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- PDB-5i5p: Crystal structure of a marine metagenome TRAP solute binding prot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5i5p
タイトルCrystal structure of a marine metagenome TRAP solute binding protein specific for aromatic acid ligands (Sorcerer II Global Ocean Sampling Expedition, unidentified microbe, locus tag GOS_1523157) in complex with co-purified 4-hydroxybenzoate
要素TRAP TRANSPORTER SOLUTE BINDING PROTEIN
キーワードTRANSPORT PROTEIN
機能・相同性Bacterial extracellular solute-binding protein, family 7 / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / BROMIDE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / P-HYDROXYBENZOIC ACID
機能・相同性情報
生物種uncultured marine bacterium (環境試料)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Hogle, S.L. / Dupont, C.L. / Almo, S.C.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a marine metagenome TRAP solute binding protein specific for aromatic acid ligands (Sorcerer II Global Ocean Sampling Expedition, unidentified microbe, locus tag ...タイトル: Crystal structure of a marine metagenome TRAP solute binding protein specific for aromatic acid ligands (Sorcerer II Global Ocean Sampling Expedition, unidentified microbe, locus tag GOS_1523157) in complex with co-purified 4-hydroxybenzoate
著者: Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Hogle, S.L. / Dupont, C.L. / Almo, S.C.
履歴
登録2016年2月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRAP TRANSPORTER SOLUTE BINDING PROTEIN
B: TRAP TRANSPORTER SOLUTE BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,49514
ポリマ－75,3142
非ポリマー1,18012
水13,493749
1
A: TRAP TRANSPORTER SOLUTE BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1416
ポリマ－37,6571
非ポリマー4845
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: TRAP TRANSPORTER SOLUTE BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3538
ポリマ－37,6571
非ポリマー6967
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.305, 82.492, 76.577
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.590, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 TRAP TRANSPORTER SOLUTE BINDING PROTEIN


分子量: 37657.195 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) uncultured marine bacterium (環境試料)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): T7 Express
#2: 化合物 ChemComp-PHB / P-HYDROXYBENZOIC ACID / 4-ヒドロキシ安息香酸


分子量: 138.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O3
#3: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物
ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 749 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.94 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.15 M potassium Bromide, 30 %(w/v) PEG MME 2000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.547 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月1日 / 詳細: VariMax HF Arc Sec optics
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.547 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.599→100 Å / Num. obs: 70021 / % possible obs: 93.2 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 13.37 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/av σ(I): 25.19 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.6-1.633.80.333183.4
1.63-1.664.10.286185.2
1.66-1.694.10.271186.1
1.69-1.724.30.232186.9
1.72-1.764.40.2187.7
1.76-1.84.60.18187.7
1.8-1.854.70.166189
1.85-1.94.80.145189
1.9-1.9550.123190.5
1.95-2.025.10.109192.2
2.02-2.095.40.096193.4
2.09-2.175.70.091195.4
2.17-2.276.40.099198.2
2.27-2.397.70.102199.9
2.39-2.549.40.097199.9
2.54-2.7410.60.092199.9
2.74-3.0112.10.0841100
3.01-3.4514.20.0851100
3.45-4.3414.40.0741100
4.34-10012.70.075199.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データスケーリング
PHENIX(1.10.1_2155)精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-3000データ削減
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 5I7I

5i7i


解像度: 1.6→36.221 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.17
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1809 3534 5.06 %
Rwork0.1442 --
obs0.1461 69798 92.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 121.11 Å2 / Biso mean: 17.689 Å2 / Biso min: 1.86 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→36.221 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4842 0 104 749 5695
Biso mean--23.21 26.86 -
残基数----639
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0115056
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1166844
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06760
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009877
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2163065
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 25

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.599-1.62090.20441100.19492265237581
1.6209-1.6440.23331120.17212469258185
1.644-1.66860.21451580.16022381253985
1.6686-1.69460.18821240.15792447257186
1.6946-1.72240.19981580.15362490264887
1.7224-1.75210.19481370.14792455259287
1.7521-1.7840.21111220.15392533265588
1.784-1.81830.17911220.15542498262088
1.8183-1.85540.20741170.16062572268989
1.8554-1.89570.19711250.16892528265389
1.8957-1.93980.20631430.15372580272390
1.9398-1.98830.19941400.15492557269791
1.9883-2.04210.20091330.15432670280393
2.0421-2.10220.18651310.13992701283294
2.1022-2.170.17211480.13732715286396
2.17-2.24760.1691410.1242790293198
2.2476-2.33760.16551520.127328392991100
2.3376-2.44390.16371600.134628803040100
2.4439-2.57270.18071450.139828452990100
2.5727-2.73390.20481760.14732814299099
2.7339-2.94490.18381410.14432807294898
2.9449-3.24110.17221680.14612781294999
3.2411-3.70960.1721500.141328763026100
3.7096-4.67220.14291550.126928843039100
4.6722-36.22990.19421660.15372887305399

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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