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- PDB-5i6r: Crystal Structure of srGAP2 F-BARx WT Form-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5i6r
タイトルCrystal Structure of srGAP2 F-BARx WT Form-1
要素SLIT-ROBO Rho GTPase-activating protein 2
キーワードSIGNALING PROTEIN / srGAP2 / F-BAR / CAKUT / C280Y
機能・相同性
機能・相同性情報


lamellipodium assembly involved in ameboidal cell migration / extension of a leading process involved in cell motility in cerebral cortex radial glia guided migration / excitatory synapse assembly / negative regulation of neuron migration / Inactivation of CDC42 and RAC1 / dendritic spine development / inhibitory synapse assembly / actin filament severing / filopodium assembly / RHOF GTPase cycle ...lamellipodium assembly involved in ameboidal cell migration / extension of a leading process involved in cell motility in cerebral cortex radial glia guided migration / excitatory synapse assembly / negative regulation of neuron migration / Inactivation of CDC42 and RAC1 / dendritic spine development / inhibitory synapse assembly / actin filament severing / filopodium assembly / RHOF GTPase cycle / regulation of small GTPase mediated signal transduction / dendritic spine head / RHOQ GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / RHOU GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / RAC1 GTPase cycle / phagocytic vesicle / negative regulation of cell migration / substrate adhesion-dependent cell spreading / GTPase activator activity / neuron projection morphogenesis / positive regulation of GTPase activity / RHO GTPases Activate Formins / small GTPase binding / lamellipodium / postsynaptic membrane / postsynaptic density / signal transduction / protein homodimerization activity / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
srGAP1/2/3, SH3 domain / Fes/CIP4, and EFC/F-BAR homology domain / Fes/CIP4 homology domain / FCH domain / F-BAR domain / F-BAR domain profile. / AH/BAR domain superfamily / Rho GTPase-activating protein domain / RhoGAP domain / Rho GTPase-activating proteins domain profile. ...srGAP1/2/3, SH3 domain / Fes/CIP4, and EFC/F-BAR homology domain / Fes/CIP4 homology domain / FCH domain / F-BAR domain / F-BAR domain profile. / AH/BAR domain superfamily / Rho GTPase-activating protein domain / RhoGAP domain / Rho GTPase-activating proteins domain profile. / GTPase-activator protein for Rho-like GTPases / Rho GTPase activation protein / SH3 domain / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / D-MALATE / TRIETHYLENE GLYCOL / SLIT-ROBO Rho GTPase-activating protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Sporny, M. / Guez-Haddad, J. / Isupov, M.N. / Opatowsky, Y.
資金援助 イスラエル, 2件
組織認可番号国
ISF182/10 and 1425/15 イスラエル
BSF2013310 イスラエル
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural Basis for srGAP2 Membrane Interactions, and Antagonism by the Human Specific Paralog srGAP2C
著者: Sporny, M. / Guez-Haddad, J. / Isupov, M.N. / Opatowsky, Y.
履歴
登録2016年2月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SLIT-ROBO Rho GTPase-activating protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,0185
ポリマ－56,6151
非ポリマー4024
水4,540252
1
A: SLIT-ROBO Rho GTPase-activating protein 2
ヘテロ分子

A: SLIT-ROBO Rho GTPase-activating protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,03510
ポリマ－113,2312
非ポリマー8058
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area19810 Å2
ΔGint-111 kcal/mol
Surface area43280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.300, 29.760, 94.630
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.99, 90.00
Int Tables number3
Space group name H-MP121

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要素

#1: タンパク質 SLIT-ROBO Rho GTPase-activating protein 2 / srGAP2 / Formin-binding protein 2 / Rho GTPase-activating protein 34


分子量: 56615.262 Da / 分子数: 1 / 変異: C280Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SRGAP2, ARHGAP34, FNBP2, KIAA0456, SRGAP2A / プラスミド: pHis Parallel / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O75044
#2: 化合物 ChemComp-MLT / D-MALATE / (2R)-2-HYDROXYBUTANEDIOIC ACID / 2-HYDROXY-SUCCINIC ACID / D-りんご酸


分子量: 134.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O5
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 252 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: F-BARx-C280Y was eluted in 25 mM phosphate buffer pH 8, 120 mM NaCl, 1 mM DTT, concentrated to 12 mg/ml, and crystallized in 5% v/v Tacsimate pH=5.5, 12% w/v PEG 3350.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→94.5 Å / Num. obs: 28948 / % possible obs: 99.42 % / 冗長度: 3.8 % / Net I/σ(I): 11.12

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.15→94.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.255 / ESU R Free: 0.215
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26013 1320 4.6 %RANDOM
Rwork0.20299 ---
obs0.20562 27627 99.39 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 43.881 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.53 Å20 Å2-1.95 Å2
2--0.56 Å20 Å2
3---2.16 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.15→94.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3437 0 27 252 3716
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0193755
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2861.9755072
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.6395485
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.63125.502209
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.71615798
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5271527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2555
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022835
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1274.1831746
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.4236.2322191
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.854.4392008
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.45838.54715455
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.361 92 -
Rwork0.316 1967 -
obs--99.37 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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