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- PDB-5i2b: Crystal structure of a peptide deformylase from Burkholderia ambi... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5i2b | ||||||
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Title | Crystal structure of a peptide deformylase from Burkholderia ambifaria with actinonin | ||||||
![]() | Peptide deformylase![]() | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of a peptide deformylase from Burkholderia ambifaria with actinonin Authors: Conrady, D.G. / Dranow, D.M. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 90.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 66.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 5hgwS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | ![]() Mass: 20902.857 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Gene: def, BamIOP4010DRAFT_5965 / Plasmid: BuamA.00078.a.B1 / Production host: ![]() ![]() ![]() ![]() | ||
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#2: Chemical | ChemComp-ZN / | ||
#3: Chemical | ChemComp-BB2 / ![]() | ||
#4: Chemical | ChemComp-EDO / ![]() #5: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.28 Å3/Da / Density % sol: 46.09 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: Rigaku Reagents Morpheus screen E8: 12.5% PEG1000, 12.5% PEG3350, 12.5% MPD, 0.1 M MOPS/HEPES pH 7.5, 0.03M diethyleneglycol, 0.03M triethyleneglycol, 0.03M tetraethyleneglycol, 0.03M ...Details: Rigaku Reagents Morpheus screen E8: 12.5% PEG1000, 12.5% PEG3350, 12.5% MPD, 0.1 M MOPS/HEPES pH 7.5, 0.03M diethyleneglycol, 0.03M triethyleneglycol, 0.03M tetraethyleneglycol, 0.03M pentaethyleneglycol; BuamA.00078.a.B1.PS02512 at 17.5 mg/ml, tray 267396 e8, puck mbf3-1 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU SATURN 944+ / Detector: CCD / Date: Jan 12, 2016 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.7→39.012 Å / Num. obs: 21509 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 21.27 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.028 / Net I/σ(I): 26.92 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 5HGW Resolution: 1.7→39.012 Å / SU ML: 0.16 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 21.19
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 95.55 Å2 / Biso mean: 32.3057 Å2 / Biso min: 12.84 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.7→39.012 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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