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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5i0z | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the single domain catalytic antibody 3D8-VH | ||||||
![]() | catalytic DNA antibody | ||||||
![]() | IMMUNE SYSTEM / 3D8 scFv / 3D8-VH | ||||||
機能・相同性 | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Park, S.Y. / Kim, J.S. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the single domain catalytic antibody 3D8-VH 著者: Park, S.Y. / Kim, B.N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 122.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 93.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2gkiS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: 抗体 | 分子量: 15814.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.42 % 解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 30 % (w/v) PEG 8000 and 0.1 M ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.24 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 16712 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 2.7 % / Net I/σ(I): 6.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2 Å |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2GKI 解像度: 1.9→37.402 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.27 詳細: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→37.402 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -16.2106 Å / Origin y: 3.1102 Å / Origin z: -0.0331 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |