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万見
- PDB-5i8u: Crystal Structure of the RV1700 (MT ADPRASE) E142Q mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5i8u
タイトルCrystal Structure of the RV1700 (MT ADPRASE) E142Q mutant
要素ADP-ribose pyrophosphatase
キーワードHYDROLASE / NUDIX / nudix hydrolase / ADP-ribose hydrolase / ADPRase / ADPr hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


ADP-ribose diphosphatase / 8-oxo-dGDP phosphatase / ADP-ribose diphosphatase activity / nucleoside phosphate metabolic process / ribose phosphate metabolic process / 8-oxo-GDP phosphatase activity / 8-oxo-dGDP phosphatase activity / DNA replication / DNA repair / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / NUDIX domain-containing protein / ADP-ribose pyrophosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2 Å
データ登録者Thirawatananond, P. / Kang, L.-W. / Amzel, L.M. / Gabelli, S.B.
引用ジャーナル: J. Bioenerg. Biomembr. / 年: 2016
タイトル: Kinetic and mutational studies of the adenosine diphosphate ribose hydrolase from Mycobacterium tuberculosis.
著者: O'Handley, S.F. / Thirawatananond, P. / Kang, L.W. / Cunningham, J.E. / Leyva, J.A. / Amzel, L.M. / Gabelli, S.B.
履歴
登録2016年2月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月21日Group: Database references
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: ADP-ribose pyrophosphatase
A: ADP-ribose pyrophosphatase
B: ADP-ribose pyrophosphatase
C: ADP-ribose pyrophosphatase
D: ADP-ribose pyrophosphatase
E: ADP-ribose pyrophosphatase
F: ADP-ribose pyrophosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,97115
ポリマ－160,4397
非ポリマー5328
水10,935607
1
G: ADP-ribose pyrophosphatase
ヘテロ分子

G: ADP-ribose pyrophosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,0324
ポリマ－45,8402
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area5650 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area16190 Å2
手法PISA
2
A: ADP-ribose pyrophosphatase
B: ADP-ribose pyrophosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,0885
ポリマ－45,8402
非ポリマー2483
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5670 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area17140 Å2
手法PISA
3
C: ADP-ribose pyrophosphatase
D: ADP-ribose pyrophosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,0286
ポリマ－45,8402
非ポリマー1884
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6130 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area16700 Å2
手法PISA
4
E: ADP-ribose pyrophosphatase
F: ADP-ribose pyrophosphatase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,8402
ポリマ－45,8402
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5260 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area16170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)152.768, 124.844, 142.959
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.500, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

-
タンパク質 , 1種, 7分子 GABCDEF

#1: タンパク質
ADP-ribose pyrophosphatase / Nudix hydrolase


分子量: 22919.861 Da / 分子数: 7 / 変異: E142Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: TBPG_001531 / プラスミド: pET11b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BLR(DE3)
参照: UniProt: A0A045KHE5, UniProt: I6X235*PLUS, ADP-ribose diphosphatase

-
非ポリマー , 5種, 615分子

#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 607 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.73 %
結晶化手法: 蒸気拡散法 / 詳細: sodium formate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.502 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年11月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.502 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→141.42 Å / Num. obs: 159897 / % possible obs: 88.3 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Χ2: 0.729 / Net I/av σ(I): 10.734 / Net I/σ(I): 6.2 / Num. measured all: 510316
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.99-2.061.80.917101480.54556.2
2.06-2.142.20.903136710.53675.7
2.14-2.242.40.795143810.54479.6
2.24-2.362.70.722147140.67681.7
2.36-2.5130.603165900.6191.9
2.51-2.73.60.412179030.60299.1
2.7-2.973.70.216180820.60799.6
2.97-3.43.80.093180590.65399.8
3.4-4.293.80.051181300.93199.9
4.29-503.80.035182191.199.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 1MK1

1mk1


解像度: 2→141.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / WRfactor Rfree: 0.2577 / WRfactor Rwork: 0.2217 / FOM work R set: 0.7137 / SU B: 15.747 / SU ML: 0.165 / SU R Cruickshank DPI: 0.155 / SU Rfree: 0.1504 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.155 / ESU R Free: 0.15 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2577 7975 5.1 %RANDOM
Rwork0.2217 ---
obs0.2235 149859 88.19 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 211.97 Å2 / Biso mean: 64.41 Å2 / Biso min: 12.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.6 Å20 Å2-1.6 Å2
2--1.12 Å20 Å2
3----2.15 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→141.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10713 0 30 607 11350
Biso mean--94.32 56.84 -
残基数----1378
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.01910969
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0451.94814937
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.03851366
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.85122.069522
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.708151684
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.37415135
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1430.21677
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0218511
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.0814.4055500
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.0256.5726854
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3294.6715469
LS精密化 シェル解像度: 1.999→2.051 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.39 402 -
Rwork0.38 6738 -
all-7140 -
obs--53.9 %
精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 0 Å / Origin y: 0 Å / Origin z: 0 Å / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)
10.04880.17860.13190.68790.40680.82050.0891-0.0316-0.02460.2746-0.0962-0.12430.3823-0.04710.00710.1977-0.0442-0.00450.04740.02090.1511
20.66110.42170.85220.30520.61281.29920.55640.0392-0.4220.4155-0.0151-0.27260.84770.0202-0.54140.5912-0.0506-0.32970.1161-0.05640.3168
30.32040.23490.30010.37510.18991.04170.07810.1268-0.1721-0.00180.1108-0.03460.5493-0.0681-0.18890.3287-0.0957-0.07120.1813-0.14560.2241
40.16080.01570.18670.13470.36751.34060.12640.0658-0.09450.1766-0.1110.01230.607-0.157-0.01540.3051-0.0843-0.04290.1766-0.01520.1199
51.43130.16851.13460.23380.27751.50970.39210.5863-0.58320.19070.047-0.07710.74650.4404-0.43910.44830.1145-0.15460.2697-0.22960.2417
62.54321.13980.06020.86760.05130.3039-0.19460.2371-1.4522-0.37350.2737-0.73520.1855-0.1613-0.07910.3905-0.27650.15160.2061-0.15160.8543
70.85720.75310.16830.85710.07580.0877-0.03730.0627-0.3297-0.19890.122-0.25950.02770.0249-0.08470.1676-0.0928-0.00740.0759-0.02720.1495
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1G5 - 206
2X-RAY DIFFRACTION2A5 - 207
3X-RAY DIFFRACTION3B6 - 207
4X-RAY DIFFRACTION4C5 - 207
5X-RAY DIFFRACTION5D5 - 207
6X-RAY DIFFRACTION6E6 - 206
7X-RAY DIFFRACTION7F6 - 206

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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