PDB-5hy7: SF3B10-SF3B130 from Chaetomium thermophilum

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5hy7

タイトル

SF3B10-SF3B130 from Chaetomium thermophilum

要素

Putative pre-mRNA splicing protein
YSF3

キーワード

PROTEIN BINDING / spliceosome / complex / WD40s / Hydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

U2 snRNP / precatalytic spliceosome / RNA splicing / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / nucleic acid binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Ponce-Salvatierra, A. / Schmitzova, J. / Pena, V.

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2016
タイトル: Molecular Architecture of SF3b and Structural Consequences of Its Cancer-Related Mutations.
著者: Cretu, C. / Schmitzova, J. / Ponce-Salvatierra, A. / Dybkov, O. / De Laurentiis, E.I. / Sharma, K. / Will, C.L. / Urlaub, H. / Luhrmann, R. / Pena, V.

履歴

登録	2016年2月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年10月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年11月2日	Group: Database references
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5hy7.cif.gz	487.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5hy7.ent.gz	391.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5hy7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5hy7_validation.pdf.gz	462.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5hy7_full_validation.pdf.gz	496.3 KB	表示
XML形式データ	5hy7_validation.xml.gz	82.1 KB	表示
CIF形式データ	5hy7_validation.cif.gz	110.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hy/5hy7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hy/5hy7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ifeC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6pqy-d 1br4-4 1br1-3 1br4-3 22990 1br1-2 3isn-d 3ith-2 3ig1-d 1br1-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative pre-mRNA splicing protein

D: YSF3

B: Putative pre-mRNA splicing protein

C: YSF3

ヘテロ分子

291 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative pre-mRNA splicing protein

D: YSF3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
146 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Putative pre-mRNA splicing protein

C: YSF3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
146 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	197.083, 197.083, 446.453
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

#1: タンパク質	Putative pre-mRNA splicing protein / Rse1 分子量: 134507.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類) 遺伝子: CTHT_0024090 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: G0S5A2
#2: タンパク質	YSF3 分子量: 10886.376 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類) 遺伝子: CTHT_0012180 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: G0S133
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 73.17 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: PEG 4000 8%, Calcium Chloride 0.1 M, Sodium Chloride 0.1 M, HEPES buffer pH 7.5 0.1 M

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→49.3 Å / Num. obs: 113522 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.1 % / R_merge(I) obs: 0.1671 / Net I/σ(I): 19.41
反射シェル	解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 20 % / R_merge(I) obs: 3.8 / Mean I/σ(I) obs: 0.89 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2155: ???)	精密化
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 2.9→49.271 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.4

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2532	5676	5 %
R_work	0.2145	-	-
obs	0.2164	113501	99.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→49.271 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19201	0	9	0	19210

拘束条件

タイプ: f_plane_restr / Dev ideal: 0.005 / 数: 3466

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.9-2.933	0.3962	186	0.3865	3538	X-RAY DIFFRACTION	100
2.933-2.9675	0.3554	185	0.3598	3513	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9675-3.0036	0.4072	185	0.351	3523	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0036-3.0417	0.4007	187	0.3481	3553	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0417-3.0817	0.3641	188	0.3369	3563	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0817-3.1239	0.3662	186	0.3245	3543	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1239-3.1685	0.3676	186	0.3171	3526	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1685-3.2158	0.3227	186	0.3251	3545	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2158-3.266	0.3431	187	0.309	3539	X-RAY DIFFRACTION	100
3.266-3.3196	0.3353	187	0.2858	3551	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3196-3.3768	0.2839	186	0.2894	3540	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3768-3.4382	0.3034	188	0.2763	3566	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4382-3.5043	0.3327	187	0.2697	3557	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5043-3.5758	0.3069	187	0.2579	3556	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5758-3.6535	0.2777	189	0.2509	3585	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6535-3.7385	0.2825	185	0.2341	3530	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7385-3.8319	0.2463	189	0.2343	3578	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8319-3.9355	0.2609	189	0.2217	3591	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9355-4.0513	0.2681	188	0.2163	3579	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0513-4.182	0.2562	189	0.1985	3581	X-RAY DIFFRACTION	100
4.182-4.3313	0.2262	188	0.1899	3588	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3313-4.5047	0.2112	191	0.1769	3611	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5047-4.7095	0.1971	189	0.1631	3598	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7095-4.9576	0.2173	190	0.1671	3611	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9576-5.2679	0.1976	192	0.1812	3639	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2679-5.6741	0.2309	191	0.1878	3647	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6741-6.2441	0.2592	193	0.1938	3653	X-RAY DIFFRACTION	100
6.2441-7.1452	0.2194	195	0.1913	3708	X-RAY DIFFRACTION	100
7.1452-8.9933	0.2203	198	0.1897	3755	X-RAY DIFFRACTION	100
8.9933-49.2778	0.244	209	0.1921	3958	X-RAY DIFFRACTION	100

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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