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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5hyn | ||||||
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タイトル | Structure of Human Polycomb Repressive Complex 2 (PRC2) with oncogenic histone H3K27M peptide | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE / chromatin modification complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein localization to pericentric heterochromatin / regulation of kidney development / hepatocyte homeostasis / cellular response to trichostatin A / regulation of gliogenesis / [histone H3]-lysine27 N-trimethyltransferase / negative regulation of striated muscle cell differentiation / sex chromatin / negative regulation of keratinocyte differentiation / histone H3K27 trimethyltransferase activity ...protein localization to pericentric heterochromatin / regulation of kidney development / hepatocyte homeostasis / cellular response to trichostatin A / regulation of gliogenesis / [histone H3]-lysine27 N-trimethyltransferase / negative regulation of striated muscle cell differentiation / sex chromatin / negative regulation of keratinocyte differentiation / histone H3K27 trimethyltransferase activity / negative regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / random inactivation of X chromosome / primary miRNA binding / ubiquitin-modified histone reader activity / skeletal muscle satellite cell maintenance involved in skeletal muscle regeneration / response to tetrachloromethane / cerebellar cortex development / facultative heterochromatin formation / histone H3K27 methyltransferase activity / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy / negative regulation of cardiac muscle cell proliferation / positive regulation of cell cycle G1/S phase transition / chromatin silencing complex / ESC/E(Z) complex / protein-lysine N-methyltransferase activity / negative regulation of stem cell differentiation / RSC-type complex / pronucleus / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / synaptic transmission, GABAergic / lncRNA binding / positive regulation of dendrite development / histone H3 methyltransferase activity / cardiac muscle cell proliferation / histone methyltransferase complex / negative regulation of gene expression, epigenetic / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / spinal cord development / G1 to G0 transition / histone methyltransferase activity / oligodendrocyte differentiation / Transcriptional Regulation by E2F6 / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / negative regulation of cell differentiation / subtelomeric heterochromatin formation / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / Chromatin modifying enzymes / pericentric heterochromatin / ribonucleoprotein complex binding / heterochromatin formation / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / epigenetic regulation of gene expression / nucleosome binding / keratinocyte differentiation / spleen development / protein localization to chromatin / enzyme activator activity / methylated histone binding / telomere organization / RNA Polymerase I Promoter Opening / Interleukin-7 signaling / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / SUMOylation of chromatin organization proteins / DNA methylation / B cell differentiation / Condensation of Prophase Chromosomes / transcription corepressor binding / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / HCMV Late Events / thymus development / positive regulation of GTPase activity / liver development / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of PTEN gene transcription / ubiquitin binding / Defective pyroptosis / cellular response to leukemia inhibitory factor / central nervous system development / HDACs deacetylate histones / stem cell differentiation / liver regeneration / hippocampus development / promoter-specific chromatin binding / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / positive regulation of MAP kinase activity / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / NoRC negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / protein modification process / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / HDMs demethylate histones / regulation of circadian rhythm / chromatin DNA binding / PKMTs methylate histone lysines 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.95 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, Y. / Justin, N. / Wilson, J.R. / Gamblin, S.J. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016 タイトル: Structural basis of oncogenic histone H3K27M inhibition of human polycomb repressive complex 2. 著者: Justin, N. / Zhang, Y. / Tarricone, C. / Martin, S.R. / Chen, S. / Underwood, E. / De Marco, V. / Haire, L.F. / Walker, P.A. / Reinberg, D. / Wilson, J.R. / Gamblin, S.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5hyn.cif.gz | 1.7 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5hyn.ent.gz | 1.4 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5hyn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5hyn_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5hyn_full_validation.pdf.gz | 2.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5hyn_validation.xml.gz | 163.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5hyn_validation.cif.gz | 217.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hy/5hyn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hy/5hyn | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 AFKQ
#1: タンパク質 | 分子量: 85492.297 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EZH2, KMT6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15910, histone-lysine N-methyltransferase |
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-Polycomb protein ... , 2種, 8分子 BGLRCHMS
#2: タンパク質 | 分子量: 42314.145 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EED / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O75530 #3: タンパク質 | 分子量: 15249.510 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SUZ12, CHET9, JJAZ1, KIAA0160 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15022 |
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-タンパク質・ペプチド , 2種, 8分子 DIOTEJPU
#4: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1234.426 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P68431*PLUS #5: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1505.743 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q92833*PLUS |
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-非ポリマー , 2種, 36分子
#6: 化合物 | ChemComp-ZN / #7: 化合物 | ChemComp-SAH / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.33 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 25% PEG3350, 400mM Ammonian Citrate pH6.5 / PH範囲: 6.5-6.8 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.94→104.43 Å / Num. obs: 132394 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.6 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.165 / Net I/σ(I): 9.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.94→3.02 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 1.607 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.95→95.013 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 32.32
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.95→95.013 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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