PDB-5i0u: Incompletely interpreted D-cysteine soak of Cysteine Dioxygenase ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5i0u

タイトル

Incompletely interpreted D-cysteine soak of Cysteine Dioxygenase at pH 7.0

要素

Cysteine dioxygenase type 1

キーワード

OXIDOREDUCTASE / cupin-fold / cysteine to cysteine sulfinate / C93-Y157 crosslink / D-cysteine / catalysis oxidation

機能・相同性

機能・相同性情報

L-cysteine metabolic process / Degradation of cysteine and homocysteine / taurine biosynthetic process / cysteine dioxygenase / cysteine dioxygenase activity / response to azide / L-cysteine catabolic process / cysteine metabolic process / response to glucagon / nickel cation binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.25 Å

データ登録者

Kean, K.M. / Driggers, C.M. / Karplus, P.A.

引用

ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2016
タイトル: Structure-Based Insights into the Role of the Cys-Tyr Crosslink and Inhibitor Recognition by Mammalian Cysteine Dioxygenase.
著者: Driggers, C.M. / Kean, K.M. / Hirschberger, L.L. / Cooley, R.B. / Stipanuk, M.H. / Karplus, P.A.

履歴

登録	2016年2月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年2月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.2	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5i0u.cif.gz	137.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5i0u.ent.gz	109.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5i0u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5i0u_validation.pdf.gz	438.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5i0u_full_validation.pdf.gz	438.4 KB	表示
XML形式データ	5i0u_validation.xml.gz	13.3 KB	表示
CIF形式データ	5i0u_validation.cif.gz	20.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i0/5i0u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i0/5i0u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4pixC 4piyC 4pizC 4pjyC 4xetC 4xezC 4xf0C 4xf1C 4xf3C 4xf4C 4xf9C 4xfbC 4xfcC 4xffC 4xfgC 4xfhC 4xfiC 5i0rC 5i0sC 5i0tC 4ieoS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4xfg-d 4iez-d 4yyo-d 4kwk-d 4iev-d 4pix-d 4xf3-d 5efu-d 4ies-d 4xf9-d 4piy-d 4ier-d 4z82-d 4piz-d 4xf4-d 4xez-d 5ezw-d 5i0s-d 6u4s-d 2gh2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cysteine dioxygenase type 1

ヘテロ分子

23.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.600, 57.600, 122.400
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Cysteine dioxygenase type 1 / Cysteine dioxygenase type I / CDO-I 分子量: 23090.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Cdo1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P21816, cysteine dioxygenase
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-DCY / D-CYSTEINE / D-システインタイプ: D-peptide linking / 分子量: 121.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₇NO₂S
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 332 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.05 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M tri-sodium citrate pH 5.6, 24% PEG 4000, 0.15 M ammonium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.977 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.25→52.12 Å / Num. obs: 57647 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 45.6 % / R_merge(I) obs: 0.119 / Net I/σ(I): 31.7
反射シェル	解像度: 1.25→1.27 Å / 冗長度: 20.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4IEO

4ieo

解像度: 1.25→52.118 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 17.82 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1909	5646	9.8 %
R_work	0.1649	-	-
obs	0.1675	57632	99.67 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.25→52.118 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1504	0	8	332	1844

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	1715
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.039	2349
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.065	644
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.083	246
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	317

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.25-1.2642	0.2868	162	0.2946	1554	X-RAY DIFFRACTION	92
1.2642-1.2791	0.3253	193	0.296	1688	X-RAY DIFFRACTION	99
1.2791-1.2947	0.2758	171	0.28	1689	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2947-1.3111	0.2904	184	0.264	1728	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3111-1.3283	0.2757	164	0.2504	1718	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3283-1.3465	0.2525	181	0.2386	1725	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3465-1.3658	0.224	209	0.2339	1703	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3658-1.3862	0.2776	180	0.2289	1705	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3862-1.4078	0.2415	188	0.217	1710	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4078-1.4309	0.2208	180	0.1979	1718	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4309-1.4556	0.1951	191	0.1821	1731	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4556-1.482	0.184	197	0.1833	1708	X-RAY DIFFRACTION	100
1.482-1.5105	0.2049	186	0.1643	1707	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5105-1.5414	0.1895	178	0.1606	1714	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5414-1.5749	0.1861	201	0.1659	1721	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5749-1.6115	0.1767	205	0.1585	1711	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6115-1.6518	0.1726	180	0.1537	1736	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6518-1.6965	0.1745	191	0.1549	1741	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6965-1.7464	0.177	190	0.1543	1715	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7464-1.8028	0.1732	186	0.1607	1735	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8028-1.8672	0.1984	171	0.1562	1752	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8672-1.942	0.1894	175	0.1569	1754	X-RAY DIFFRACTION	100
1.942-2.0304	0.1824	203	0.1475	1710	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0304-2.1374	0.1749	202	0.143	1762	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1374-2.2714	0.168	186	0.1444	1745	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2714-2.4467	0.17	176	0.1501	1781	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4467-2.6929	0.2056	215	0.1576	1755	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6929-3.0826	0.2058	192	0.1626	1795	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0826-3.8835	0.1755	201	0.1461	1826	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8835-52.1629	0.1762	208	0.1642	1949	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -17.07 Å / Origin y: 2.6998 Å / Origin z: -49.8024 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0781 Å²	-0.0002 Å²	-0.0014 Å²	-	0.0935 Å²	0.0028 Å²	-	-	0.0882 Å²
L	0.6728 °²	0.2751 °²	-0.0811 °²	-	0.8208 °²	0.1174 °²	-	-	0.6173 °²
S	0.0263 Å °	-0.0135 Å °	-0.0398 Å °	0.0433 Å °	-0.0138 Å °	-0.0047 Å °	0.033 Å °	-0.0079 Å °	0.0002 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: chain 'A' and resid 5 through 190

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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