PDB-5hz9: human FABP3 in complex with 6-Chloro-2-methyl-4-phenyl-quinoline-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5hz9

タイトル

human FABP3 in complex with 6-Chloro-2-methyl-4-phenyl-quinoline-3-carboxylic acid

要素

Fatty acid-binding protein, heart

キーワード

LIPID BINDING PROTEIN / FATTY ACID BINDING PROTEIN / CYTOPLASM / LIPID-BINDING / TRANSPORT / PROTEIN BINDING / _PHENIX

機能・相同性

機能・相同性情報

icosatetraenoic acid binding / positive regulation of long-chain fatty acid import into cell / regulation of phosphatidylcholine biosynthetic process / regulation of fatty acid oxidation / oleic acid binding / positive regulation of phospholipid biosynthetic process / intracellular lipid transport / response to fatty acid / phospholipid homeostasis / long-chain fatty acid transmembrane transporter activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Ehler, A. / Rudolph, M.G.

引用

ジャーナル: Bioorg. Med. Chem. Lett. / 年: 2016
タイトル: Design and synthesis of selective, dual fatty acid binding protein 4 and 5 inhibitors.
著者: Kuhne, H. / Obst-Sander, U. / Kuhn, B. / Conte, A. / Ceccarelli, S.M. / Neidhart, W. / Rudolph, M.G. / Ottaviani, G. / Gasser, R. / So, S.S. / Li, S. / Zhang, X. / Gao, L. / Myers, M.

履歴

登録	2016年2月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年12月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5hz9.cif.gz	446.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5hz9.ent.gz	370.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5hz9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5hz9_validation.pdf.gz	5.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5hz9_full_validation.pdf.gz	5.7 MB	表示
XML形式データ	5hz9_validation.xml.gz	47.4 KB	表示
CIF形式データ	5hz9_validation.cif.gz	62.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hz/5hz9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hz/5hz9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5hz5C 5hz6C 5hz8C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2dmw-d 2km4-d 2g35-d 3hcz-d 3q8v-3 5v50-7 6jzv-3 2dbc-d 3w6b-1 1cof-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (3) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Fatty acid-binding protein, heart

B: Fatty acid-binding protein, heart

C: Fatty acid-binding protein, heart

D: Fatty acid-binding protein, heart

E: Fatty acid-binding protein, heart

F: Fatty acid-binding protein, heart

G: Fatty acid-binding protein, heart

H: Fatty acid-binding protein, heart

ヘテロ分子

128 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Fatty acid-binding protein, heart

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
16.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Fatty acid-binding protein, heart

ヘテロ分子

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16 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Fatty acid-binding protein, heart

ヘテロ分子

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4

D: Fatty acid-binding protein, heart

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15.6 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Fatty acid-binding protein, heart

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
16 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Fatty acid-binding protein, heart

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
15.7 kDa, 1 ポリマー
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7

G: Fatty acid-binding protein, heart

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
16.5 kDa, 1 ポリマー
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8

H: Fatty acid-binding protein, heart

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
15.8 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	186.827, 186.827, 114.204
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Fatty acid-binding protein, heart / Fatty acid-binding protein 3 / Heart-type fatty acid-binding protein / H-FABP / Mammary-derived ...Fatty acid-binding protein 3 / Heart-type fatty acid-binding protein / H-FABP / Mammary-derived growth inhibitor / MDGI / Muscle fatty acid-binding protein / M-FABP / fabp3 分子量: 15104.246 Da / 分子数: 8 / 断片: SOLUBLE FORM, RESIDUES 3-132 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FABP3, FABP11, MDGI / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P05413
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-5M8 / 6-chloranyl-2-methyl-4-phenyl-quinoline-3-carboxylic acid / 2-メチル-4-フェニル-6-クロロキノリン-3-カルボン酸分子量: 297.736 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₁₂ClNO₂
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 351 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.19 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 0.9999 Å

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年9月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9999 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.18→48.7 Å / Num. obs: 89756 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.5 % / B_iso Wilson estimate: 56.289 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.139 / Net I/σ(I): 14.43

