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- PDB-5i7m: Crystal structure of Y345F mutant of human primase p58 iron-sulfu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5i7m
タイトルCrystal structure of Y345F mutant of human primase p58 iron-sulfur cluster domain
要素DNA primase large subunit
キーワードREPLICATION / DNA replication / primase / [4Fe-4S] / p58C
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of DNA primase activity / DNA replication initiation / DNA/RNA hybrid binding / Telomere C-strand synthesis initiation / Inhibition of replication initiation of damaged DNA by RB1/E2F1 / Polymerase switching / alpha DNA polymerase:primase complex / Processive synthesis on the lagging strand / Removal of the Flap Intermediate / Polymerase switching on the C-strand of the telomere ...positive regulation of DNA primase activity / DNA replication initiation / DNA/RNA hybrid binding / Telomere C-strand synthesis initiation / Inhibition of replication initiation of damaged DNA by RB1/E2F1 / Polymerase switching / alpha DNA polymerase:primase complex / Processive synthesis on the lagging strand / Removal of the Flap Intermediate / Polymerase switching on the C-strand of the telomere / primosome complex / DNA replication, synthesis of primer / DNA replication initiation / Activation of the pre-replicative complex / Defective pyroptosis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / DNA binding / nucleoplasm / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DNA primase, large subunit, eukaryotic / DNA primase large subunit, eukaryotic/archaeal / Eukaryotic and archaeal DNA primase, large subunit
類似検索 - ドメイン・相同性
IRON/SULFUR CLUSTER / DNA primase large subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Salay, L.E. / Thompson, M.K. / Chazin, W.J.
資金援助 米国, 7件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM61077 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM120087 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM65484 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118089 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM07616 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM08230 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA009582 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2017
タイトル: The [4Fe4S] cluster of human DNA primase functions as a redox switch using DNA charge transport.
著者: O'Brien, E. / Holt, M.E. / Thompson, M.K. / Salay, L.E. / Ehlinger, A.C. / Chazin, W.J. / Barton, J.K.
履歴
登録2016年2月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月8日Group: Database references
改定 1.22017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA primase large subunit
B: DNA primase large subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,2195
ポリマ－43,4202
非ポリマー7993
水1,856103
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2380 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area16940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.963, 52.624, 89.195
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 115.270, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 DNA primase large subunit / Primase regulatory subunit / DNA primase 58 kDa subunit / p58


分子量: 21709.867 Da / 分子数: 2 / 断片: iron-sulfur cluster domain (UNP residues 272-457) / 変異: Y345F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRIM2, PRIM2A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P49643, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.3 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 75 mg/mL p58C Y345F in 20 mM MES, pH 6.5, 50 mM sodium chloride, reservoir solution: 100 mM Tris, pH 8.5, 150 mM lithium sulfate, 18% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月6日
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→80.66 Å / Num. obs: 34870 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rpim(I) all: 0.048 / Rrim(I) all: 0.099 / Χ2: 1.475 / Net I/av σ(I): 18.692 / Net I/σ(I): 6.9 / Num. measured all: 144740
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.93-1.9640.58417600.8860.3330.6750.85999.8
1.96-24.10.44817070.8950.2510.5150.71599.9
2-2.044.10.39117510.9240.2180.4490.772100
2.04-2.084.10.41316900.7490.240.481.26199.8
2.08-2.124.20.31317420.9580.1740.3590.812100
2.12-2.174.20.26317440.970.1450.3010.836100
2.17-2.234.20.2317200.9710.1260.2630.906100
2.23-2.2940.30617550.790.1790.3551.52899.5
2.29-2.364.20.18517210.9780.1020.2121.021100
2.36-2.434.20.16717210.980.0910.1911.067100
2.43-2.524.20.15817400.9780.0860.181.075100
2.52-2.624.20.1317560.9850.0710.1481.162100
2.62-2.744.20.12717250.9870.0690.1451.39199.9
2.74-2.884.20.117490.9880.0550.1141.254100
2.88-3.064.20.08217420.9920.0450.0941.479100
3.06-3.34.20.07117520.9940.0390.0811.681100
3.3-3.634.20.06317370.9950.0350.0721.86100
3.63-4.164.10.05417560.9940.030.0622.09999.7
4.16-5.244.10.04217810.9960.0240.0482.001100
5.24-503.90.04618210.9950.0270.0545.79699.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation1.93 Å49.7 Å
Translation6.45 Å49.7 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PHASER2.5.7位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3L9Q

3l9q


解像度: 1.93→80.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 0.003 / SU ML: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.12 / ESU R Free: 0.142 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2498 1764 5.1 %RANDOM
Rwork0.2111 ---
obs0.2131 33095 99.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 69.72 Å2 / Biso mean: 29.392 Å2 / Biso min: 14.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.51 Å20 Å2-1.56 Å2
2--5.31 Å2-0 Å2
3----1.6 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.93→80.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2623 0 21 104 2748
Biso mean--25.7 27.27 -
残基数----329
LS精密化 シェル解像度: 1.93→1.98 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.355 125 -
Rwork0.313 2394 -
all-2519 -
obs--98.28 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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