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万見
- PDB-5ht7: Crystal structure of a transition-metal-ion-binding betagamma-cry... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ht7
タイトルCrystal structure of a transition-metal-ion-binding betagamma-crystallin from Methanosaeta thermophila
要素Uncharacterized protein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Novel transition-metal-binding protein / betagamma-crystallin
機能・相同性Beta/Gamma crystallin / Beta/gamma crystallin / Gamma-crystallin-like / : / Beta/gamma crystallin 'Greek key' domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Methanosaeta thermophila PT (古細菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.862 Å
データ登録者Srivastava, S.S. / Sankaranarayanan, R.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2017
タイトル: A Transition Metal-Binding, Trimeric beta gamma-Crystallin from Methane-Producing Thermophilic Archaea, Methanosaeta thermophila
著者: Srivastava, S.S. / Jamkhindikar, A.A. / Raman, R. / Jobby, M.K. / Chadalawada, S. / Sankaranarayanan, R. / Sharma, Y.
履歴
登録2016年1月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月22日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein
C: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5734
ポリマ－27,5173
非ポリマー561
水2,450136
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2640 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area11340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.732, 52.821, 51.718
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.48, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-241-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein / Methallin


分子量: 9172.340 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 57-138 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanosaeta thermophila PT (古細菌)
株: NBRC 101360 / PT / 遺伝子: Mthe_0038 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0B567
#2: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.8 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 15-20% PEG, 0.1 M Tris-Cl, 0.01 M NiCl2 / PH範囲: 8.0-9.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年11月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→25 Å / Num. obs: 20985 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 26.15 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Χ2: 0.849 / Net I/av σ(I): 29.474 / Net I/σ(I): 16.8 / Num. measured all: 89114
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.86-1.933.70.3063.1191.2
1.93-24.20.218198.7
2-2.094.20.161199.1
2.09-2.214.30.115199.5
2.21-2.344.30.097199.7
2.34-2.524.30.084199.9
2.52-2.784.30.0611100
2.78-3.184.40.0441100
3.18-44.40.0331100
4-254.30.0281100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000data processing
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.862→24.25 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2198 1009 4.81 %
Rwork0.1824 --
obs0.1842 20983 99.06 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.862→24.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1914 0 1 136 2051
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071965
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9612667
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.926702
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04279
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004354
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8623-1.96040.2741320.20552736X-RAY DIFFRACTION95
1.9604-2.08320.25171420.17072829X-RAY DIFFRACTION99
2.0832-2.24390.23571610.1732827X-RAY DIFFRACTION99
2.2439-2.46950.25841350.18052881X-RAY DIFFRACTION100
2.4695-2.82640.19841530.18282852X-RAY DIFFRACTION100
2.8264-3.55920.19831460.16982888X-RAY DIFFRACTION100
3.5592-24.25220.21571400.19162961X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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