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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5i8u | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the RV1700 (MT ADPRASE) E142Q mutant | ||||||
![]() | ADP-ribose pyrophosphatase | ||||||
![]() | HYDROLASE / NUDIX / nudix hydrolase / ADP-ribose hydrolase / ADPRase / ADPr hydrolase | ||||||
機能・相同性 | ![]() ADP-ribose diphosphatase / 8-oxo-dGDP phosphatase / ADP-ribose diphosphatase activity / nucleoside phosphate metabolic process / ribose phosphate metabolic process / 8-oxo-GDP phosphatase activity / 8-oxo-dGDP phosphatase activity / DNA replication / DNA repair / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Thirawatananond, P. / Kang, L.-W. / Amzel, L.M. / Gabelli, S.B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Kinetic and mutational studies of the adenosine diphosphate ribose hydrolase from Mycobacterium tuberculosis. 著者: O'Handley, S.F. / Thirawatananond, P. / Kang, L.W. / Cunningham, J.E. / Leyva, J.A. / Amzel, L.M. / Gabelli, S.B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 567.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 472.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1mk1S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 7分子 GABCDEF
#1: タンパク質 | 分子量: 22919.861 Da / 分子数: 7 / 変異: E142Q / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: TBPG_001531 / プラスミド: pET11b / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A045KHE5, UniProt: I6X235*PLUS, ADP-ribose diphosphatase |
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-非ポリマー , 5種, 615分子 ![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/FMT.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/FMT.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-PEG / | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.73 % |
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: sodium formate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年11月19日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.502 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.99→141.42 Å / Num. obs: 159897 / % possible obs: 88.3 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Χ2: 0.729 / Net I/av σ(I): 10.734 / Net I/σ(I): 6.2 / Num. measured all: 510316 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1MK1 解像度: 2→141.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / WRfactor Rfree: 0.2577 / WRfactor Rwork: 0.2217 / FOM work R set: 0.7137 / SU B: 15.747 / SU ML: 0.165 / SU R Cruickshank DPI: 0.155 / SU Rfree: 0.1504 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.155 / ESU R Free: 0.15 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 211.97 Å2 / Biso mean: 64.41 Å2 / Biso min: 12.95 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2→141.42 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.999→2.051 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 0 Å / Origin y: 0 Å / Origin z: 0 Å / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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