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- PDB-5i7k: Crystal Structure of Human SPLUNC1 Dolphin Mutant D1 (G58A, S61A,... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5i7k
タイトルCrystal Structure of Human SPLUNC1 Dolphin Mutant D1 (G58A, S61A, G62E, G63D, G66D, I67T)
要素BPI fold-containing family A member 1
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / Surfactant / Antimicrobial / Airway
機能・相同性
機能・相同性情報


immune response in nasopharyngeal-associated lymphoid tissue / regulation of sodium ion transmembrane transport / negative regulation of single-species biofilm formation in or on host organism / multicellular organismal-level water homeostasis / surfactant homeostasis / Antimicrobial peptides / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / antibacterial humoral response / defense response to virus / innate immune response ...immune response in nasopharyngeal-associated lymphoid tissue / regulation of sodium ion transmembrane transport / negative regulation of single-species biofilm formation in or on host organism / multicellular organismal-level water homeostasis / surfactant homeostasis / Antimicrobial peptides / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / antibacterial humoral response / defense response to virus / innate immune response / lipid binding / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Bactericidal permeability-increasing protein; domain 1 / Lipid-binding serum glycoprotein, N-terminal / Bactericidal permeability-increasing protein, alpha/beta domain superfamily / LBP / BPI / CETP family, N-terminal domain / Bactericidal permeability-increasing protein; domain 1 / Super Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BPI fold-containing family A member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.552 Å
データ登録者Walton, W.G. / Redinbo, M.R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)R01 HL108927 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Structural Features Essential to the Antimicrobial Functions of Human SPLUNC1.
著者: Walton, W.G. / Ahmad, S. / Little, M.S. / Kim, C.S. / Tyrrell, J. / Lin, Q. / Di, Y.P. / Tarran, R. / Redinbo, M.R.
履歴
登録2016年2月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月8日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BPI fold-containing family A member 1
B: BPI fold-containing family A member 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,2672
ポリマ－50,2672
非ポリマー00
水59433
1
A: BPI fold-containing family A member 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1331
ポリマ－25,1331
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: BPI fold-containing family A member 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1331
ポリマ－25,1331
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2550 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area20520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.027, 204.927, 118.652
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 BPI fold-containing family A member 1 / Lung-specific protein X / Nasopharyngeal carcinoma-related protein / Palate lung and nasal ...Lung-specific protein X / Nasopharyngeal carcinoma-related protein / Palate lung and nasal epithelium clone protein / Secretory protein in upper respiratory tracts / Short PLUNC1 / SPLUNC1 / Tracheal epithelium-enriched protein / Von Ebner protein Hl


分子量: 25133.432 Da / 分子数: 2 / 変異: G58A, S61A, G62E, G63D, G66D, I67T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: BPIFA1, LUNX, NASG, PLUNC, SPLUNC1, SPURT, UNQ787/PRO1606
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NP55
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.64 %
結晶化温度: 310 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 6M Ammonium Nitrate, and 0.1M Tris HCL pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.552→29.6 Å / Num. obs: 19300 / % possible obs: 98.65 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 54.92 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.05676 / Rsym value: 0.045 / Net I/σ(I): 13.8
反射 シェル解像度: 2.552→2.644 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.6574 / Mean I/σ(I) obs: 2.11 / % possible all: 89.42

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4KGH

4kgh


解像度: 2.552→29.6 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 31.97
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2744 1820 10.01 %
Rwork0.2122 --
obs0.2184 18174 92.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.552→29.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3005 0 0 33 3038
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093040
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5044147
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.8971130
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052554
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007520
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5524-2.62140.4023990.3294926X-RAY DIFFRACTION70
2.6214-2.69840.40421240.30171123X-RAY DIFFRACTION83
2.6984-2.78550.33551300.28671138X-RAY DIFFRACTION86
2.7855-2.8850.38381350.27761165X-RAY DIFFRACTION89
2.885-3.00040.34991370.28791251X-RAY DIFFRACTION93
3.0004-3.13680.33451370.27561284X-RAY DIFFRACTION96
3.1368-3.30190.30961470.26081298X-RAY DIFFRACTION97
3.3019-3.50850.29761490.22761320X-RAY DIFFRACTION98
3.5085-3.77890.29921480.22721330X-RAY DIFFRACTION99
3.7789-4.15830.27131480.1931341X-RAY DIFFRACTION99
4.1583-4.75780.20371520.16061362X-RAY DIFFRACTION99
4.7578-5.98620.26941540.20071379X-RAY DIFFRACTION99
5.9862-29.60170.22771600.17591437X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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