[日本語] English
万見
- PDB-5i0z: Crystal structure of the single domain catalytic antibody 3D8-VH -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5i0z
タイトルCrystal structure of the single domain catalytic antibody 3D8-VH
要素catalytic DNA antibody
キーワードIMMUNE SYSTEM / 3D8 scFv / 3D8-VH
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Park, S.Y. / Kim, J.S.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
Chonnam National University2015-0597 韓国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the single domain catalytic antibody 3D8-VH
著者: Park, S.Y. / Kim, B.N.
履歴
登録2016年2月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月30日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_detector / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_detector.detector / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22017年11月15日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: catalytic DNA antibody
B: catalytic DNA antibody


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6302
ポリマ－31,6302
非ポリマー00
水6,305350
1
A: catalytic DNA antibody


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8151
ポリマ－15,8151
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: catalytic DNA antibody


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8151
ポリマ－15,8151
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)58.775, 85.820, 50.202
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.87, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-309-

HOH

21B-351-

HOH

31B-352-

HOH

-
要素

#1: 抗体 catalytic DNA antibody


分子量: 15814.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 350 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.42 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 30 % (w/v) PEG 8000 and 0.1 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1.24 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.24 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 16712 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 2.7 % / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.1_1168精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2GKI

2gki


解像度: 1.9→37.402 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.27
詳細: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2622 1700 4.95 %
Rwork0.2176 --
obs0.2198 16712 90.38 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→37.402 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1860 0 0 350 2210
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0041931
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.982609
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.887697
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078269
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005328
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.95590.34391430.28972790X-RAY DIFFRACTION93
1.9559-2.0190.32481500.27462771X-RAY DIFFRACTION93
2.019-2.09120.29981510.26292805X-RAY DIFFRACTION92
2.0912-2.17490.25491480.25552785X-RAY DIFFRACTION92
2.1749-2.27390.3121390.23462751X-RAY DIFFRACTION92
2.2739-2.39370.2881400.24352702X-RAY DIFFRACTION91
2.3937-2.54370.31531470.22812733X-RAY DIFFRACTION91
2.5437-2.740.27641420.23242745X-RAY DIFFRACTION90
2.74-3.01570.23631380.21242677X-RAY DIFFRACTION90
3.0157-3.45180.26981400.19572686X-RAY DIFFRACTION89
3.4518-4.34780.19661310.17442620X-RAY DIFFRACTION87
4.3478-37.40930.22991310.19192568X-RAY DIFFRACTION85
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -16.2106 Å / Origin y: 3.1102 Å / Origin z: -0.0331 Å
111213212223313233
T0.0825 Å20.0007 Å20.008 Å2-0.0865 Å20.017 Å2--0.12 Å2
L0.451 °20.0552 °2-0.1775 °2-0.6604 °20.514 °2--1.7124 °2
S0.0139 Å °-0.023 Å °0.002 Å °-0.0002 Å °-0.0393 Å °-0.0114 Å °0.0147 Å °0.0862 Å °0.023 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る