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- PDB-5i78: Crystal structure of a beta-1,4-endoglucanase from Aspergillus niger -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5i78
タイトルCrystal structure of a beta-1,4-endoglucanase from Aspergillus niger
要素Endo-beta-1, 4-glucanase
キーワードHYDROLASE / substrate binding / endoglucanase
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulase / cellulase activity / cellulose catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / cellulase / Endo-beta-1,4-glucanase B
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus niger (黒麹菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.58 Å
データ登録者Liu, W.D. / Yan, J.J. / Li, Y.J. / Zheng, Y.Y. / Chen, C.C. / Guo, R.T.
引用ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2016
タイトル: Functional and structural analysis of Pichia pastoris-expressed Aspergillus niger 1,4-beta-endoglucanase
著者: Yan, J. / Liu, W. / Li, Y. / Lai, H.L. / Zheng, Y. / Huang, J.W. / Chen, C.C. / Chen, Y. / Jin, J. / Li, H. / Guo, R.T.
履歴
登録2016年2月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endo-beta-1, 4-glucanase
B: Endo-beta-1, 4-glucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,10716
ポリマ－68,0512
非ポリマー2,05614
水10,647591
1
A: Endo-beta-1, 4-glucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7387
ポリマ－34,0251
非ポリマー7136
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Endo-beta-1, 4-glucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3699
ポリマ－34,0251
非ポリマー1,3438
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)161.273, 50.822, 75.310
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.080, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Endo-beta-1, 4-glucanase


分子量: 34025.273 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 31-331 / 変異: E267A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus niger (黒麹菌) / 遺伝子: eg1 / プラスミド: pPICZaA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): P. Pastoris X33 / 参照: UniProt: A0A023UH08, UniProt: O74706*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 591 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.19 % / Mosaicity: 0.385 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG600, Ca(OAC)2, cacodylate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13C1 / 波長: 0.97622 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月22日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97622 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.58→25 Å / Num. obs: 82837 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.072 / Χ2: 1.656 / Net I/av σ(I): 22.883 / Net I/σ(I): 20.4 / Num. measured all: 285183
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.58-1.643.50.323199.9
1.64-1.73.50.2561100
1.7-1.783.60.194199.9
1.78-1.873.50.147199.9
1.87-1.993.50.108199.8
1.99-2.143.40.082199.8
2.14-2.363.40.064199.6
2.36-2.73.40.052199.4
2.7-3.43.30.042199.1
3.401-253.30.033198.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1GZJ

1gzj


解像度: 1.58→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 1.235 / SU ML: 0.045 / SU R Cruickshank DPI: 0.072 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.072 / ESU R Free: 0.075
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1749 4044 4.9 %RANDOM
Rwork0.143 ---
obs0.1446 78792 99.34 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 74.29 Å2 / Biso mean: 14.522 Å2 / Biso min: 2.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.3 Å20 Å2-0.23 Å2
2--0.31 Å20 Å2
3----0.56 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.58→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4796 0 129 591 5516
Biso mean--30.88 27.69 -
残基数----610
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.025052
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.024425
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1791.9366854
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0793.00710179
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6625608
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.65425.476252
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.45615738
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.3071512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1440.2716
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.025798
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021190
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5721.1682438
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5431.1662437
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2841.7513044
LS精密化 シェル解像度: 1.581→1.622 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.196 271 -
Rwork0.161 5687 -
all-5958 -
obs--96.91 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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