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- PDB-5i9d: Crystal structure of designed pentatricopeptide repeat protein dP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5i9d
タイトルCrystal structure of designed pentatricopeptide repeat protein dPPR-U8A2 in complex with its target RNA U8A2
要素
  • RNA (5'-R(*GP*GP*GP*G*UP*UP*UP*UP*AP*AP*UP*UP*UP*UP*CP*CP*CP*C)-3')
  • pentatricopeptide repeat protein dPPR-U8A2
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / RNA binding protein / single-stranded RNA / designer pentatricopeptide repeat protein / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種unidentified (未定義)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.596 Å
データ登録者Shen, C. / Zhang, D. / Guan, Z. / Zou, T. / Yin, P.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Structural basis for specific single-stranded RNA recognition by designer pentatricopeptide repeat proteins.
著者: Shen, C. / Zhang, D. / Guan, Z. / Liu, Y. / Yang, Z. / Yang, Y. / Wang, X. / Wang, Q. / Zhang, Q. / Fan, S. / Zou, T. / Yin, P.
履歴
登録2016年2月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: pentatricopeptide repeat protein dPPR-U8A2
B: RNA (5'-R(*GP*GP*GP*G*UP*UP*UP*UP*AP*AP*UP*UP*UP*UP*CP*CP*CP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,1272
ポリマ－57,1272
非ポリマー00
水73941
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3150 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area19640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.546, 84.904, 95.899
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 pentatricopeptide repeat protein dPPR-U8A2


分子量: 51462.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) unidentified (未定義) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*GP*GP*GP*G*UP*UP*UP*UP*AP*AP*UP*UP*UP*UP*CP*CP*CP*C)-3')


分子量: 5664.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.31 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, Ethyl Acetate,D-(+)-glucose monohydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9784 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9784 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→47.7 Å / Num. obs: 13826 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.6 % / Net I/σ(I): 16.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155)精密化
HKL-3000データ収集
XDSdata processing
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4PJR

4pjr


解像度: 2.596→46.082 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.24 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 704 5.11 %
Rwork0.2669 --
obs0.2683 13769 99.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.596→46.082 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2778 198 0 41 3017
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0153022
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.7894098
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.4421198
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.104504
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008474
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5956-2.7960.30421280.27942541X-RAY DIFFRACTION99
2.796-3.07730.3071410.2812585X-RAY DIFFRACTION100
3.0773-3.52240.36591280.27422586X-RAY DIFFRACTION100
3.5224-4.43730.23381450.23172620X-RAY DIFFRACTION100
4.4373-46.08910.30091620.28412733X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 10.6627 Å / Origin y: -1.1204 Å / Origin z: -28.006 Å
111213212223313233
T0.2657 Å2-0.0021 Å2-0.0158 Å2-0.2478 Å20.0048 Å2--0.3099 Å2
L-0.0736 °2-0.1091 °2-0.0772 °2-0.6476 °20.5238 °2--1.7371 °2
S-0.0243 Å °-0.0347 Å °0.0321 Å °0.0199 Å °0.0416 Å °0.0038 Å °0.0814 Å °-0.2067 Å °-0.0095 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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