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- PDB-5hto: Crystal structure of Plasmodium Vivax LDH in complex with a DNA a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hto
タイトルCrystal structure of Plasmodium Vivax LDH in complex with a DNA aptamer called pL1 (tetrameric LDH in an asymmetric unit)
要素
  • DNA (30-MER)
  • DNA (34-MER)
  • L-lactate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE/DNA / LDH / malaria / DNA aptamer / aptamer / structural element / OXIDOREDUCTASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


L-lactate dehydrogenase / L-lactate dehydrogenase (NAD+) activity / lactate metabolic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Malate dehydrogenase, type 3 / L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / L-lactate/malate dehydrogenase / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain / lactate/malate dehydrogenase, alpha/beta C-terminal domain / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain ...Malate dehydrogenase, type 3 / L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / L-lactate/malate dehydrogenase / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain / lactate/malate dehydrogenase, alpha/beta C-terminal domain / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / L-lactate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium vivax (マラリア 病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Choi, S.J. / Ban, C.
資金援助 韓国, 2件
組織認可番号国
National Research Foundation of KoreaNRF- 2015027587 韓国
National Research Foundation of KoreaNRF-2014K1B1A1073720 韓国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of a DNA aptamer bound to PvLDH elucidates novel single-stranded DNA structural elements for folding and recognition
著者: Choi, S.J. / Ban, C.
履歴
登録2016年1月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月21日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-lactate dehydrogenase
B: L-lactate dehydrogenase
C: DNA (34-MER)
D: L-lactate dehydrogenase
E: L-lactate dehydrogenase
F: DNA (30-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,5768
ポリマ－170,5276
非ポリマー492
水16,177898
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19760 Å2
ΔGint-159 kcal/mol
Surface area48020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.512, 86.539, 209.128
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
L-lactate dehydrogenase / Lactate dehydrogenase / Parasite lactate dehydrogenase


分子量: 37659.656 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium vivax (マラリア 病原虫)
遺伝子: LDH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566 / 参照: UniProt: Q4PRK9, L-lactate dehydrogenase
#2: DNA鎖 DNA (34-MER)


分子量: 10561.771 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Plasmodium vivax (マラリア 病原虫)
#3: DNA鎖 DNA (30-MER)


分子量: 9326.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Plasmodium vivax (マラリア 病原虫)
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 898 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.79 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG-20K, magnesium ion, HEPES, Tirs, PEG-400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→25 Å / Num. obs: 122668 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.6 % / Biso Wilson estimate: 17.93 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/av σ(I): 64.423 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.9-1.9314.40.2881100
1.93-1.9714.50.2521100
1.97-2.0114.50.2211100
2.01-2.0514.60.1951100
2.05-2.0914.70.1691100
2.09-2.1414.70.151100
2.14-2.1914.70.1331100
2.19-2.2514.80.1221100
2.25-2.3214.80.1131100
2.32-2.3914.80.11100
2.39-2.4814.80.11100
2.48-2.5814.80.0951100
2.58-2.714.70.0891100
2.7-2.8414.70.0921100
2.84-3.0114.70.0961100
3.01-3.2514.60.1011100
3.25-3.5714.50.0861100
3.57-4.0914.20.0631100
4.09-5.1414.20.0481100
5.14-2513.80.042199.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2A92

2a92


解像度: 1.9→24.999 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.86
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2001 6161 5.03 %
Rwork0.169 --
obs0.1706 122528 99.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 84.23 Å2 / Biso mean: 19.8186 Å2 / Biso min: 6.45 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→24.999 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9182 1264 64 898 11408
Biso mean--62.06 23.43 -
残基数----1275
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00910813
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1114917
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0451798
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051665
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.7294113
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9-1.92150.26321710.20063725389698
1.9215-1.94410.29161970.194738384035100
1.9441-1.96780.27092020.187338864088100
1.9678-1.99270.22132370.187838034040100
1.9927-2.01890.24971940.181138324026100
2.0189-2.04660.22251870.170438464033100
2.0466-2.07580.20622080.161838444052100
2.0758-2.10680.22222120.1738314043100
2.1068-2.13970.21852030.166638824085100
2.1397-2.17470.22692130.170238304043100
2.1747-2.21220.19971950.171538554050100
2.2122-2.25240.23091850.171338954080100
2.2524-2.29570.22512110.168838324043100
2.2957-2.34250.21451940.176838734067100
2.3425-2.39340.22932170.172738454062100
2.3934-2.44910.20882100.172538464056100
2.4491-2.51030.21151950.179138824077100
2.5103-2.57810.19252050.179138624067100
2.5781-2.65380.22322030.174138794082100
2.6538-2.73940.20682390.176838304069100
2.7394-2.83720.17931810.173639054086100
2.8372-2.95060.20542200.182439034123100
2.9506-3.08470.2091930.186238924085100
3.0847-3.2470.19992160.190238664082100
3.247-3.44990.2111940.17939404134100
3.4499-3.71550.18832100.160239384148100
3.7155-4.08790.16192240.148939144138100
4.0879-4.67610.15022140.138539474161100
4.6761-5.87880.18272030.154640174220100
5.8788-25.00110.17512280.16094129435799

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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