[日本語] English
万見
- PDB-5i10: Crystal structure of spinosyn rhamnosyl 4'-O-methyltransferase sp... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5i10
タイトルCrystal structure of spinosyn rhamnosyl 4'-O-methyltransferase spnh mutant T242Q from Saccharopolyspora Spinosa
要素Probable O-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性Macrocin-O-methyltransferase (TylF) / Macrocin-O-methyltransferase / methyltransferase activity / methylation / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / metal ion binding / O-methyltransferase/macrocin O-methyltransferase/8-demethyl-8-(2, 3-dimethoxy-alpha-L-rhamnosyl)tetracenomycin-C 4'-O-methyltransferase
機能・相同性情報
生物種Saccharopolyspora spinosa (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Lin, Y.-C. / Huang, S.-P. / Huang, B.-L. / Chen, Y.-H. / Chen, Y.-J. / Chiu, H.-T.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
National Science CouncilNSC102-2113-M006-003-MY2 台湾
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of spinosyn rhamnosyl 4'-O-methyltransferase spnh mutant T242Q from Saccharopolyspora Spinosa
著者: Lin, Y.-C. / Huang, S.-P. / Huang, B.-L. / Chen, Y.-H. / Chen, Y.-J. / Chiu, H.-T.
履歴
登録2016年2月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Probable O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1332
ポリマ－28,1091
非ポリマー241
水1,74797
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area100 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area8930 Å2
手法PISA
2
A: Probable O-methyltransferase
ヘテロ分子

A: Probable O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,2664
ポリマ－56,2172
非ポリマー492
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_566x,x-y+1,-z+7/61
Buried area1730 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area16330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.776, 54.776, 306.532
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-445-

HOH

21A-482-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Probable O-methyltransferase


分子量: 28108.504 Da / 分子数: 1 / 変異: T242Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharopolyspora spinosa (バクテリア)
遺伝子: spnH / プラスミド: PET-21B / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9ALM9
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.9 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 18-24% (w/v) polyethylene glycol 3350, 100mM Tris, pH 7-9, 200mM magnesium chloride and 2.3mM SRPG
PH範囲: 7-9

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月28日 / 詳細: RH COATED MIRROWS
放射モノクロメーター: LN2-COOLED, FIXED-EXIT DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→27.6 Å / Num. obs: 26486 / % possible obs: 99.45 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 38.4 % / Biso Wilson estimate: 34.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 39.04
反射 シェル解像度: 2.06→2.15 Å / 冗長度: 35.6 % / Rmerge(I) obs: 0.88 / Mean I/σ(I) obs: 3.23 / % possible all: 94.52

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4CDZ

4cdz


解像度: 2→27.6 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 30.31
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2637 1396 7.54 %
Rwork0.2269 --
obs0.2297 18526 94.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 46.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→27.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1524 0 1 97 1622
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051560
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9332119
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.666558
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.034233
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003273
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.07150.431270.34761528X-RAY DIFFRACTION87
2.0715-2.15440.36351300.30241647X-RAY DIFFRACTION94
2.1544-2.25240.48421130.39641439X-RAY DIFFRACTION82
2.2524-2.37110.48521210.35881468X-RAY DIFFRACTION82
2.3711-2.51960.30111440.26611723X-RAY DIFFRACTION98
2.5196-2.7140.27151460.24891797X-RAY DIFFRACTION100
2.714-2.98680.27371470.24711786X-RAY DIFFRACTION99
2.9868-3.41830.28041500.23931844X-RAY DIFFRACTION100
3.4183-4.30410.22341530.19211862X-RAY DIFFRACTION100
4.3041-27.66920.21021650.18362036X-RAY DIFFRACTION100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る