PDB-5i2l: Structure of EF-hand containing protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5i2l

タイトル

Structure of EF-hand containing protein

要素

EF-hand domain-containing protein D2

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / Calcium binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

RHOD GTPase cycle / cadherin binding / membrane raft / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Park, K.R. / Kwon, M.S. / An, J.Y. / Lee, J.G. / Youn, H.S. / Lee, Y. / Kang, J.Y. / Kim, T.G. / Lim, J.J. / Park, J.S. ...

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Structural implications of Ca(2+)-dependent actin-bundling function of human EFhd2/Swiprosin-1.
著者: Park, K.R. / Kwon, M.S. / An, J.Y. / Lee, J.G. / Youn, H.S. / Lee, Y. / Kang, J.Y. / Kim, T.G. / Lim, J.J. / Park, J.S. / Lee, S.H. / Song, W.K. / Cheong, H.K. / Jun, C.D. / Eom, S.H.

履歴

登録	2016年2月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年12月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5i2l.cif.gz	60.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5i2l.ent.gz	42.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5i2l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i2/5i2l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i2/5i2l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5i2oC 5i2qC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5i2q-d 5tqs-1 3wgd-7 1f2k-1 3ktf-2 2h71-2 6q0m-2 2iyn-1 4roj-3 4qsy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: EF-hand domain-containing protein D2

ヘテロ分子

13.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.325, 50.670, 53.381
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	EF-hand domain-containing protein D2 / Swiprosin-1 分子量: 13709.742 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 70-184 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EFHD2, SWS1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q96C19
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 33.19 % / 解説: Rod shape
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 詳細: 23% PEG 4000, 0.16M Na-acetate, 3% dioxane, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 95 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト: PAL/PLS

/ ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9796, 0.9793, 0.9716, 0.9873,1.0000

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月3日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9796	1
2	0.9793	1
3	0.9716	1
4	0.9873	1
5	1	1

反射

解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 8999 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 9.4 % / R_merge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 13.1

反射シェル

解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 9.7 % / R_merge(I) obs: 0.412 / Mean I/σ(I) obs: 9.9 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.7.2_869	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		data processing
PHENIX	1.7.2_869	位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.85→36.75 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.66

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2068	432	4.79 %
R_work	0.162	-	-
obs	0.1667	8598	99.22 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / B_sol: 41.781 Å² / k_sol: 0.358 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.8923 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.0162 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.8762 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→36.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	854	0	2	114	970

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	870
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.15	1159
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.034	339
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.09	124
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	150

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8489-2.1164	0.2072	139	0.1677	2778	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1164-2.6664	0.2306	146	0.1619	2843	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6664-36.7574	0.195	147	0.1651	2975	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.179	0.0531	-0.1688	0.0331	-0.0352	0.3549	0.0122	-0.2734	0.0777	0.0392	0.3881	-0.5405	0.0268	0.2548	0.0141	0.2031	0.0699	-0.0258	0.1628	-0.0158	0.3529	-15.88	16.1109	-6.3151
2	0.3049	0.0224	0.2206	0.8203	-0.0483	0.4167	-0.0542	-0.0428	0.102	-0.0212	0.0179	0.2378	0.0233	-0.2418	-0.0856	0.0536	0.0247	-0.0123	0.0899	0.0214	0.1058	-21.5172	6.3236	-2.7948
3	0.1054	-0.0424	0.0941	0.2032	0.0253	0.4001	-0.0566	-0.2764	-0.1092	0.3212	0.1545	-0.0985	0.5036	-0.618	0.0799	0.159	-0.0385	-0.002	0.0902	0.0385	0.1416	-18.8083	-8.0229	3.5764
4	0.0669	0.1307	0.0471	0.4532	-0.0074	0.0037	-0.1984	-0.1616	-0.2724	-0.3136	0.1315	-0.3618	0.2765	0.2116	0.0071	0.1233	0.0173	-0.0105	0.1128	0.0194	0.1565	-8.0398	-4.8815	2.9365
5	0.0372	-0.0272	0.0278	0.7404	-0.0343	0.0032	0.0179	0.051	0.0727	0.2088	-0.0474	0.2702	-0.3533	0.2767	0.0005	0.1255	-0.0331	-0.0352	0.1525	0	0.0704	-8.3312	5.8019	4.8283
6	0.4536	-0.1239	0.0517	0.0262	-0.0297	0.4177	0.0842	0.0729	0.0294	-0.0448	-0.0133	-0.1508	-0.044	-0.0277	0.0383	0.103	-0.0035	-0.0008	0.1162	-0.0023	0.1008	-11.3156	1.0769	-7.5954
7	0.2655	-0.1	0.0131	0.0818	0.0416	0.3415	-0.0382	0.2779	-0.1795	-0.4739	0.1643	0.2463	0.1029	0.1285	0.0375	0.2191	-0.0376	-0.0462	0.1242	-0.0017	0.1506	-18.2973	-3.9052	-10.5574

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 80:85)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 86:113)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 114:129)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 130:140)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 141:149)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 150:169)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 170:184)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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