ue0-1 2zca-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (1) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase catalytic subunit

B: Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase catalytic subunit

ヘテロ分子

39.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase catalytic subunit

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
19.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase catalytic subunit

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
19.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.436, 62.658, 96.835
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase catalytic subunit / 19kOLase 分子量: 19429.164 Da / 分子数: 2 / 断片: Full Length 変異: A4E, Q11R, Q18L, L27V, A33N, K43R, V44I, A54I, F68D, L72Q, M75K, I90V, P115E, Q124K, Y138I, N166R 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Oplophorus gracilirostris (甲殻類) プラスミド: pFN18K(-AIA) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): KRX 参照: UniProt: Q9GV45, Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase
#2: 化合物	ChemComp-DKA / DECANOIC ACID / デカン酸分子量: 172.265 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₀O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.86 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% (w/v) PEG 3350, 200 mM ammonium nitrate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月7日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.95→48.42 Å / Num. obs: 27490 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.2 % / B_iso Wilson estimate: 26.42 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.079 / R_pim(I) all: 0.034 / R_rim(I) all: 0.086 / Net I/σ(I): 17.4 / Num. measured all: 171068 / Scaling rejects: 11

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.95-2	6.1	0.856	1	100
8.94-48.42	5.6	0.02	1	99.2

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.18 Å	48.42 Å
Translation	3.12 Å	48.42 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_2356: ???)	精密化
Aimless	0.1.29	データスケーリング
PHASER	2.5.4	位相決定
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: In-house Selenomethionine Structure

解像度: 1.95→48.417 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.86 / 位相誤差: 24.32 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2499	1325	5.04 %
R_work	0.1883	-	-
obs	0.1913	26285	95.56 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→48.417 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2576	0	24	70	2670

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	2650
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.098	3596
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.681	1528
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	418
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	458

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9501-2.0282	0.3144	121	0.2417	2630	X-RAY DIFFRACTION	92
2.0282-2.1205	0.2747	156	0.2292	2832	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1205-2.2323	0.2318	156	0.2026	2751	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2323-2.3722	0.2327	145	0.199	2482	X-RAY DIFFRACTION	88
2.3722-2.5553	0.2984	134	0.2115	2655	X-RAY DIFFRACTION	92
2.5553-2.8124	0.2865	154	0.2126	2787	X-RAY DIFFRACTION	97
2.8124-3.2193	0.2641	151	0.1977	2880	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2193-4.0557	0.2464	159	0.1689	2902	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0557-48.4324	0.2155	149	0.1649	3041	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0939	0.0547	-0.0012	0.1853	-0.1435	0.116	-0.0657	0.167	0.0934	0.0852	0.0614	-0.0917	-0.0783	-0.0847	-0.0931	0.0798	0.0467	0.0231	0.1692	0.0444	0.1534	55.5359	43.8903	12.8522
2	0.0079	-0.0177	-0.011	0.1681	0.1113	0.0771	-0.0089	0.2669	0.0701	0.0375	0.0941	0.2625	0.0888	-0.0552	0.0605	0.113	0.0113	0.0445	0.2309	0.0514	0.2486	45.6422	34.9159	12.7416
3	0.0235	0.1213	-0.0827	0.6827	-0.2577	0.1431	-0.0845	0.1113	0.2191	0.3046	0.0147	-0.0151	-0.2271	0.0011	-0.0188	0.0351	0.0355	-0.0151	0.2235	0.0484	0.1796	57.4015	48.3443	6.8032
4	0.136	-0.0961	-0.041	0.2125	0.2302	0.3492	-0.0348	0.1099	0.1329	0.1755	-0.0648	0.05	-0.0372	-0.1267	-0.1675	0.5558	0.0798	0.079	0.1217	0.0381	0.2537	45.8823	35.9861	35.2016
5	0.0063	-0.0014	-0.0012	0.0007	-0.0012	0.0018	-0.0025	-0.022	-0.0808	0.0151	0.0063	0.0015	0.0357	-0.0007	-0	0.4325	0.0347	0.048	0.2367	0.0648	0.345	51.8786	50.6462	29.6939
6	0.2457	-0.0474	0.103	0.0919	-0.0878	0.0975	0.0442	-0.0443	0.0983	0.2826	0.0346	0.0761	0.1417	0.0836	0.0062	0.5713	0.0174	0.0037	0.1965	0.0278	0.2052	57.2641	38.1221	38.1341
7	0.0974	-0.0892	0.048	0.144	-0.0596	0.0446	0.1052	-0.1329	0.1495	0.5657	0.0557	0.0249	0.1839	0.0619	0.0772	0.785	0.0325	0.0862	0.0975	-0.0362	0.2703	57.2701	45.874	40.4993
8	0.1026	0.0452	0.0763	0.1644	0.2073	0.4877	0.0245	-0.0124	0.1642	0.6089	0.0994	0.1844	-0.4003	-0.106	0.2562	0.8762	0.1201	0.3509	0.0436	-0.1677	0.0764	42.8188	37.3458	39.6278

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -1 through 50 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 51 through 98 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 99 through 169 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid -1 through 25 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 26 through 40 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 41 through 64 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 65 through 113 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 114 through 169 )

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