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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5hz4 | ||||||
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タイトル | The structural and biochemical characterization of acyl-coa hydrolase mutant Thr60Ala from Staphylococcus aureus. | ||||||
![]() | Thioesterase | ||||||
![]() | HYDROLASE / Thioesterase / Staphylococcus aureus / 4HBT | ||||||
機能・相同性 | ![]() long-chain fatty acyl-CoA binding / acyl-CoA metabolic process / fatty acyl-CoA hydrolase activity / fatty acid metabolic process / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Khandokar, Y.B. / Srivastava, P. / Forwood, J.K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The structural and biochemical characterization of acyl-coa hydrolase mutant Thr60Ala from Staphylococcus aureus. 著者: Khandokar, Y.B. / Srivastava, P. / Forwood, J.K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 196.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 157.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4ncpS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20234.855 Da / 分子数: 6 / 変異: T60A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: Mu50 / ATCC 700699 / 遺伝子: SAV1878 / プラスミド: pMCSG21 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.15 % |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 詳細: 30% PEG4000, 0.1M tris pH 8.5, 0.2 M lithium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月31日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→31.7 Å / Num. obs: 35749 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.122 / Net I/σ(I): 9.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.67 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4NCP 解像度: 2.5→31.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.886 / SU B: 0.007 / SU ML: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.285 / ESU R Free: 0.342 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 48.189 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.5→31.7 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
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