PDB-5i0s: Thiosulfate bound Cysteine Dioxygenase at pH 6.2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5i0s

タイトル

Thiosulfate bound Cysteine Dioxygenase at pH 6.2

要素

Cysteine dioxygenase type 1

キーワード

OXIDOREDUCTASE / cupin-fold / cysteine to cysteine sulfinate / C93-Y157 crosslink / catalysis oxidation / thiosulfate

機能・相同性

機能・相同性情報

L-cysteine metabolic process / Degradation of cysteine and homocysteine / taurine biosynthetic process / cysteine dioxygenase / cysteine dioxygenase activity / response to azide / L-cysteine catabolic process / cysteine metabolic process / response to glucagon / nickel cation binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Kean, K.M. / Driggers, C.M. / Karplus, P.A.

引用

ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2016
タイトル: Structure-Based Insights into the Role of the Cys-Tyr Crosslink and Inhibitor Recognition by Mammalian Cysteine Dioxygenase.
著者: Driggers, C.M. / Kean, K.M. / Hirschberger, L.L. / Cooley, R.B. / Stipanuk, M.H. / Karplus, P.A.

履歴

登録	2016年2月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年12月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.2	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5i0s.cif.gz	135.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5i0s.ent.gz	107.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5i0s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5i0s_validation.pdf.gz	436.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5i0s_full_validation.pdf.gz	437.1 KB	表示
XML形式データ	5i0s_validation.xml.gz	12.8 KB	表示
CIF形式データ	5i0s_validation.cif.gz	19.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i0/5i0s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i0/5i0s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4pixC 4piyC 4pizC 4pjyC 4xetC 4xezC 4xf0C 4xf1C 4xf3C 4xf4C 4xf9C 4xfbC 4xfcC 4xffC 4xfgC 4xfhC 4xfiC 5i0rC 5i0tC 5i0uC 4eio PDB 未公開エントリS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4ies-d 4xfg-d 6bps-d 6bpr-d 4xf1-d 4pix-d 4xf3-d 4ieq-d 4yyo-d 4piz-d 4z82-d 3eln-d 4ieo-d 2q4s-d 6n42-d 4ubh-d 4iew-d 4iet-d 4xfh-d 5ezw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cysteine dioxygenase type 1

ヘテロ分子

23.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.600, 57.600, 122.400
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Cysteine dioxygenase type 1 / Cysteine dioxygenase type I / CDO-I 分子量: 23090.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Cdo1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P21816, cysteine dioxygenase
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-THJ / THIOSULFATE 分子量: 112.128 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O₃S₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 327 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.05 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 0.1 M tri-sodium citrate pH 5.6, 24% PEG 4000, 0.15 M ammonium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.977 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.3→33.93 Å / Num. obs: 51666 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 25.7 % / R_merge(I) obs: 0.156 / Net I/σ(I): 16.7
反射シェル	解像度: 1.3→1.32 Å / 冗長度: 13.6 % / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / % possible all: 97.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_2386: ???)	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4EIO

4eio
PDB 未公開エントリ

解像度: 1.3→33.907 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.01 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2015	5034	9.8 %
R_work	0.1741	-	-
obs	0.1768	51392	99.71 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→33.907 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1506	0	6	327	1839

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	1688
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.012	2303
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.368	633
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.08	242
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	306

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3-1.3148	0.339	141	0.3215	1475	X-RAY DIFFRACTION	94
1.3148-1.3303	0.3308	148	0.3186	1493	X-RAY DIFFRACTION	99
1.3303-1.3465	0.3238	155	0.2995	1518	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3465-1.3635	0.3384	192	0.2956	1492	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3635-1.3815	0.3134	159	0.2888	1524	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3815-1.4004	0.3108	174	0.266	1536	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4004-1.4204	0.3018	145	0.2726	1519	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4204-1.4416	0.2826	185	0.2497	1538	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4416-1.4642	0.2436	158	0.2188	1500	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4642-1.4882	0.224	175	0.2164	1520	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4882-1.5138	0.2488	176	0.2035	1551	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5138-1.5413	0.2382	145	0.1935	1516	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5413-1.571	0.2087	182	0.1868	1537	X-RAY DIFFRACTION	100
1.571-1.6031	0.2035	185	0.1779	1501	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6031-1.6379	0.1918	150	0.1738	1556	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6379-1.676	0.2062	175	0.1623	1517	X-RAY DIFFRACTION	100
1.676-1.7179	0.1961	173	0.1716	1531	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7179-1.7644	0.2036	163	0.1671	1541	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7644-1.8163	0.1926	159	0.1596	1557	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8163-1.8749	0.2002	159	0.1677	1551	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8749-1.9419	0.2057	153	0.1797	1568	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9419-2.0197	0.1885	184	0.1586	1533	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0197-2.1116	0.1757	183	0.1498	1542	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1116-2.2229	0.1884	155	0.1597	1579	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2229-2.3621	0.212	165	0.169	1548	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3621-2.5444	0.1841	163	0.1535	1596	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5444-2.8004	0.2018	188	0.1559	1561	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8004-3.2053	0.1825	182	0.1594	1596	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2053-4.0373	0.1766	175	0.1525	1614	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0373-33.9184	0.1807	187	0.1691	1748	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -17.117 Å / Origin y: 2.9669 Å / Origin z: -49.981 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1012 Å²	-0.002 Å²	-0.0029 Å²	-	0.1122 Å²	0.0064 Å²	-	-	0.1161 Å²
L	0.6077 °²	0.2679 °²	-0.1886 °²	-	0.6463 °²	-0.048 °²	-	-	0.616 °²
S	-0.0077 Å °	0.0018 Å °	-0.0472 Å °	0.0149 Å °	0.0126 Å °	0.0012 Å °	0.0586 Å °	-0.0321 Å °	-0.0001 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: chain 'A' and resid 5 through 190

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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