PDB-5i1f: Crystal structure of UTP-glucose-1-phosphate uridylyltransferase ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5i1f

タイトル

Crystal structure of UTP-glucose-1-phosphate uridylyltransferase from Burkholderia vietnamiensis in complex with Uridine-5'-diphosphate-glucose

要素

UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / UTP-glucose-1-phosphate uridylyltransferase / UDP-glucose pyrophosphorylase / UDP-glucose / uridylyltransferase / pyrophosphorylase / Burkholderia vietnamiensis / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID

機能・相同性

機能・相同性情報

UTP-glucose-1-phosphate uridylyltransferase / UTP:glucose-1-phosphate uridylyltransferase activity / UDP-alpha-D-glucose metabolic process / biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia vietnamiensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of UTP-glucose-1-phosphate uridylyltransferase from Burkholderia vietnamiensis in complex with Uridine-5'-diphosphate-glucose
著者: Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2016年2月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年3月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5i1f.cif.gz	139 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5i1f.ent.gz	106.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5i1f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i1/5i1f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i1/5i1f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ux8S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3hhe-d 6ikx-d 3q2g-d 3l0l-d 6knl-d 2rb9-2 3d41-1 2jih-d 5j92-2 5dd7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: BuviA.00118.e

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (3) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase

ヘテロ分子

34.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase

ヘテロ分子

A: UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.900, 84.900, 252.700
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	180
Space group name H-M	P6₂22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-62- ARG
2	1	A-539- HOH

#1: タンパク質	UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase / UDP-glucose pyrophosphorylase 分子量: 33530.625 Da / 分子数: 1 / 断片: BuviA.00118.e.B1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia vietnamiensis (strain G4 / LMG 22486) (バクテリア) 株: G4 / LMG 22486 / 遺伝子: Bcep1808_6508 / プラスミド: BuviA.00118.e.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: A4JT02, UTP-glucose-1-phosphate uridylyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-UPG / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE / URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE GLUCOPYRANOSYL-MONOPHOSPHATE ESTER / UDP-グルコ-ス分子量: 566.302 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₄N₂O₁₇P₂
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.63 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: MCSG1 screen A4: 2500mM NaCl, 200mM MgCl2, 100mM Tris base/HCl pH 7.0; BuviA.00118.e.B1.PS02498 at 27.5mg/ml + 4mM Glucose-1-phosphate + 4mM UTP + 4mM MgCl2; ; tray: 267283a4, puck sbq8-1, cryo: 20% EG PH範囲: 7

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月10日

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 30405 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 33.5 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 12.87

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.15-2.21	7.3	0.542	3.56	1	100
2.21-2.27		0.407	4.66	1	100
2.27-2.33		0.345	5.43	1	100
2.33-2.4		0.293	6.26	1	100
2.4-2.48		0.249	7.25	1	100
2.48-2.57		0.216	8.4	1	100
2.57-2.67		0.175	10.16	1	100
2.67-2.78		0.154	11.15	1	100
2.78-2.9		0.134	12.58	1	100
2.9-3.04		0.116	14.28	1	100
3.04-3.21		0.1	16.38	1	100
3.21-3.4		0.087	18.51	1	99.9
3.4-3.63		0.075	20.42	1	99.9
3.63-3.93		0.07	21.31	1	99.9
3.93-4.3		0.066	22.84	1	99.9
4.3-4.81		0.063	23.69	1	100
4.81-5.55		0.056	23.67	1	100
5.55-6.8		0.051	23.39	1	100
6.8-9.62		0.045	24.18	1	99.6
9.62-50		0.039	23.42	1	93.5

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.15 Å	41.86 Å
Translation	2.15 Å	41.86 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
XDS	データ削減
XSCALE	データスケーリング
PHASER	位相決定
PHENIX	モデル構築
PHENIX	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2ux8, chain A

2ux8

解像度: 2.15→50 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.19

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2025	1968	6.49 %
R_work	0.172	-	-
obs	0.1741	30327	99.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 112.68 Å² / B_iso mean: 45.623 Å² / B_iso min: 19.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.15→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2233	0	44	176	2453
B_iso mean	-	-	31.41	47.23	-
残基数	-	-	-	-	290

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2361
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.889	3215
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	365
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	421
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.11	1445

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.15-2.2038	0.2438	119	0.2086	1999	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2038-2.2634	0.2321	128	0.1886	1968	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2634-2.33	0.2121	135	0.1783	1984	X-RAY DIFFRACTION	100
2.33-2.4052	0.2237	136	0.1806	1980	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4052-2.4911	0.1899	144	0.1816	2004	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4911-2.5909	0.2467	120	0.1824	1987	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5909-2.7087	0.2112	144	0.1847	1984	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7087-2.8515	0.2143	149	0.1923	1996	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8515-3.0301	0.2212	132	0.1978	2037	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0301-3.264	0.2199	150	0.1883	2012	X-RAY DIFFRACTION	100
3.264-3.5923	0.1954	156	0.1712	2005	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5923-4.1117	0.1754	151	0.1479	2056	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1117-5.1788	0.1722	153	0.1376	2080	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1788-50	0.2157	151	0.18	2267	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4063	-0.068	0.6515	2.087	0.6063	3.2611	-0.0576	-0.1822	0.153	0.088	0.1752	-0.0345	-0.5658	-0.0565	-0.0932	0.4345	0.0819	0.0293	0.1378	-0.0293	0.2181	41.3381	15.45	138.3296
2	4.4001	1.0375	-0.8395	2.191	-0.5119	2.3814	-0.2263	0.3627	-0.2051	-0.1991	0.1033	-0.1476	0.1508	0.3464	0.1745	0.4017	0.0682	0.006	0.2151	-0.0203	0.2264	50.4229	7.1641	133.1889
3	2.6566	-0.3145	-1.5176	1.1821	0.0283	2.2426	-0.0933	-0.2021	-0.0464	0.2066	0.1364	0.0379	-0.2438	0.2571	-0.0109	0.3795	0.0706	-0.0416	0.1894	-0.0142	0.2097	43.2453	10.6073	143.3267
4	2.2846	-1.5112	-0.8582	2.2615	0.2713	0.9661	0.0062	-0.3646	0.591	0.2419	0.1339	-0.0234	-0.9105	0.0835	-0.0266	0.8315	0.3071	0.0816	0.2299	-0.0808	0.3786	31.879	26.212	154.0692
5	4.4517	-0.9941	-0.1782	4.7405	0.6918	1.2907	-0.0839	-0.2512	-0.2252	0.2539	0.1076	0.6712	-0.3338	-0.4167	0.0102	0.5103	0.1959	0.0571	0.3042	0.0266	0.3299	28.612	14.4385	154.4332
6	0.4794	-0.3045	-0.3456	1.2641	0.6801	0.8326	0.13	-0.1421	0.2813	0.1957	0.1672	-0.0796	-0.4837	0.1147	0.0506	1.0793	0.0956	0.0582	0.023	-0.0719	0.4002	40.6789	29.0812	136.0169
7	3.9709	2.2035	1.8839	6.134	0.3997	3.3438	0.4928	-0.4165	0.3901	0.2324	-0.0826	0.2914	-0.6411	0.2303	-0.2113	1.2787	-0.3809	0.1431	0.3616	-0.1535	0.7068	49.6045	36.9311	125.0489

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 47 )	A	0 - 47
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 48 through 83 )	A	48 - 83
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 84 through 141 )	A	84 - 141
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 142 through 206 )	A	142 - 206
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 207 through 248 )	A	207 - 248
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 249 through 271 )	A	249 - 271
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 272 through 289 )	A	272 - 289

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