反射シェル

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.18-2.24			3.612	0.66	1	99.8
2.24-2.3		13.7	2.985	0.81	1	99.8
2.3-2.36			2.505	0.98	1	99.9
2.36-2.44			1.805	1.41	1	99.9
2.44-2.52			1.3	2.02	1	100
2.52-2.61			1.015	2.61	1	99.9
2.61-2.7			0.767	3.48	1	100
2.7-2.81			0.556	4.74	1	100
2.81-2.94			0.416	6.31	1	99.9
2.94-3.08			0.288	9.29	1	100
3.08-3.25			0.183	14.48	1	100
3.25-3.45			0.122	21.16	1	100
3.45-3.68			0.089	26.95	1	100
3.68-3.98			0.074	31.85	1	100
3.98-4.36			0.057	40.48	1	100
4.36-4.87			0.042	51.01	1	99.9
4.87-5.63			0.045	45.09	1	99.9
5.63-6.89			0.044	45.47	1	99.9
6.89-9.75			0.033	54.5	1	99.7
	9.75		0.024	61.29	1	97.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
PHENIX		精密化
XDS		データ削減
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: In-house model

解像度: 2.3→47.187 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 27.01

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2389	4161	5 %
R_work	0.1974	-	-
obs	0.1995	83146	92.65 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / B_sol: 50.781 Å² / k_sol: 0.368 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 166.55 Å² / B_iso mean: 53.9092 Å² / B_iso min: 25.27 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.9608 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-4.9608 Å²	0 Å²
3-	-	-	9.9216 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.3→47.187 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8466	0	454	351	9271
B_iso mean	-	-	76.27	47.5	-
残基数	-	-	-	-	1079

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1272	0.0906	0.4983	1.3633	0.5019	1.5399	-0.1977	0.1132	0.0294	-0.2392	0.1697	-0.1464	-0.4444	0.0999	0.0326	0.4517	-0.0697	-0.0129	0.291	0.037	0.2487	-18.1947	47.1007	-42.3008
2	0.9822	0.5391	-0.2432	1.0717	-0.376	2.1193	-0.2332	0.1248	-0.1194	-0.2756	0.22	0.0791	0.4043	0.0281	0.0319	0.4568	-0.0519	0.0421	0.3137	-0.0419	0.297	16.1697	45.0222	-42.0374
3	0.9687	-0.6758	0.4882	0.9225	-0.0099	1.4939	-0.1802	-0.1506	0.1289	0.0381	0.1682	-0.0946	-0.1009	-0.0047	0.0142	0.3288	0.023	-0.0427	0.322	-0.0416	0.3104	14.7326	45.446	11.8863
4	1.4862	-0.2734	-0.3993	0.563	0.3665	1.7648	-0.1621	-0.1292	-0.0361	0.0285	0.1608	0.0886	0.0684	0.0793	0.0234	0.3142	0.0091	0.0132	0.2697	0.0504	0.2844	-16.6504	49.2802	12.0453
5	1.342	0.882	0.1852	0.8725	-0.5432	1.4816	0.0614	-0.0289	0.02	-0.027	-0.031	-0.0202	-0.1421	0.0211	-0.0261	0.37	-0.0086	0.0377	0.2715	0.0148	0.3689	14.5687	64.0571	-12.9333
6	1.6156	-0.5542	-0.7267	1.1395	-0.6324	1.4224	0.0082	0.0567	0.0882	0.0079	0.0186	-0.0409	0.1211	0.0373	-0.0226	0.3645	0.0352	-0.0124	0.262	-0.0033	0.2754	15.3786	26.3139	-16.9817
7	1.3419	0.6676	-0.4284	0.8566	0.5618	1.6916	-0.0111	0.0224	-0.0372	0.0094	0.0035	0.0828	0.2148	-0.0263	-0.0018	0.3019	0.0035	-0.0444	0.1759	-0.0014	0.2423	-17.1749	29.7886	-12.0123
8	1.6211	-0.7432	0.7953	1.7929	0.7388	1.5783	0.0405	-0.0771	-0.0158	0.0174	0.0532	-0.0085	-0.1605	0.0236	-0.0728	0.3243	0.0109	0.0209	0.231	0.0027	0.2142	-18.1234	66.7322	-18.0795

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A	A	-1 - 133
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B	B	-1 - 133
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C	C	-1 - 133
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D	D	-1 - 133
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain E	E	-1 - 133
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain F	F	0 - 133
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain G	G	-1 - 133
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain H	H	-1 - 133

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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